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计算机辅助药物设计(分子对接)网络学习班

日期: 来源:生物医学科研之家收集编辑:医药加



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计算机辅助药物设计(分子对接)网络学习班

医药加科研培训中心,2023年3月11日-12日  腾讯会议

近年来,随着计算机科学及相关基础学科的发展与进步,基于计算机图形学、数据库技术、人工智能等新技术的药物分子设计手段正日臻成熟,不断取得突破性进展,有力推动药物设计领域日趋完善。这不仅为新药创制事业提供了新利器,更有效加速了新药成功开发的概率、缩短新药上市周期,更好地满足临床需求。

计算机辅助药物设计(computer-aided drug design,CADD)通过计算机模拟等计算方法,预测药物与受体生物大分子之间的关系,设计和优化先导化合物。这种方法大大加快了新药设计的速度,节省了药物发现的人力和物力,使药物学家能够以理论为指导,有目的地开发新药。同时,在药物机制的研究中,在用实验方法验证药物与受体的相互作用之前,通常会用分子对接的方法预测药物与靶标的结合,以节省实验花费。计算机辅助药物设计已经成为新药开发、药物机制研究中重要的研究手段之一。

一、时间地点:3月11日-12日腾讯会议

二、学习目标:

本课程系统讲解计算机辅助药物设计的关键技术,配合案例解析边讲边练,使学员能运用模拟软件针对每个技术点进行上机操作。学习班全部采用免费数据库、免费软件、和在线分析工具,学员不需要编写程序。适合零基础学员,做到课程学完,就能独立进行蛋白质结构同源建模、分子对接、虚拟筛选等计算分析。

三、授课方式:

本学习班全程在线电脑实战教学,90%以上为上机指导操作,无繁琐的理论授课。建立专属班级交流平台,学员学完后可以继续在班级群与老师同学交流问题,巩固学习内容。

四、参会对象:

各级医院临床医生、药师、科研单位研究人员、高校老师、硕/博士研究生、对计算机辅助药物设计感兴趣的广大师生(尤其适合初学者和无基础的学员,无需任何基础,也无需学习任何编程语言)。

五、主讲专家:

本次主讲老师是生物信息学博士,大学教授, 从事计算生物学、生物信息学方向研究十余年,主持参与了多项国家自然基金项目,发表数十篇SCI论文,含多篇5分以上的文章。讲课效果好,深得学员好评。

六、课程安排:


时间

授课内容

第1天

9:00-12:00

1. 分子对接基础知识

2. 分子结构文件的获取和处理

  •   化合物结构的获取

  •   化合物ADMET性质预测

  •   多肽结构的获取

  •   蛋白结构的获取

  •   蛋白结构的同源建模

  •   不同格式结构文件的转换

  • 软件介绍

  •   蛋白对象的操作、展现、隐藏、标记、测量

  •   分子对接结果的美化展示

13:30-17:00

1. 配体-受体结合位点可视化分析工具介绍

2. 用AutoDock及autoDock vina进行小分子与蛋白对接

  •   准备工作

  •   准备受体文件

  •   准备配体文件

  •   确定对接盒子

  •   蛋白受体格点计算

  •   设置对接参数

  •   用AutoDock作分子对接

  •   结果查看与分析

  •   用AutoDock vina 作对接

  •   确定对接盒子的其他方法

第2天

9:00-12:00

    1.  用AutoDock Vina 作虚拟筛选

    1. l  蛋白活性口袋的预测

    2. l  化合物的下载与处理

    3. l  AutoDock vina 进行一对多或多对多的对接

    4. l  计算redocking多个pose的RMSD

    2.  金属酶蛋白与小分子对接

    1. l  用AutoDock4Zn作对接的方法

    用AotoDock vina作对接的方法

13:30-17:00

  1. 1.  蛋白-多肽对接

  2. l  用免费在线平台作对接

  3. l  用ADCP作对接—结合位点已知的情况

  4. l  用ADCP作对接—结合位点未知的情况

  5. l  用autoDock vina 作对接

  6. 2.  蛋白-蛋白对接

用免费在线平台作对接

备注:自带笔记本电脑,安装WINDOWS 64位操作系统。


学习费用

学费 3000元/每位(两天集中网络授课,互动性好,可开发票,可回放)


优惠政策

1. 疫情过后,可补差价参加医药加线下同名班

2. 参加过医药加同名线下班的学员,只要300元复听费用(推荐新学员的,免收复听费用)

3. 办理了SCI或者国自然VIP年卡的学员是免费参加。

4. 新学员分享朋友圈,支付一人,可以来两人参加或者赠送一个复听名额。


付款方式:

A:银行转账

账户名称:上海遐锦生物科技有限公司 

账户号:31050179400000001610

开 户 行:中国建设银行上海马陆支行

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 流程一:先把标书初稿交给医药加,匹配相关研究领域的国自然专家,并预约专家评审辅导时间

流程二:国自然评审专家做标书评审与指导(一对一指导,腾讯会议1小时)

我们的国自然专家会看你标书的科学价值,创新性与可行性如何?立项是否充分?关键致命问题有哪些?再1小时内具体给您做指导。

流程三(如有进一步的需求,可拉讨论组):经过专家评审指导之后,如有通过修改后命中标书的希望,再做专家一对一持续性互动修改辅导

(持续性指导是一直指导到你在系统提交标书为止),可以大大提升标书的命中率!





国自然专家简介


国自然专家一:T教授,博士生导师。先后主持973计划课题、国家自然科学基金重大研究计划课题等国家级重大项目。担任过多次基金项目的评审专家,将会以评审专家的角度来解析并回答上述的一系列问题,并且将与学员们采取现场互动的方式来授课,点评学员所写的标书存在的问题,赏析中标标书,让学员能在现场模拟撰写!自1998年来,年平均一对一辅导撰写国家自然科学基金60余份,平均中标率达50%以上。特别擅长评审的研究方向是:肠道微生物,代谢,中医药,药理,肿瘤,非编码RNA,免疫,衰老,脑神经科学等领域。



国自然专家二:

M教授,博士生导师。北京大学博士,斯坦福大学博士后,欧盟Erasmus+访问学者。主要从事肿瘤分子生物学,药理学等研究,在相关领域取得了令人瞩目的成就。在Blood、Cancer Research、Oncogene、Journal of Clinical Investigation、Journal of Biological Chemistry等著名杂志已发表研究论文60多篇,IF>400。主持重点国合等项目。评审重点、重点国合、优青、杰青等不同类型项目,经验丰富。


国自然专家三:

W教授,国内某高校教授,博士生导师。作为课题负责人先后主持肠道菌群与代谢组学研究国家级课题和部省级课题多项,并先后承担多项973计划课题中有关代谢组学方面的研究课题。所带领的团队主要采用代谢组学、生态学、生物信息学、分子生物学等多种宏观与微观相结合的方法,从宿主代谢与菌群微生态交互作用的角度对胃肠道疾病、神经退行性疾病的菌-肠-脑机制进行研究。目前已发表多篇SCI论文,在肠道菌群、代谢组学数据分析策略等相关领域受到了广泛关注和认可。


国自然专家四

国内知名⾼校教授,博⼠⽣导师,曾在海外从事微⽣态与营养健康相关研究10余年,主要涉及肠道炎症反应、⼤肠癌发病机制以及肌⾁和脂肪⼲细胞⽣理的分⼦机制的研究,拥有⽣物医学、分⼦⽣物学、细 胞⽣物学和⽣物化学等⽅⾯深厚的理论研究及实验操作经验。近年来在Journal of Clinical Investigation, Nucleic Acids Research, PNAS,Cell Metabolism, Gastroenterology 等国际权威期刊发表SCI学术论⽂31篇,总影响因⼦~200,累计参与主持多项国⾃然基⾦及美国国⽴卫⽣研究院(NIH)资助的科学研究基⾦,申请发明专利4件,授权软件著作权1件。近年来在中国肠道⼤会、EMBL Conference、中华医学会等⾼⽔平会议进⾏微⽣物领域专题汇报,获得了业界的⼴泛关注和认可。


国自然专家五:

S教授,博士生导师,研究员,百名青年学科带头人。主要从事单细胞组学、空间组学及表观组学的生物信息分析与调控机制解析。

S教授长期从事单细胞以及表观组学的生物信息学分析及功能研究。阐明RNA修饰调控多种生理(胚胎发育、精子发生、神经发育等)和病理过程(肿瘤发生、肥胖等)的分子机理,并通过单细胞组学揭示癌症等疾病发生的分子机制。其科研成果以(共同)第一作者发表于Nature,Nature Cell Biology,Science Translational Medicine,Molecular Cell, Cell Research等多个具有国际影响力的权威期刊上,引用超过4000次。


国自然专家六:

H教授,博士生导师,主持国家重点研发计划“干细胞及转化研究”重点专项(首席科学家)、国家自然科学基金(5项)、国家重点研发计划发育编程及其代谢调节重点专项PI、上海市科委重大课题等30余项课题,累计经费9600万元。发表论文72篇,其中SCI论文42篇,总影响因子323。以第一作者或通讯作者(含共同)发表SCI论文25篇,总影响因子186,4篇影响因子大于20。申请专利11项,其中5项已授权,国际PCT专利1项。参加专著和国家统编教材编写9部,承担教学课题和学生创新指导课题8项。研究成果被评为中国科学十大进展、细胞出版社中国年度论文、上海市优秀发明金奖、上海医学科技奖二等奖、浦东新区科技进步一等奖等。


国自然专家七:

Q教授,博士生导师,博士生导师,重塑相关心血管疾病教育部重点实验室副主任。兼中国生理学会副秘书长及中国病理生理学会常务理事。长期从事代谢异常与重塑相关心血管疾病的发病机制及潜在靶点研究。在Circulation、Hepatology、J Hepatol等杂志发表论文50余篇。主持国家自然科学基金重大研究计划等项目6项,参与科技部重点研发计划2项,入选北京市海外高层次人才计划及教委长城学者计划等。

国自然专家八:

X教授,脂糖代谢实验室/重庆市重大代谢性疾病转化医学重点实验室,主任、教授、博士生导师、内分泌与代谢学科带头人;中国侨界(创新人才)贡献奖获得者;美国内分泌学会高级会员、美国生理学会、美国糖尿病协会会员;Journal of Neuroendocrinology等期刊审稿专家。近五年,主持国家级项目3项(国家自然科学基金重点项目1项、面上项目2项),省部级课题2项;发表通讯作者SCI 论文5篇;获得中华医学会科研奖励1项;培养博士1人,硕士16人。疾病转化医学重点实验室,主任、教授、博士生导师、内分泌与代谢学科带头人;重庆市生物化学与分子药理学重点实验室PI、脂糖代谢实验室实验室执行主任。中国侨界(创新人才)贡献奖获得者;美国内分泌学会高级会员、美国生理学会、美国糖尿病协会会员;Journal of Neuroendocrinology等期刊审稿专家。近五年,主持国家级项目3项(国家自然科学基金重点项目1项、面上项目2项)。


国自然专家九:

L教授,医院病理科主任、博士生导师、病理学科带头人;重庆市中青年骨干教师,霍英东青年教师奖获得者;USCAP会员,国际老年痴呆协会会员,中国神经科学学会会员,多个国内外期刊审稿专家。近五年,主持国家级项目4项(国家自然科学基金面上项目3项、青年基金项目1项),省部级课题3项;发表通讯作者SCI 论文二十余篇;培养博士1人,硕士23人,曾作为访问学者、访问教授分别留学加拿大、美国。


国自然专家十:

中科院研究员,中国科学院研究生院生物化学与分子生物学博士,2001-2008年任职于美国罗约拉大学医学中心神经科学部期间,曾与著名神经内分泌学专家Louis Van de Kar 教授、George Battaglia教授等合作从事神经药理学研究,共同主持和参与多项美国心脏协会和美国国家卫生部(NIH)项目。2008年回国以来主持多项国自然,评审国自然经验丰富。


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