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本班成果汇报 |
两个月直播教学零基础系统学习单细胞分析，Python作为本次课程的重点分析软件，R语言作为本次课程的系统分析软件，深入剖析18篇CNS文章的分析思路和分析方法，以文章的fig为例进行代码演示和复现学习，个性化分析、进阶分析灵活应用才能产出高质量文章
只有储备足够多的知识和经验（算法和思路）才能完成高质量、高水平文章的数据分析。基本的单细胞数据分析很简单，但是做出个性化分析、有科学意义的分析很难。
二个月从零基础开始， 单细胞测序、chipseq、RNAseq、Atacseq 空间转录组和外显子等。
将生信内容全部学懂（理解）、学会（会敲代码分析）、学透彻（站在顶层设计角度理解）、学以致用（用到自己的标书申请和文章发表中）。
主讲老师华哥： 毕业于中山大学，目前为上海交大外聘专家，与多位院士团队和国外top实验室合作，指导过多篇CNS文章生信分析，参与过多项国自然重点、国家重大专项、孔雀计划等项目申报，在国内多家著名医院担任国自然标书指导老师。有多年生信教学经验， 已经成功带领数千名临床医生和科研工作者进阶生信分析，从生信数据挖掘中找到课题研究方向，做出有价值的科学研究。
第四节课：Scrublet去除双细胞【Science】，DoubletFinder | 使用ANN算法识别单细胞数据中的Doublet【Nature Medicine】
第六节课：利用VIPER算法来定量单细胞蛋白的活性
Cell：Single-cell protein activity analysis identifies recurrence-associated renal tumor macrophages
第七节课：使用VISION算法推断单细胞代谢活性【Cancer Discovery】
第八节课：展示不同分组marker基因展示，多个重复的细胞类型比例展示 【Cell】
第九节课：CellRanger处理单细胞上游数据，loom文件生成，velocyto.R 分析RNA速率【Nature】
第十节课：scVelo三种模型来确定动态变化过程驱动基因【Nature Biotechnology】
第十一节课：将velocity 与PAGA联合分析【Nature】
第十二节课：Dynamo分析animating neural activity response predictions【Cell】
第十三节课：PHATE同时保留局部结构(local structure) 以及全局结构(global structure)对单细胞数据降维【Nature】
第十四节课：CytoTRACE进行拟时间分析，基因表达量随PC1轴的变化 【Cell】
第十五节课：Diffusion Pseudotime Analysis diffusion component【Cell Stem Cell】
第十六节课：Monocle2 和Monocle3系统讲解【Nature】，TCSeq分析基因随时间的变化【PNAS】
第十七节课：单细胞染色体拷贝数变异【Science】
第十八节课：CellPhoneDB v.3.0系统讲解细胞互作和个性化作图展示【Nature Genetics】
第十九节课：NMF鉴定不同的生物学功能【Cell】，不同cluster的异质性确定【Cancer Cell】
第二十节课：Mfuzz、 BioNet调控网络构建
Cell：Molecular Choreography of Acute Exercise(第五批学员为文章一作)
第二十一节课：使用SCENIC进行转录调控网络分析和核心驱动基因鉴定【Nature Medicine】
第二十二节课：scRNA-seq和bulk RNA-seq数据联合分析推断细胞类群互作网络【Cell】
第二十三节课：以Nature文章为例系统讲解单细胞空间转录组数据分析【Nature】
第二十四节课：以Nature文章为例系统讲解scRNA-seq与scATAC-seq联合分析【Nature Genetics】
第二十五节课：CITE–seq对单细胞转录组和膜蛋白进行定量分析【Nature Medicine】
第二十六节课：富集分析、差异结果展示
26.1 圈图展示富集结果【Nature Medicine】
26.2 AUCell | 分析单细胞测序数据中不同基因集(通路)的活性【Nature Medicine】
26.3 Differences in pathway activities scored per cell by GSVA【Nature Medicine】
26.4 利用OR比值查看不同处理组的各单细胞亚群的分布差异【Science】
26.5 各个细胞类型的差异基因统一展示 【Cell】
26.6 单细胞测序不同分组的相同cluster差异程度3维PCA展示以及差异热图展示【Cell】
第二十七节课：MAGIC 利用流形学习还原单细胞的基因表达【Cell】
第一节课：r语言基础学习 包括r和rstudio的安装、环境配置、数据结构等基础内容学习
第二节课：在实战中进一步提升对r语言的学习，主要以geo的芯片数据下载、整理、分析为主。
第三节课：芯片数据分析（主要系统指导如何使用geo数据库画生存曲线，以及无进展、无疾病、多分组的的生存曲线画图，包括热图 火山图 箱线图 小提琴图 ）
第四节课：rnaseq数据分析（包括系统讲解主流的Deseq2、Edger、limma-voom三种差异分析的方法）
第五节课：基因集富集分析 gsva gsea kegg go富集 包括自定义基因集的富集分析以两篇nature子刊文章为例，系统讲解如何进行参数调整得到符合文章趋势的富集结果
第六节课：tcga 数据下载 整理 差异分析 结果画图展示
第七节课：非监督共识聚类算法系统讲解以两篇cell文章为例 通路分组的生存曲线 转录因子富集
第八节课：wgcna算法系统讲解以nature文章为例，系统讲解三种免疫浸润的算法，以及三种算法的具体应用场景和区别以及参数调整技巧
第九节课 ：单细胞数据读取以nature文章为例，创建seurat对象 质控 s4对象的数据结构的系统讲解
第十节课:继续以nature文章为例系统阐释降维、聚类等概念，细胞亚群注释三种方法
第十一节课：多个样本整合的单细胞数据分析 包括锚定和harmony两种主流的单细胞数据整合算法，同时讲解多线程运算原理和实操。
第十二节课：单细胞差异分析 metadata理解 分组添加 可视化画图 热图 气泡图
第十三节课：以nature文章为例系统auc算法计算通路活性，单细胞差异基因的富集分析 gsea 亚群的gsva auc 转录因子预测
第十四节课：系统讲解拟时间分析 包括monocle2 和monocle3 做3d拟时间
第十五节课：系统讲解scenic算法 转录调控网络分析
第十六节课：系统讲解cellphonedb、cellchat、italk三种主流分析细胞互作的软件
第十七节课：infercnv和以cell文章为例的自定义算法的染色体拷贝数变异
第十八节课：单细胞非负矩阵 cnn降维 非共识聚类 以及单细胞的wgcna
第十九节课：以cell文章为例 系统讲解单细胞的RNA velocity应用
第二十节课：系统学习linux操作系统 chipseq全流程分析以nature文章为例 包括质控 上数据比对 、MACS2、IGV进行可视化
第二十一节课：chipseq下游的motif富集 不同处理直接的峰值overlap韦恩图 差异paek寻找 peak注释 以cell文章为例超级增强子寻找
第二十二节课：Atacpseq全流程分析包括MappingQC、多个重复样本合并、Peakcalling、bedGraphToBigWig、TSS Enrichment、bedtools计算overlap、IDR评估、可视化。
第二十三节课：WES分析、gatk使用、VCF下游分析、annovar注释
第二十四节课：单细胞空间转录组的注释以及可视化
第二十五节课：以优秀标书为例，讲解如何将所学生信分析应用于国自然标书申请+课程大总结
Chip-seq展示图
Bulk-RNAseq展示图
日期 | 时间 | 内容概要 | 涉及知识要点（或举例） |
Day1 | 09:00-10:10 | 概述
| *线粒体的功能概述 *线粒体相关研究的切入点（动力学、与细胞器间的互作、质量控制） *线粒体与细胞死亡的相关性 *线粒体所涉及的疾病和方向 |
10:20-11:30 | 线粒体相关的研究思路和方法 | *线粒体动力学和能量代谢相关的检测手段和方法 *线粒体miRNA的研究思路 *文献实例展示和总结 | |
14:00-15:10 | 细胞自噬和自噬依赖的细胞死亡 | *细胞自噬和自噬依赖的细胞死亡概述 *自噬依赖的细胞死亡与凋亡和坏死的区别 * autosis和不完全自噬的特点 *溶酶体依赖性细胞死亡相关的检测指标 *自噬依赖的细胞死亡相关检测方法和自噬抑制剂的作用原理 *文献实例展示和总结 | |
15:20-16:30 | 线粒体自噬等选择性自噬 | *线粒体自噬的途径及其与疾病的关系 *细胞器特异性自噬和脂类自噬（Lipophagy）的概述 *线粒体来源囊泡的作用 *文献实例展示和总结 | |
Day2 | 09:00-10:10 | 铁死亡和铜死亡
| *调控铁死亡的分子机制 *自噬与铁死亡的关系、自噬依赖的铁死亡的研究思路 *铜死亡的研究思路和切入点 *文献实例展示和总结 |
10:20-11:30 | 细胞焦亡、坏死性凋亡和广泛凋亡（PANoptosis） | *细胞焦亡的分子机制、焦亡与自噬的关系 *坏死性凋亡的分子机制和研究思路 *广泛凋亡（PANoptosis）的概念和检测指标 *文献实例展示和总结 | |
14:00-15:10 | 其他形式的细胞死亡（上） | *NETosis的调控机制及其与疾病的关系 *NETosis的研究思路和检测指标 *免疫原性死亡的概念和研究切入点 *失巢凋亡anoikis的概念和研究思路 *文献实例展示和总结 | |
15:20-16:30 | 其他形式的细胞死亡（下）和标书思路总结 | *线粒体通透性转换介导的坏死、细胞胀亡（oncosis）、副凋亡（Paraptosis）、巨泡式死亡（methuosis）、Parthanatos、Noptosis、Alkaliptosis、Oxeiptosis、Entosis等死亡方式的概述和检测指标 * m6A在细胞程序性死亡中的作用 *国自然课题设计及基本写作经验分享 |
单变量孟德尔随机化：
数据来源和下载 (1小时)
IEU Open GWAS 、UKB 、GWAS Catalog、FinnGen、MR Base，已发表的MR论文
选题和方向 (2小时)
结局的确定、专业和研究方向、暴露的选择和搭配，综述、指南、病因、发病机制或危险因素，文献检索、查新和调研（Excel表），收藏的GWAS数据集、联盟或数据库
孟德尔随机化实操 (2小时)
有IEU Open GWAS ID号的数据（在线数据），无IEU Open GWAS ID号的数据（本地数据），工具变量的筛选，孟德尔随机化三大假设，p、r2和kb，剔除与混杂因素和结局的SNPs，混杂因素的认定，Phenoscanner审查，结局数据的提取，有缺失SNPs，使用代理SNPs、不使用代理SNPs，同方向纠正，剔除有回文结构的SNPs，工具评价，R2计算，提取MAF，计算公式，F计算，计算公式，孟德尔随机化，主分析，正向、反向，五种方法，次级分析，异质性分析，多效性分析
敏感性分析，留一法，PRESSO检验，离群值校正，亚组、分层和验证分析
其他，数据和结果可视化，散点图、森林图、留一图、漏斗图，多个森林图组合
其他(补充或选做)孟德尔随机化方法
统计效能的计算
范文阅读(2小时)
多变量孟德尔随机化
理论和原理 (1小时)
工具变量，暴露，结局，案例，血脂(7种)与房颤，血脂(5种)与卒中
实操 (2小时)
有IEU OPEN GWAS ID号的数据（在线数据）
无IEU OPEN GWAS ID号的数据（本地数据）
可视化，多个森林图组合
范文阅读(2小时)
中介孟德尔随机化
理论 (2小时)
总效应的分解
总效应、直接效应和中介效应的计算方法
两样本MR（总效应），多变量MR（直接效应），两步法（中介效应）
案例，暴露->结局，暴露->中介，中介->结局，中介效应在总效应中的百分比
中介效应的探究，两步法，中介效应的分类讨论，显著和不显著，正相关和负相关，选题规律
多变量孟德尔随机化（MVMR）在中介分析中的应用，传统的MVMR
中介分析中的MVMR
中介孟德尔随机化的计算公式
暴露->结局，暴露->中介，中介->结局，中介效应在总效应中的百分比
范文阅读(2小时)
审稿意见回复实例(2小时)
投稿前论文评改(1小时)
审稿修回指导(1小时)
1
两个月中间没时间咋办
2
课程售后服务怎样
再好的课程没有完善的后续服务只能让你摸不着脑袋，到处百度。我们课后有完善的一对一指导服务，保证解决每个学员的所有问题。另外你可以直接加老师的私人微信，让他更好的一对一指导。
3
两个月后老师还指导我吗
会议时间：
单细胞精讲高阶班:
3月18日开始 周六、日白天开课
零基础系统班：
3月18日开始 每周246晚上7点-10点
线粒体
3月18-19日 周末授课
孟德尔一对一
3月18日开始 晚上授课
授课方式：
腾讯会议线上直播
主办单位：
玮瑜科研平台
承办单位：
上海玮瑜生物科技有限公司
上海玮瑜信息科技有限公司
会议费用：
课程费用：
单细胞：单独报名8800元/人，两班连报费用待议
线粒体：3200元/人
孟德尔一对一：单变量：9800元/人；多变量:6800元/人；中介:5800元/人
（可开会务 注册 试剂检测 数据分析等发票）
汇款账号：
报名方式：
报名方法二：在线报名：（长按识别或扫描下图二维码报名）
报名方法三：点击【阅读原文】即可报名