2018，宗馥莉进入娃哈哈集团工作，担任品牌公关部长一职。在外界看来，这是宗馥莉正式进入“接班人”模式的标志。

但其实，这并非宗庆后的直接委任，而是宗馥莉主动请缨的结果。“其实不是我爸任命我，是我自告奋勇去的。”宗馥莉在一档节目中解释，“就是希望我出去的时候人家跟我说，我发现你们品牌变年轻了。”

这一年，父女俩久违地在社交平台互动，在断更微博2年多后，2018年11月22日，宗庆后转发了娃哈哈的官微并配文：“谁动了我的营养快线”，并@宗馥莉。

当时，娃哈哈更换旗下大单品营养快线外包装，推出限定多彩版。这是宗馥莉进入娃哈哈后的第一个重要项目。为了迎合年轻人的喜好，宗馥莉还随之推出了限量版彩妆。

进入娃哈哈集团后，宗馥莉将“年轻化”作为自己最重要的工作。为了贴近年轻人，宗馥莉一上任便换掉了担任了娃哈哈20多年代言人的王力宏，换上更年轻的许光汉。在宗馥莉的主导下，娃哈哈推出AD钙奶心月饼，与钟薛高推出联名款未成年雪糕，与泡泡玛特推出联名款pH9.0苏打水，同时打进电竞圈，和英雄联盟职业联赛（LPL）官方及战队合作。

但在管理风格和管理方式上，父女俩确实多有不同。

初中前往美国求学一直到大学毕业，宗馥莉形成了一套西方化的处世逻辑——直接，坚持自我。2016年，宗馥莉在接受澎湃新闻采访时，毫不掩饰自己杀伐果断的一面。

在公司，宗馥莉认定的事情几乎没有妥协的余地。与父亲推崇的企业“家文化”不同，她崇尚的制度和效率。早期她手下的一些员工会因为没有完成任务而被直接开除，难有“讲情”余地。而宗庆后会悄悄地把被女儿开除的优秀员工“收回”娃哈哈集团。

宗馥莉进入娃哈哈集团后，她的这一个性仍备受外界关注。2019年，娃哈哈多位高层发生变动，引发外界猜测，认为这一变动与宗馥莉有关。不过当时新上任的高管中并没有宗馥莉。娃哈哈方面给到澎湃新闻的回应为，张毅勇、杜建英、黄敏珍三人已到正常退休年龄，属于正常退休。

宗庆后的管理风格则截然不同。“首先，宗庆后人情味很浓，且员工个人利益与娃哈哈公司利益深度捆绑。”肖竹青透露，娃哈哈有一个退养计划，对在娃哈哈干了10年以上的员工，一般不裁员。若是员工能力跟不上了，就将其调到保卫科或者仓库等后勤部门。在利益捆绑方面，娃哈哈旗下有由省区经理直接入股成立的子公司。

这样的管理方式在员工和娃哈哈之间建立了很深的关联。肖竹青告诉记者，在“达娃之争”中，达能曾通过猎头千方百计挖角娃哈哈的人，但“一个都没有挖动”。

对宗馥莉而言，和父亲宗庆后一同工作，也得直面娃哈哈集团内部“家文化”带来的“水土不服”。在第五届世界浙商大会上，宗馥莉向现场嘉宾求教，如何处理父亲和女儿，领导和下属的关系，认为“特别难搞”。

在2018年录制的一档视频节目中，她这样形容自己和父亲在管理方式上的差异：自己更依赖团队，希望团队去发现问题，解决问题；但父亲更多是给指令，其他人只要做好执行就行。

不过和早年几乎不留余地的风格相比，此时的宗馥莉已经软化了不少，在采访中曾表示自己变得“没这么凶残了”。同时，在和父亲共事的过程中，对不涉及公司根本利益的问题，她坦言自己妥协得更多。而在2016年，有员工透露，父女俩发生争执时，往往以宗庆后退让告终。

在外界的质疑声中，宗庆后逐渐退居二线，宗馥莉慢慢走向台前。2021年12月9日，娃哈哈集团在官网公布了一则人事变动，宗馥莉出任集团副董事长兼总经理，负责日常工作。其父宗庆后仍为集团董事长。也是在2021年，娃哈哈实现了业绩的双位数增长，收入重新回到500亿元以上。

2022年，再度谈起女儿，宗庆后已经是“女儿比我还厉害”。尽管在管理风格上，“自己比较宽容，女儿比较尖锐，”但他透露，“年度考评，他们都很服帖”。