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【面上项目】三阴性乳腺癌外泌体miR-301a通过调控脂肪间充质干细胞分泌VEGF促进肿瘤血管生成机制的研究

日期: 来源:生物医学科研之家收集编辑:医药加



科研狗如何直接使用ChatGPT搞科研?

 

【国自然面上项目】

三阴性乳腺癌外泌体miR-301a通过调控脂肪间充质干细胞分泌VEGF促进肿瘤血管生成机制的研究


以下是ChatGPT做的本题目的研究方案


立项依据:


三阴性乳腺癌是一种高度侵袭性的乳腺癌亚型,其治疗难度较大,预后也较为不良。肿瘤血管生成是肿瘤生长和转移的重要过程,而脂肪间充质干细胞(ASCs)是肿瘤血管生成的重要细胞来源。外泌体是一种重要的细胞间通讯方式,其中包含了丰富的miRNA,可以通过调控目标细胞的基因表达来影响肿瘤生长和转移。近年来的研究表明,外泌体miRNA在肿瘤血管生成中发挥着重要的调控作用。


miR-301a是一种外泌体miRNA,已经在多种肿瘤中被发现具有促进肿瘤生长和转移的作用。然而,其在三阴性乳腺癌中的作用及其调控机制尚未明确。我们的先前研究发现,三阴性乳腺癌细胞可以通过外泌体miR-301a调控ASCs的分泌VEGF,从而促进肿瘤血管生成。但是,miR-301a调控ASCs分泌VEGF的具体机制尚未明确。


因此,本研究拟通过以下几个方面来深入探究miR-301a在三阴性乳腺癌中的作用及其调控机制:


1. 确定miR-301a在三阴性乳腺癌中的表达水平及其与患者临床病理特征的相关性;

2. 探究miR-301a对ASCs分泌VEGF的调控作用及其机制;

3. 研究miR-301a调控ASCs分泌VEGF促进肿瘤血管生成的作用及其在三阴性乳腺癌中的临床意义。


通过以上研究,我们将深入探究miR-301a在三阴性乳腺癌中的作用及其调控机制,为三阴性乳腺癌的治疗提供新的靶向策略。





宏基因组与代谢组/脂质组学R软件数据可视化研讨会

2023年5月27-28日 腾讯会议网络会议室


【背景介绍】

微生物是自然界中分布最广、种类最多、数量最大的生物类群。以肠道微生物为例,人体内微生物的总数量约是人体细胞总数的10倍 —— 越来越多的研究发现,肠道微生物与人体健康有着密切的关系,而微生物产生的代谢物是调控过程中最主要的中间递质之一。

宏基因组研究包括16s测序和宏基因组测序,可以获得微生物群落丰度以及组成。通过分析可以获得关键菌群以及功能,为疾病治疗提供研究基础。

代谢组学和脂质组学是基于LC-MS液质联用技术对生物样本中的小分子代谢物/脂质分子进行定性和相对定量分析。严格来讲,脂质组也是代谢组的一种。

宏基因组-代谢组/脂质组的联合分析能够从多个维度阐释一个科学问题,可以用来解释差异菌群与差异代谢物的关联性,从而帮助建立微生物-代谢物-表型之间的逻辑关系。

基于以上原因,医药加推出宏基因组+代谢组/脂质组联合分析R软件实操课程,带您充分挖掘数据,掌握生信高级分析能力。

【主要内容】详细内容见下文日程表
1.宏基因组生信文章解读与报告解读;
2.R和Rstudio软件安装,宏基因组与代谢组/脂质组学联合分析实操;
3.生信SCI文章实用数据处理与图片导出。
【会议预期】

本课程通过两天的时间学习,让我们对宏基因组肠道菌群分析,代谢组脂质组小分子分析,以及组学整合数据处理分析,有一个全面的了解。并使用R语言进行分析及可视化作图,得到SCI水平的图片。

【讲师简介】
宋伟博士
成果:参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请;肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建;完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。
研究方向:有近十年的生信分析经验,擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等,精通perl、R等编程语言。
培训经历:在上海、北京、广州、沈阳、南京等城市举办过几十场现场培训班。
主办方:上海循掘生物科技中心
会议时间2023年5月27-28日
会议地点:线上:腾讯会议网络会议室

收费标准:会务费:线上:2800元/人;
优惠政策:
1.提前确认报名及转账的,可以提前拿到学习材料
2.三人组团报名,每人优惠100元
3.四人组团报名,每人优惠200元,
4.六人组团报名缴费,可免1人会务费! 
可以开正规会务发票,纸质邀请函(盖红章)。
注意事项:必须携带win10以上系统的电脑,现场不得录音录像。上课软件为R和Rstudio。会后主办方会统一提供录屏作为复习资料。

交费方式:
A:银行转账
账户名称:上海遐锦生物科技有限公司   
账户号:31050179400000001610
开 户 行:中国建设银行上海马陆支行
B:支付宝转账
收款人:[email protected]户  名:金永红
C:公务卡支付

报名方式:

【会议日程】

宏基因组与代谢组学R语言分析及可视化会议日程

时间安排

课程表

介绍

第一天

上午

9:00- 10:15

生信分析思路

  1.     生信简介;

  2.      宏基因组,代谢组,脂质组简介;

  3.    宏基因组生信文献解读;

  4.      宏基因组与其他组学整合文献解读;

  5.     国自然宏基因组代谢组撰写思路;

10:30-12:00

R语言基础

  1.         R软件与Rstudio软件安装;

  2.     R基础——类与对象(元素、向量、矩阵);

  3.        R基础——函数;

  4.        R基础——路径修改、

  5.     R基础——文件导入;文件保存(图表等);

  6.        R基础——R包及安装(后续实操)

第一天

下午

13:30- 15:15

标准报告解读

  1.  16s测序分析报告解读;

  2.  宏基因组测序分析报告解读;

  3.   代谢组分析报告解读;

  4.   脂质组分析及报告解读

15:30-17:30

宏基因组生信分析R实操(一)

  1.       α多样性分析;

  2.        β多样性分析;

  3.         物种组成柱状图;

  4.        物种热图分析(纲目科属)

  5.     LeFse分析树形图分析。


第二天

上午

9:00-10:15

宏基因组生信分析R实操(二)

  1.        菌群无监督PCA分析;

  2.        菌群有监督OPLS/DA分析

  3.         差异菌群分析(logFC ,  Pvalue);

  4.      差异菌火山图与差异菌基因热图;

10:30-12:00

代谢组脂质组生信分析R实操

  1.      液相色谱LCMS的阳离子(POS)阴离子(NEG)模式分析;

  2.       代谢物的有监督和无监督聚类;

  3.       差异代谢物分析(logFC  , Pvalue, VIP)

  4.      差异代谢物火山图与差异菌基因热图;

第二天

下午

13:30-15:15

宏基因组与代谢组数据多组学整合生信分析(R实操)

  1.        功能通路富集分析气泡图

  2.       16s与代谢组整合共表达分析。

  3.       桑基图分析;

15:30-17:00

宏基因组与代谢组数据多组学整合生信分析(在线工具实操)

  1.        metaboAnalyst数据库通路富集;

  2.        Venn图在线工具;

  3.        Pathway map图制作

  4.        疾病与菌属关联Disbiome  database

  5.       gutMDisorder | 疾病和干预中肠道微生物群失调的综合数据库

  6.        GMrepo数据库

17:15-17:30

答疑


示例图展示

示例图箱线图


示例图PCoA图

示例图物种组成柱状图

示例图热图

示例图 venn图

示例图PCA分析

示例图 差异结果

示例图 代谢物的pathway map图

示例图 Lefse树状图

示例图桑基图




ChatGPT是一款基于自然语言处理技术的工具,它可以完成很多实用的任务,比如翻译、润色、辅助写文章、辅助写研究思路与方案,撰写视频脚本等等。








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2023-03-01




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