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Materials Studio建模教程-1：自动保存、导入结构、生成图表文档、创建文件夹并移动文档、添加和重命名HTML文档等
Materials Studio建模教程-2：绘制苯酚、二环戊二烯、2-氯吡啶分、甲基丙烯酸甲酯分子结构模型，添加照明效果！
Materials Studio建模教程-3：绘制卟啉分子-绘制五元环、复制、粘贴、平移、旋转、连接、编辑化学键、添加氢原子等！
Materials Studio建模教程-4：绘制有机金属结构模型-Fragment Browser辅助下复杂结构的绘制
Materials Studio建模教程-5：使用结构集合文件，重叠与对齐分子结构！
Materials Studio建模教程-6：准确定位和移动原子
Materials Studio建模教程-7：分子在表面吸附模型的建立
Materials Studio建模教程-8：均聚物、嵌段共聚物、无规共聚物、树枝状高分子模型
Materials Studio建模教程-9：layer builder工具建立硅的孪晶结构、建立金属-聚合物-金属体系
Materials Studio建模教程-10：Crystal Builder工具建立晶格和可视化，包括氢键的可视化方法
Materials Studio建模教程-11：Analog Builder产生数以千计的相似结构
Materials Studio建模教程-12：建立介观尺度分子模型，构建嵌段共聚物、无规共聚物、支链结构
Materials Studio建模教程-13：建立介观结构体块模型
所用模块：Materials Visualizer前提条件：等值面和切片的使用（Working with isosurfaces and slices）教程Materials Visualizer中的体数据可视化工具提供了强有力的区域数据可视化方法，可以对如介观尺度、Sorption、量子方法、原子体积和表面工具生成的体数据进行可视化。通过连接区域中指定等值面数值的点而生成的等值面，可用于辅助数据可视化。如果生成了一个包括孤立片段的等值面，那么对这个等值面来说，要想只选择这些单独的片段而不选择所有的片段是不可能的。解决这个问题的方法之一是将基础区域分割成许多子域，每个子域或者分割区域代表初始区域的一个唯一的片段。可以选中一个分割区域，获得许多有用的属性，如区域体积和几何中心等，还可以进一步分析区域数据。区域分割可以应用于Materials Visualizer中的任何区域，可算得无定形晶胞自由体积分布、介观尺度计算胶束尺寸分布等，并且可以对分子筛中有限孔进行Sorption吸附计算等。在本教程中，将要计算分子筛的Connolly表面。使用基础的原子体积域，将在指定的等值面数值分割区域，然后分析分割区域。启动Materials Studio并建立一个名为Segregates的新工程。如想获得关于创建新工程的指导，可参见Project management教程。如果Materials Studio还没有打开，双击桌面上的Materials Studio图标，或者从Windows开始菜单的程序列表中选择BIOVIA | Materials Studio，以启动程序。打开New Project对话框，输入Segregates作为工程名，单击OK按钮。新工程将以Segregates为工程名列于Project Explorer中。注意：为了和本教程中的参数保持一致，可以使用Settings Organizer对话框将工程中所有参数都设置为BIOVIA的默认值。有关恢复默认参数设置的步骤，可参见创建工程教程（Creating a project tutorial）。第一步是产生要分割的区域数据，将基于基础原子体积区域建立一个Connolly表面。可以生成任何结构的原子体积区域，但在本例中将要使用分子筛。在Standard工具栏上单击Import按钮，打开Import Document对话框，导航至并打开Examples\Documents\3D Model\TON.xsd文件。现在可以使用Atom Volumes & Surfaces工具计算Connolly表面。从菜单栏中选择Tools | Atom Volumes & Surfaces。打开Atom Volumes & Surfaces对话框。默认的任务是计算Connolly表面，也可以通过更改任务计算Solvent表面，在本教程将使用Connolly表面。在原子结构文档中生成了等值面，对话框变成Analysis选项卡。Atom Volumes & Surfaces对话框的Analysis选项卡在对话框中树形浏览显示了Atom Volumes Field的存在，尽管现在它还没有显示出来。复选框表明Connolly表面是可见的，可以使用Display Style显示区域。在3D Viewer中单击鼠标右键，从快捷菜单中选择Display Style，打开Display Style对话框。选择Field选项卡，勾选Show box复选框，选择Dots单选按钮。将显示区域，值较低的部分显示为红色，值较高的部分显示为蓝色。现在可以使区域不可见。在Atoms Volumes & Surfaces对话框中，取消勾选Atom Volumes Field复选框。可以改变Connolly探针的半径，以观察结构中探针尺寸对自由表面的影响。单击Connolly radius旁的向下数值调节钮。随着Connolly探针尺寸的减小，由于等值面尺寸的增加并形成相连结构，结构中的自由体积增加。在本教程的剩余部分，应该有一些分割的片断，所以应该增加探针半径。设置Connolly radius为0.9，关闭Atom Volumes & Surfaces对话框。如果试着选择等值面的一个部分，会发现选中了整个等值面。这将限制等值面分割区域的体积的计算。分割操作将基础区域分割成单独的分割的区域，可以选中每个分割区域并查看属性，比如体积和分割区域的中心等。建立、管理、操作分割区域的工具均在Volume Visualization工具栏上。单击3D Viewer中的任意位置取消选中对象。从菜单栏中选择View | Toolbars | Volume Visualization，单击Create Segregates按钮。分割区域在结构中以比较小的区域盒子的形式显示出来，每个区域具有不同的颜色。可以选定单独的分割区域并查看体积。打开Properties Explorer，单击一个小的分割区域。Properties Explorer的Filter更改为Segregate。在这里可以观察到不同的属性，比如FieldVolume显示了区域的体积，SegregateXYZ显示了分割区域的中心。可以使用Volume Visualization工具栏中的Volumetric Selection工具选择区域。在Volume Visualization工具栏中单击Volumetric Selection按钮。打开Volumetric Selection文本框，其中显示体数据的树形浏览，可以隐藏Connolly表面。分割区域通过以+ Segregator @0行表示的Segregator分枝表现出来，@0表明区域被以等值面数值为0的值进行分割。可以通过单击+号展开分枝，查看分割区域。在结构中有几个分割区域，可以增加Volumetric Selection对话框的尺寸，查看所有的分割区域。移动光标到对话框的右下角，当光标变成双向箭头形状时单击并向右下方拖动。展开的Volumetric Selection对话框可以通过Properties Explorer或Display Style对话框，控制分割的区域。在3D Viewer中右击并从快捷菜单中选择Display Style，打开Display Style对话框，选择Segregate选项卡。可以使用Display style和Coloring部分来控制如何显示分割区域，可使用Constraints部分控制显示何种分割区域，isovalue值控制域中用于分割的临界值，与等值面的等值面数值是相似的。提示：当更改等值面数值时，如果分割区域较大、分割程度较高，则区域显示更新可能会非常耗时。在这种情况下，最好显式设置值，而不是使用数值调节控件。也可以设置是否希望分割区域的域值比等值面数值高或者低，或者可以选择两者均需要。选择Low选项后，域点与默认的High设置是相反的。在本例中，低值是有原子处的域值。将Value选择为All时，在单独的分割区域将既包括较高值又包括较低值。最后的限制是Connectivities，这控制着分割区域是可连接的或是孤立的。Isolated的分割区域在晶胞内是独立的，而accessible分割区域是无限连接的。将Connectivities更改为Isolated。将Connectivities更改为Accessible。提示：仅在选择accessible时，可使用连接的分割区域，将Sorption计算的搜索空间限制为沸石中可连接的孔。注意：上述性质也可通过Properties Explorer或MaterialsScript API获得。如果想要在较多的结构中进行相同的计算，使用MaterialsScript将更为高效。在初始状态下，分割区域只作为域显示。可以使用标准的等值面工具向它们添加等值面。在Volumetric Selection对话框中，按住Shift键选择所有的分割区域，单击Create Isosurfaces按钮。在所有的分割区域中都建立了等值面，它们使用分割区域的等值面数值，并以与分割区域相同的颜色着色。可以使用Create Segregates工具分析属性，例如分割区域的尺寸和间隔分布。单击Create Segregates工具旁的选项箭头，选择Analyze Segregated Field。打开Segregate Analysis对话框，默认选项是分析分割区域的尺寸。生成一个图表，显示分割区域的尺寸分布。在零点附近会看到一个大峰，代表小的独立分割区域，还有两个大约140多的小峰，它们与两个可连接分割区域相对应。提示：通过利用MaterialsScript遍历集合中的所有分割区域，可以得到每个分割区域的真实体积。使得TON.xsd为当前文件，在Segregate Analysis对话框中选择Segregate major axis，然后单击Analyze按钮。该分析将分割区域拟合成椭圆，然后将椭圆的主轴绘制为曲线图。使得TON.xsd为当前文件，在Segregate Analysis对话框中选择Segregate radius (best-fit sphere)，然后单击Analyze按钮。该分析将拟合分割区域的最佳球形，然后将最佳拟合球的半径绘制为曲线图。使得TON.xsd为当前文件，在Segregate Analysis对话框中选择Segregate separation，然后单击Analyze按钮。提示：通过在分析分割区域之前首先选择分割区域，可以对可见分割区域的子集执行分析。从菜单栏中选择File | Save Project，或在Project工具栏中单击Save Project按钮。