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宏基因组与代谢组/脂质组学R软件数据可视化研讨会【3月25-26日】
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科研狗如何直接使用ChatGPT搞科研？
长链非编码RNA SNHG7调控乳腺癌化疗耐药的机制
以下是ChatGPT做的研究思路与方案
背景与意义：
乳腺癌是女性最常见的恶性肿瘤之一，化疗是乳腺癌治疗的重要手段之一。然而，化疗耐药是乳腺癌治疗中的主要问题之一，导致治疗失败和复发。因此，深入研究乳腺癌化疗耐药的机制，寻找新的治疗靶点，对于乳腺癌患者的治疗具有重要的临床意义。
长链非编码RNA（lncRNA）是一类长度超过200个核苷酸的RNA分子，不编码蛋白质，但在基因表达调控、细胞分化、细胞凋亡等生物学过程中发挥重要作用。近年来，越来越多的研究表明，lncRNA在肿瘤发生、发展和治疗中也起着重要的作用。其中，lncRNA SNHG7在多种肿瘤中表达异常，并参与了肿瘤细胞的增殖、迁移、侵袭、凋亡等生物学过程。
然而，目前对于lncRNA SNHG7在乳腺癌化疗耐药中的作用及其分子机制的研究还比较有限。因此，本研究将探究lncRNA SNHG7在乳腺癌化疗耐药中的作用及其分子机制，为乳腺癌治疗提供新的治疗靶点和策略。
研究内容：
本研究将采用体外和体内实验方法，探究lncRNA SNHG7在乳腺癌化疗耐药中的作用及其分子机制。具体研究内容如下：
1.检测lncRNA SNHG7在乳腺癌组织和化疗耐药细胞中的表达水平，并分析其与乳腺癌患者临床特征的关系。
2.通过lncRNA SNHG7的上调和下调实验，探究其对乳腺癌化疗耐药细胞增殖、迁移、侵袭、凋亡等生物学过程的影响。
3.通过RNA pull-down、RNA immunoprecipitation等实验方法，筛选和鉴定lncRNA SNHG7的靶基因，并分析其在乳腺癌化疗耐药中的作用。
4.通过Western blot、Real-time PCR等实验方法，探究lncRNA SNHG7调控靶基因的分子机制，包括信号通路的调节、转录因子的作用等。
预期成果：
本研究将探究lncRNA SNHG7在乳腺癌化疗耐药中的作用及其分子机制，预计将获得以下成果：
1.明确lncRNA SNHG7在乳腺癌化疗耐药中的作用及其表达水平与乳腺癌患者临床特征的关系。
2.揭示lncRNA SNHG7调控乳腺癌化疗耐药细胞增殖、迁移、侵袭、凋亡等生物学过程的分子机制。
3.筛选和鉴定lncRNA SNHG7的靶基因，并分析其在乳腺癌化疗耐药中的作用。
4.探究lncRNA SNHG7调控靶基因的分子机制，为乳腺癌治疗提供新的治疗靶点和策略。
结论：
本研究将探究lncRNA SNHG7在乳腺癌化疗耐药中的作用及其分子机制，为乳腺癌治疗提供新的治疗靶点和策略。同时，本研究也将为lncRNA在肿瘤发生、发展和治疗中的作用提供新的证据和理论基础。
TCGA&GEO数据分析及癌症预后模型构建靶标筛选研讨会
2023年5月11日、13-14日 腾讯网络会议
主办方：上海遐锦生物科技有限公司
会议时间：2023年5月11日、13-14日（2天1晚）
第1天 晚上19:00-22:00（线上）
第2、3天 白天9:00-18:00
会议地点：线上：腾讯网络会议室，
线下：中兴和泰酒店 上海市浦东新区科苑路866号
会务费用：3500元/人
优惠政策：
1.提前确认报名及转账的，可以提前拿到学习材料
2.三人组团报名，每人优惠100元
3.四人组团报名，每人优惠200元，
4.六人组团报名缴费，可免1人参会费！
可以开正规会务发票，纸质邀请函（盖红章）。
注意事项：使用win7以上系统的电脑，现场不得录音录像。上课软件为Cytoscape，Heml，GSEA，R和Rstudio。
另外需安装腾讯会议软件。
交费方式：
A：银行转账
账户名称：上海遐锦生物科技有限公司账户号：31050179400000001610
开 户 行：中国建设银行上海马陆支行
B：支付宝转账
收款人：yonghong1028@126.com户 名:金永红
C：公务卡微信支付
报名方式：
详细日程参见日程表
TCGA&GEO数据分析及癌症预后模型构建靶标筛选日程 | |||
时间安排 | 大纲 | 详细内容 | |
第一天 晚上 | 19:00~20:30 | 生信与临床关联，以及文献解读 | 生物信息介绍，与临床的密切关联； 国自然前期基础研究中生信的作用。 |
高通量：测序及芯片介绍——不同组学：转录组学、基因组学、表观组学、顺反组学、宏基因组学等。 | |||
经典生信SCI文章的解读，了解TCGA数据库、GEO 数据库这些公共数据的挖掘获得创新结论并发文章的思路。 | |||
20:45-22:00 | R语言学习 | R软件与Rstudio软件下载、安装、界面。 R语言基础：元素、向量、矩阵、数组 R语言函数：计算函数、统计函数等 R语言路径确认及修改 R语言文件（图、表）的导入和导出 R语言包：常见R包的下载安装方法 | |
第二天 | 9:00~
10:20 | TCGA数据库 NCBI
GEO数据库 | TCGA数据库：最全的癌症高通量数据公共库(简介) TCGA数据库的介绍和使用（包含了转录组、基因组、表观组和临床信息数据） GEO数据库介绍： 数据量最大的高通量公共数据库。 GEO数据库的高通量芯片数据查找、筛选、探针转换、差异分析等。 |
茶歇 | |||
10:30~12:00 | TCGA相关的下载工具 | TCGA数据库癌症数据下载：RNA-seq数据、miRNA-seq数据、甲基化数据、基因组数据及临床信息数据的下载 | |
午饭休息 | |||
13:30~15:20 | 差异分析及作图 | GEO2R工具 R语言：差异分析limma包使用、火山图制作 | |
茶歇 | |||
15:30~17:30 | 数据的后续高级分析工具实战 | 聚类热图制作 R语言pheatmap包做聚类热图 DAVID功能富集分析——GO富集和KEGG
pathway富集分析 | |
第三天 | 9:00~
10:20 | 蛋白互作分析及网络图构建美化 | 蛋白与蛋白互作分析（PPI）——STRING数据库 |
cytoscape软件 ：网络图构建及网络拓补学分析 筛选关键hub基因 | |||
茶歇 | |||
10:30~12:00 | 癌症预后模型构建R语言实操 | 单因素及多因素cox回归分析 | |
LASSO回归分析筛选特征因子基因 | |||
生存预后风险预测模型效能评估和比较分析 | |||
独立生存预后因素的生存率模型的构建 | |||
午饭休息 | |||
13:30~15:20 | TCGA相关的在线分析工具实操 | TCGA数据分析——突变分析、差异分析、关联分析、生存分析、miRNA调控靶基因分析等。 Ualcan数据库学习 GEPIA数据库学习 | |
茶歇 | |||
15:35~17:00 | 思路讨论 | 基于GEO数据库多套数据整合（meta）分析思路 | |
基于TCGA的lncRNA-miRNA-mRNA全转录组整合分析思路 | |||
基于TCGA的甲基化与转录组整合分析思路 | |||
基于TCGA的基因组与转录组整合分析思路 | |||
串讲 | 实操大串讲 | ||
备注：讲师基于windows系统讲解，请尽量使用windows电脑参加 | |||
通过本次学习，您可以学会以下作图（包括但不限于）
示例图样本表达箱式图
示例图差异结果展示：火山图与热图
示例图关键基因的聚类热图
示例图通路富集分析结果图
示例图网络图
示例图关键基因的KM生存曲线图
示例图关键基因的突变oncoprint热图
示例图关键基因的表达箱式图
示例图 venn图
示例图森林图与lasso回归分析
示例图模型验证
示例图列线图
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