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跨越式进展!2023年中国学者发表16篇Cell(值得收藏)

日期: 来源:生命科学前沿收集编辑:椰子

截至到2023年3月4日,2023年中国学者在Cell 共计发表16篇,iNature系统盘点这些研究成果:

【1】2023年3月2日,宾夕法尼亚大学Sarah A. Tishkoff团队(复旦大学为第一单位,樊少华为第一作者)在Cell 在线发表题为“Whole-genome sequencing reveals a complex African population demographic history and signatures of local adaptation”的研究论文,该研究对来自12个非洲土著人群的180个个体进行了高覆盖率(>30×)的全基因组测序。该研究发现了数百万个未报告的变异,其中许多被预测具有重要的功能。该研究观察到,南部非洲桑人(San)和中部非洲雨林狩猎采集者(RHG)的祖先在200年前与其他种群发生了分化,并保持了较大的有效种群规模。该研究观察到非洲古代种群结构的证据,以及具有高度分化遗传谱系的“幽灵”种群的多次渗透事件。该研究确定了与肤色、免疫反应、身高和代谢过程相关的特征的局部适应特征。该研究在浅色桑人中鉴定了一个阳性选择的变体,该变体通过调节PDPK1的增强子活性和基因表达来影响体外色素沉着。

【2】2023年3月2日,北京大学陈鹏,季雄及秦芳菲共同通讯在Cell 在线发表题为“Linking chromatin acylation mark-defined proteome and genome in living cells”的研究论文,该研究开发了一种单位点解析多组学(SiTomics)策略,用于系统地绘制动态修改的图谱,并随后分析由活细胞中特定染色质酰化所定义的染色质化蛋白质组和基因组。通过利用遗传密码扩展策略,SiTomics工具包揭示了短链脂肪酸刺激后不同的巴豆酰化(如H3K56cr)和β-羟基丁酰化(如H3K56bhb),并建立了染色质酰化标记定义的蛋白质组、基因组和功能的联系。这导致了GLYR1作为一种独特的相互作用蛋白在调节H3K56cr的基因体定位,以及发现了bhb介导的染色质调节下的一个升高的超级增强子库。SiTomics提供了一种阐明“代谢物-修饰-调控”轴的平台技术,它广泛适用于多组学分析和酰基化以外的修饰和组蛋白以外的蛋白质的功能解剖。

【3】2023年3月2日,厦门大学王鑫团队在Cell 在线发表题为“β2-microglobulin functions as an endogenous NMDAR antagonist to impair synaptic function”的研究论文,该研究通过异种共生和血浆输注,发现血源性因子驱动唐氏综合征的突触缺陷。蛋白质组学分析显示,人类DS血浆中主要组织相容性复合体I类(MHC-I)成分β2-微球蛋白(B2M)升高。在野生型小鼠中全身给药B2M导致突触和记忆缺陷,类似于在DS小鼠中观察到的缺陷。此外,B2M基因消融或全身给药抗B2M抗体可抵消DS小鼠的突触损伤。在机制上,B2M通过与GluN1-S2环的相互作用拮抗NMDA受体(NMDAR)的功能;使用竞争性肽阻断B2M-NMDAR相互作用恢复NMDAR依赖的突触功能。总之,该研究结果确定B2M是一种内源性NMDAR拮抗剂,并揭示了循环B2M在唐氏综合征及相关认知障碍的NMDAR功能障碍中的病理生理作用。

【4】2023年3月2日,由中国水产科学研究院黄海水产研究所、青岛华大基因研究院、德国阿尔弗雷德•魏格纳研究所、澳大利亚联邦科学与工业研究组织等机构组建的国际研究团队在Cell 发表题为“The enormous repetitive Antarctic krill genome reveals environmental adaptations and population insights”的研究论文,完成了迄今为止最大动物基因组参考序列——南极磷虾基因组组装,并揭示了南极磷虾适应极端环境和群体历史演化的分子基础。

【5】2023年2月16日,中国科学院武汉病毒研究所周鹏,石正丽,广西医科大学胡艳玲,北京化工大学童贻刚及复旦大学林鑫华共同通讯在Cell 在线发表题为“A bat MERS-like coronavirus circulates in pangolins and utilizes human DPP4 and host proteases for cell entry”的研究论文,该研究报告了一种新的MERS样冠状病毒在马来亚穿山甲中的传播,命名为Manis javanica HKU4-related coronavirus (MjHKU4r-CoV)。86只动物中,泛CoV PCR检测阳性4只,血清检测阳性7只(分别为11和12.8%)。获得4个几乎相同(99.9%)的基因组序列,分离到1个病毒(MjHKU4r-CoV-1)。该病毒利用人二肽基肽酶-4 (hDPP4)作为受体和宿主蛋白酶进行细胞感染,这种感染被一个呋喃裂解位点增强,而所有已知的蝙蝠HKU4r-CoVs中都没有这种裂解位点。MjHKU4r-CoV-1的刺突对hDPP4具有更高的结合亲和力,MjHKU4r-CoV-1的宿主范围比蝙蝠HKU4-CoV更广。MjHKU4r-CoV-1在人类气道和肠道器官以及hdpp4转基因小鼠中具有传染性和致病性。总之,该研究强调了穿山甲作为冠状病毒宿主的重要性(点击阅读)。

【6】2023年2月9日,中国科学院生物物理研究所高璞团队在Cell 在线发表题为”Molecular basis of RADAR anti-phage supramolecular assemblies“的研究论文,该研究确定了RdrA、RdrB的一系列高分辨率冷冻电子显微镜(cryo-EM)结构,以及目前确定的RdrA-RdrB复合体的不同构象,包括和不包括底物RNA和辅因子ATP。RdrB组装成一个十二聚体笼,催化袋向外,而RdrA采用自抑制十四聚体环和活化能力七聚环。结构和功能数据表明,RNA通过RdrA环的底部装载,并沿着其内部通道进行易位,这一过程可能与ATP结合状态相结合。有趣的是,多达12个RdrA环可以连接一个RdrB笼,并在脱氨酶催化袋和RNA-易位通道之间精确对齐,表明RNA易位和脱氨的酶耦合。总之,该研究数据揭示了一个有趣的机制,酶偶联和抗噬菌体防御通过超分子组装(点击阅读)。

【7】2023年2月8日,北京化工大学Jens Nielsen与刘子鹤共同通讯在Cell 在线发表题为”Flux regulation through glycolysis and respiration is balanced by inositol pyrophosphates in yeast“的研究论文,该研究成功地创造了一种混合糖酵解酵母。随后,该研究发现了一种由OCA5编码的肌醇焦磷酸酶,它可以通过调节5-二磷酸肌醇1,2,3,4,6-五磷酸(5-InsP7)水平来调节糖酵解和呼吸。5-InsP7水平可调节糖酵解和呼吸相关基因的表达,是一种能够感知ATP水平并调节中枢碳代谢的全局机制。在过量葡萄糖条件下,混合糖酵解酵母生长不产生乙醇,可产生2.68 g/L的游离脂肪酸,是工程酿酒酵母中产量最高的。本研究证实了混合糖酵解酵母的意义,并确定了Oca5作为肌醇焦磷酸酶控制糖酵解和呼吸之间的平衡,这可能有助于阐明肌醇焦磷酸酶在调节真核代谢中的作用(点击阅读)。

【8】2023年2月6日,加州大学旧金山分校Joseph Bondy-Denomy及北京化工大学冯越共同通讯在Cell 在线发表题为“Bacteriophages inhibit and evade cGAS-like immune function in bacteria”的研究论文,该研究在铜绿假单胞菌中发现了一种内源性cGAS样酶,在噬菌体感染期间产生3 ',3 ' -cGAMP,向磷脂酶效应物发出信号,并限制噬菌体复制。作为回应,噬菌体表达一种抗CBASS蛋白(“Acb2”),该蛋白与三个3 ',3 ' -cGAMP分子形成六聚体,并降低磷脂酶活性。Acb2还与其他细菌cGAS类酶(3',3'-cUU/UA/UG/AA)和哺乳动物cGAS (2 ',3' -cGAMP)产生的分子结合,表明对基于cGAS的免疫有广泛的抑制作用。Acb2缺失后,CBASS会阻断噬菌体的复制和溶原诱导,但罕见的噬菌体会通过主要的衣壳基因突变逃避CBASS。总之,该研究证明了内源性CBASS的抗噬菌体功能和CBASS抑制和逃避的策略(点击阅读)。

【9】2023年2月3日,浙江大学白戈及中国科学院分子细胞科学卓越创新中心李劲松共同通讯在Cell 在线发表题为“Diverse CMT2 neuropathies are linked to aberrant G3BP interactions in stress granules”的研究论文,该研究表明多种CMT2神经病变与应激颗粒中异常的G3BP相互作用有关。该研究发现在环境胁迫下,许多引起CMT2的突变蛋白通过进入应激颗粒(SGs)而具有相似的性质,在那里它们与G3BP发生异常相互作用并整合到SG通路中。例如,glycyl-tRNA合成酶(GlyRS)在应激时从细胞质转移到SGs,突变的GlyRS通过异常与G3BP结合而扰乱G3BP为中心的SG网络。这破坏了SG介导的应激反应,导致运动神经元应激易感性增加。在CMT2D小鼠中,破坏这种异常的相互作用可以挽救SG异常并缓解运动缺陷。总之,这些发现揭示了不同CMT2突变体之间的压力依赖分子链接,并为理解环境压力下的遗传异质性提供了一个概念框架(点击阅读)。

【10】2023年1月23日,浙江大学胡海岚团队在Cell 在线发表题为“Neural mechanism underlying depressive-like state associated with social status loss”的研究论文,该研究揭示了与社会地位丧失相关的抑郁样状态的神经机制。这些结果揭示了相互促进社会地位丧失和抑郁行为的核心神经机制。控制mPFC和LHb活动的相互交织的神经元信号为社会流动性和心理障碍之间的相互对话提供了一个机制基础,揭示了一个有希望的干预目标(点击阅读)。

【11】2023年1月19日,厦门大学王科嘉及梁青共同通讯在Cell 在线发表题为“Opioid-induced fragile-like regulatory T cells contribute to withdrawal”的研究论文,该研究描述了阿片类药物使用障碍患者和健康对照组的外周免疫细胞的分布。该研究表明,阿片类药物推动脆弱样Treg的扩张,并有利于外周Treg在血脑屏障的退化,从而导致IFN-γ介导的突触不稳定和随后的戒断症状(点击阅读)。

【12】2023年1月19日,中国科学技术大学薛天团队在Cell 在线发表题为“Light modulates glucose metabolism by a retina-hypothalamus-brown adipose tissue axis”的研究论文,该研究发现光可以通过激活支配下丘脑视上核(SON)的固有光敏性视网膜自感光神经节细胞(ipRGCs)急剧降低小鼠的葡萄糖耐量(GT)。该研究工作揭示了视网膜-SON-BAT轴介导光对葡萄糖代谢的影响,这可能解释了人工光和代谢失调之间的联系,提出了一种潜在的预防和治疗策略来管理葡萄糖代谢障碍(点击阅读)。

【13】2023年1月19日,牛津大学Anjali P. Kusumbe团队(四川大学陈俊宇为共同第一作者)在Cell 在线发表题为”Lymphatic vessels in bone support regeneration after injury“的研究论文,该研究通过结合高分辨率光片成像和细胞特异性小鼠遗传学,证明了小鼠和人类骨骼中淋巴管的存在。该研究发现在基因毒性胁迫下,骨中的淋巴管扩张。VEGF-C/VEGFR-3信号通路和基因毒性应激诱导的IL6驱动骨骼的淋巴管生成。在淋巴管生成过程中,增殖的淋巴内皮细胞分泌CXCL12对造血和骨再生至关重要。此外,淋巴血管分泌素CXCL12触发成熟Myh11+ CXCR4+周细胞的扩张,这些周细胞分化为骨细胞,并有助于骨和造血再生。在老年动物中,这种淋巴管和myh11阳性细胞在应对基因毒性应激时的扩张受到损害。这些数据表明淋巴管生成是刺激造血和骨再生的一种治疗途径(点击阅读)。

【14】2023年1月12日,中国科学院上海药物研究所徐华强/庄友文团队联合美国北卡罗莱纳大学教堂山分校Bryan L. Roth团队合作在国际顶级期刊Cell 上以长文形式在线发表了题为“Structures of the entire human opioid receptor family”的研究论文,该项研究系统地解析了阿片受体家族四个亚型μOR、δOR、κOR、NOPR和各自的选择性多肽包括内啡肽、内吗啡肽、强啡肽、皮啡肽和痛敏肽的冷冻电镜复合物结构,结合大量细胞水平的功能实验,揭示了多肽类配体和阿片受体的结合模式,阐述了它们的选择性和保守性机制,为“信使-信箱-效能”模式提供了结构和功能支持(点击阅读)。

【15】2023年1月6日,中国科学院动物研究所刘光慧课题组、曲静课题组和中国科学院北京基因组研究所张维绮课题组合作在Cell 杂志在线发表题为Resurrection of endogenous retroviruses during aging reinforces senescence的研究论文。该研究首次发现了年轻的ERV亚家族在细胞衰老过程中被再度唤醒,提出了古病毒复活介导衰老程序化及传染性的理论,并且创新性地发展出阻断ERV古病毒复活及扩散以实现延缓衰老的多维干预策略(点击阅读)。

【16】2023年1月5日,香港大学生物科学学院翟元梁研究组、香港科技大学党尚宇研究组、香港科技大学/康奈尔大学戴碧瓘研究组和法国居里研究所陈春龙研究组合作在Cell杂志在线发表题为“The human pre-replication complex is an open complex”的研究论文,该研究报告了2.59-Å人类MCM-DH (human MCM-DH, hMCM-DH)的冷冻电子显微镜结构,也称为复制前复合体。这项工作揭示了一种内在机制,将DH的形成与初始DNA结合起来,以许可人类细胞中的复制启动(点击阅读)。

非洲是解剖学意义上的现代人类在过去30万年内起源的大陆,也是解剖学意义上的现代人类在过去8万年内离开非洲的移民来源。非洲也是一个文化、语言、表型和遗传多样性非常丰富的大陆。在非洲已经发现了2000多个民族语言群体,约占世界语言的三分之一。这些语言被分为四个主要门:非洲语(Afroasiatic)、尼罗-撒哈拉语(Nilo-Saharan)、尼日尔-刚果语(Niger-Congo)和科伊桑语(Khoesan)。

非洲语门由约400种语言组成,主要由非洲北部和东部的农牧民和农业人口使用。尼罗-撒哈拉语门由~ 206种语言组成~ 12个亚科,主要由非洲中部和东部的牧民使用。基因、语言和考古数据表明,在过去的约10,500年里,起源于埃塞俄比亚和苏丹边境附近的尼罗-撒哈拉语人群可能有共同的祖先。尼日利亚-刚果门由约1,500个子语言组成,是非洲最大的语言门。最大的亚语系是班图语(Bantu),起源于喀麦隆和尼日利亚边界附近。说班图语的人口使用铁器技术和刀耕火种的农业,促进了更大的人口规模,并从5千年前开始向非洲东部和南部迁移(又称“班图扩张”)。科伊桑语的特点是鸣叫辅音,主要由南部非洲的桑人以及坦桑尼亚的哈扎人和桑达维人使用,这些人目前或直到最近都在从事狩猎和采集。此外,非洲人口生活在不同的环境中,包括沙漠、热带雨林、稀树草原、沼泽和高海拔山区,并适应了不同的选择压力,如气候、饮食和病原体暴露,推动了当地的适应。

尽管非洲在解剖学意义上的现代人类起源和进化中发挥了重要作用,但非洲人在人类基因组研究中的代表性仍然不足。在美国,非洲血统的人患高血压、糖尿病和肾衰竭等常见疾病的负担高得不成比例,这可能是由于环境(包括社会人口、经济和健康获取)和遗传因素。因此,在基因研究中缺乏非洲人群的代表性,不仅阻碍了我们对人类进化史的理解,也限制了公平精准医疗的发展。

虽然之前在非洲的WGS研究主要集中在目标地理区域或使用来自特定种族群体的1- 6个个体,但在本研究中对来自12个非洲土著人群的180个个体(每个人群15个个体)进行了高覆盖率的全基因组测序(WGS):来自埃塞俄比亚的Amhara, Dizi, Chabu和Mursi,来自坦桑尼亚的Hadza和Sandawe,来自喀麦隆的雨林狩猎采集者(RHG) (Baka和Bagyeli合并为一个种群),Fulani和Tikari,以及来自博茨瓦纳的Herero, Ju| ' hoansi和!Xoo(后两个统称为“San”)。这些人说的语言涵盖了所有四个非洲语系。哈扎人(Hadza)和桑人(San)仍然保持着传统的狩猎-采集的生活方式(尽管桑人现在得到了食物补贴),而桑达维人(Sandawe)在过去的几百年里采用了农业和放牧。

文章模式图(图源自Cell

由于身材矮小,雨林狩猎采集者(RHG)被称为“俾格米人”,他们已经失去了他们的传统语言,现在说班图语。这种语言替换也发生在富拉尼人(Fulani)身上,他们是传统的游牧牧民,生活在非洲广泛的地区,包括苏丹、中非和西非。富拉尼人现在说的是一种尼日尔-刚果语言,与非洲西海岸的语言非常相似。据普查,查布人(Chabu)的人口规模只有1000 - 2000人,生活在埃塞俄比亚西南部的山区,过着觅食的生活。他们的语言被认为是“孤立的语言”,是世界上“严重濒危的语言”之一。语言学研究表明,原始查布语可能起源于尼罗-撒哈拉语门(Nilo-Saharan)的一个早期分支。

在这些人群中,研究人员鉴定了数百万个基因组变异,其中许多被预测具有功能性和潜在的生物医学相关性。该研究使用多种方法来重建这些种群的系统发育关系、杂化事件和有效种群大小。此外,该研究还确定了可能促进局部适应的种群特异性积极选择信号,并确定了其中一些变异对适应性表型的功能影响。

参考消息:https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(23)00101-0#%20

来源:iNature

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