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MP封面文章 │ 北京大学现代农业研究院为猕猴桃育种装上中国“芯"

日期: 来源:CellPress细胞科学收集编辑:Cell Press

生命科学

Life science

梦想有温度,追求有情怀,成就才有厚度。2月6日,由北京大学现代农业研究院、潍坊现代农业山东省实验室何航、邓兴旺团队与武汉植物园钟彩虹团队/李大卫研究员合作的论文“Two haplotype-resolved, gap-free genome assemblies for Actinidia latifolia and Actinidia chinensis shed light on regulation mechanisms of vitamin C and sucrose metabolism in kiwifruit”,作为封面文章发表在Cell Press细胞出版社旗下期刊Molecular Plant上。封面呈现的是中秋之夜,中国古人品尝猕猴桃的画面,复现了唐代诗人岑参描绘的“中庭井阑上,一架猕猴桃”的闲适场景。

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“隰有苌楚,猗傩其枝”“其形如梨,其色如桃,而猕猴喜食,故有诸名”。中国是猕猴桃的起源地和分布中心,早在先秦时期的《诗经》和李时珍的《本草纲目》中就有了猕猴桃的记载。


我国从上世纪70年代末开始种植猕猴桃,历经40年的发展,猕猴桃收获面积和产量均占世界总产量和栽种面积的一半以上。然而,我国猕猴桃研究和产业发展却长期落后于新西兰、意大利等猕猴桃科研、生产大国。


“我们要让全世界知道,最好吃的猕猴桃,品质最完美的猕猴桃,让农民最赚钱的猕猴桃,是在中国的!”北京大学现代农业研究院博士后韩雪,作为猕猴桃课题组的一员,满怀斗志与豪情。


“我们现在能吃到美味的猕猴桃应该也与古人的发现与移栽有关。”课题负责人何航研究员说:“这项研究是两个最优秀的团队碰撞的结果,武汉植物园团队对于猕猴桃材料的了解与储备奠定了成功的基础。”


何航研究员(右)与李大卫研究员(左)在宜昌调查野生猕猴桃

论文报道了阔叶猕猴桃与中华猕猴桃T2T无缺口基因组图谱,整合基因组、转录组、代谢组多组学分析深入挖掘猕猴桃果实品质调控基因,为猕猴桃功能基因与分子育种研究提供了重要资源,标志着猕猴桃正式进入精准设计育种的4.0时代!


据研究团队介绍,猕猴桃属于多年生落叶果树,具有雌雄异株、高度杂合、自交不亲和、育种周期长等特征,国内外育种家仍依赖传统育种手段,育种的盲目性较大。开辟遗传改良新途径、拓宽栽培猕猴桃的遗传基础,对国内猕猴桃产业发展有重大意义。


中华猕猴桃与阔叶猕猴桃无缺口基因组图谱

甜度高、营养丰富是大众及果农选择水果品种的主要标准。该研究团队选择了具有超高维生素C含量的阔叶猕猴桃,以及我国具有独立知识产权的中华猕猴桃优良品种“东红”作为研究对象,通过整合深度测序的PacBio HiFi, Hi-C, ONT数据,完成了两个端粒至端粒无缺口猕猴桃基因组拼接,同时获得了染色体级别的单倍型基因组。研究发现,维生素合成途径基因在不同猕猴桃物种中分布较为保守,但其表达模式在高维生素C含量材料(阔叶)和低维生素C含量材料(东红)中不完全相同。


与阔叶猕猴桃相比,东红猕猴桃具有显著更高的甜度。通过对开花后30天、60天、95天和135天的果实进行广泛靶向代谢组与转录组测序,发现在果实发育后期高含量的代谢物中富集糖醇类代谢物。经过与转录组相互关联,鉴定出一个蔗糖转运蛋白基因AcSWEET9b,具有与蔗糖的含量显著相关的表达模式。通过一系列实验得出,AcSWEET9b启动子区域在红心猕猴桃驯化过程中被人工选择,可能是红心猕猴桃甜度增加的重要原因。何航研究员说:“该项工作不仅尝试回答猕猴桃是怎样被选择下来的,还为建立精准育种体系建立基础。”


“整个课题完成期间邓兴旺老师、何航老师、李大卫老师经常给我们指导,并提出关键性的指导意见。”韩雪说:“也正是这些老师悉心指导、团队成员通力合作,再加上研究院强大的计算资源支撑,课题才能顺利完成。”


据悉,北京大学现代农业研究院、潍坊现代农业山东省实验室在T2T无缺口基因组领域的西瓜、水稻、拟南芥、猕猴桃等物种中均报道了这一标准的参考基因组,代表了研究院、省实验在基于农业大数据的育种4.0方向的领先地位。攻克难关,解决卡脖子问题,研究院、省实验室一直在路上。



相关论文信息

论文原文刊载于CellPress细胞出版社旗下期刊Molecular Plant上,点击“阅读原文”或扫描下方二维码查看论文

▌论文标题:

Two haplotype-resolved, gap-free genome assemblies for Actinidia latifolia and Actinidia chinensis shed light on the regulatory mechanisms of vitamin C and sucrose metabolism in kiwifruit

▌论文网址:

https://www.cell.com/molecular-plant/fulltext/S1674-2052(22)00476-2

▌DOI:

https://doi.org/10.1016/j.molp.2022.12.022

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