【面上项目与ChatGPT】:请以基于单细胞转录组学及表观遗传组学分析的肺癌进化分子机制研究为题，写一篇研究方案
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科研狗如何直接使用ChatGPT搞科研？
【面上项目】以磷酸化修饰对PRRSVN蛋白功能的影响
以下是ChatGPT做的研究思路与方案
背景介绍：
猪繁殖与呼吸综合症病毒（PRRSV）是一种严重危害猪业的病毒，其核衣壳蛋白（N蛋白）是病毒颗粒的主要组成部分。N蛋白在病毒生命周期中起着重要的作用，包括病毒RNA的包装、病毒复制、病毒颗粒的形成等。磷酸化修饰是一种重要的蛋白质修饰方式，能够调节蛋白质的活性、稳定性、亚细胞定位等，对于病毒感染和复制过程中的蛋白质功能也有很大的影响。
研究意义：
PRRSV N蛋白的磷酸化修饰对其功能的影响尚未被深入研究。因此，本研究旨在探究磷酸化修饰对PRRSV N蛋白的影响，以期为深入理解PRRSV感染和复制机制提供新的理论基础。
研究内容：
1.通过质谱分析技术鉴定PRRSV N蛋白的磷酸化位点。
2.构建磷酸化位点突变的PRRSV N蛋白表达载体，通过细胞培养和病毒感染实验，比较突变蛋白与野生型蛋白在病毒复制和感染过程中的差异。
3.通过免疫共沉淀、荧光共聚焦等技术，探究PRRSV N蛋白磷酸化修饰与其他蛋白质的相互作用。
4.通过RNA测序技术，分析PRRSV感染细胞后磷酸化修饰位点的基因表达变化，探究磷酸化修饰在PRRSV感染过程中的作用机制。
预期成果：
1.鉴定PRRSV N蛋白的磷酸化位点，为后续研究提供基础数据。
2.研究突变蛋白与野生型蛋白在病毒复制和感染过程中的差异，揭示磷酸化修饰对PRRSV N蛋白功能的影响。
3.探究PRRSV N蛋白磷酸化修饰与其他蛋白质的相互作用，为深入理解PRRSV感染机制提供新的思路。
4.分析磷酸化修饰位点的基因表达变化，揭示磷酸化修饰在PRRSV感染过程中的作用机制。
总结：
本研究将探究磷酸化修饰对PRRSV N蛋白功能的影响，为深入理解PRRSV感染和复制机制提供新的理论基础，为研发新型抗病毒药物提供新的思路。
Python生物信息从入门到进阶研讨会
2023年4月7-9日 线下班与腾讯会议
培训时间：2023年4月7-9日，1日晚上有预备课。
培训地点：线下班（深圳清华大学内）与腾讯会议
地点：腾讯会议网络会议室
主办方：上海循掘生物科技中心
收费标准：
3800元/人， 注册费包含教材、但不包括住宿费和晚餐。
优惠措施：提前报名并付费可以提前拿到学习资料
3人组团，每人优惠100元，4人组团，每人优惠200元
6人组团，可免一人注册费（即只交5个人的费用）
参加复听的学员，每人只需交600元费用（可以这次一起向单位多申请600元）
付款方式：
A：银行转账
账户名称：上海遐锦生物科技有限公司
账户号：31050179400000001610
开 户 行：中国建设银行上海马陆支行
B：支付宝转账
收款人：yonghong1028@126.com 户 名:金永红
C：公务卡微信支付
报名方式：
以下为详细日程：
Python学习班课程安排 | |||
日期 | 时间 | 主要内容 | 详细内容 |
备课 | 19:00-20:30 | 软件安装 | Git、Atom、Python安装 |
第一天上午 | 9:00-10:30 | 计算机语言基本介绍 | 计算机语言介绍、不同语言比较、Python的优缺点、Github介绍 |
程序的组织与写作、Git介绍 | |||
基本数学计算、变量、字符、文字 | |||
交互式输入与输出、上载与下载文件 | |||
10:30-10:45 | |||
10:45-12:00 | 计算机语言数据结构与逻辑教学 | 交互式输入与输出、上载与下载文件 | |
循环与逻辑 | |||
数据结构：序列和字典 | |||
12:00-13:00 | 午休时间 | ||
第一天下午 | 13:00-15:30 | 编程基本讲解与Python软件包教学 | 面向对象编程 |
模块、类与对象 | |||
Python软件包，如何制作并使用 | |||
Debugging、自测试 | |||
15:30-15:45 | |||
15:45-18:00 | 基本程序写作及网络数据挖掘写作 | Python统计计算，均值、方差、t统计、p值、pdf和cdf统计分布图 | |
基本网络数据挖掘写作 | |||
第二天上午 | 9:00-10:30 | Matplotlin软件包及实操（一） | Matplotlin软件包介绍 |
现状图、柱形图、散点图、 | |||
轮廓图、图像保存 | |||
一般图像的输入、输出 | |||
10:30-10:45 | 休息 | ||
10:45-12:00 | Matplotlin软件包及实操（二） | 矩阵基础、数字图像是什么？ | |
基本图像数字处理、平移、缩放、旋转 | |||
Affine转化、图像切割、多图绘制 | |||
12:00-13:00 | 午休时间 | ||
第二天下午及晚上 | 13:00-15:30 | Numpy软件包介绍及实操（一） | Numpy软件包介绍、数组属性 |
创建数组、数值性质、切片索引 | |||
高级索引 | |||
15:30-15:45 | 休息 | ||
15:45-18:00 | Numpy软件包介绍及实操（二） | 广播、数组迭代 | |
数组操作、位运算、字符串函数 | |||
数学函数、统计函数、基础统计介绍 | |||
矩阵库、线性代数运算 | |||
18:00-19:00 | 晚饭及休息时间 | ||
19:00-22:00 | mxnet软件包介绍及实操 | 线性神经网络、softmax回归 | |
图像分类MNIST | |||
多层感知机 | |||
深度学习计算，卷积神经网络 | |||
第三天上午 | 9:00-10:30 | Pandas软件包介绍及实操 | Pandas软件包介绍 |
选择数据、设置值处理、数据丢失、合并出图 | |||
全基因组sgRNA数据的分析、sgRNA序列提取、GC含量、sgRNA位置信息提取、sgRNA序列比对 | |||
10:30-10:45 | 休息 | ||
10:45-12:00 | Biophython软件包介绍及实操 | 基因序列管理、比对 | |
DNA序列转录、翻译 | |||
多序列比对、序列输入输出 | |||
Nibabel软件包及实操 | Nibabel软件包介绍 | ||
磁共振MRI数据读取 | |||
矩阵提取、结果可视化、运动矫正、线性回归 | |||
磁共振MRI数据读取 | |||
12:00-13:00 | 午休时间 | ||
第三天下午 | 13:00-15:00 | Scikit learn软件包及实操 | 矩阵提取、结果可视化、运动矫正、线性回归 |
线性回归 | |||
分类、无监督 | |||
数据降维、数据预处理、PCA、K-means、支持向量机SVM、决策树 | |||
15:00-15:15 | |||
15:15-17:00 | Tensorflow深度学习介绍 | 卷积、正向反向传播、优化器、损失函数、池化、BN | |
LeNet, AlexNet, VGGnet, Inception, ResNet网络介绍与应用 | |||
图网络与超图网络介绍 | |||
备注：务必自带电脑，要求windows系统，有大于50G可用内存。学习班可提供安装包 | |||
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