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古DNA重建旧世图景:古格陵兰的灭绝生灵 | Nature视频

日期: 来源:Nature Portfolio收集编辑:Nature Portfolio

格陵兰冻土中发现的古DNA已有200万年的历史,是目前最古老的 DNA 记录,对这些DNA进行测序,科学家们为我们揭示了一个超乎想象的古代世界。北美发现的乳齿象曾游荡于格陵兰岛的兽群之中——一些出乎人意料关于灭绝生物的发现。


在视频中,研究者Eske Willerslev解释了环境中发现的DNA可以如何用于重建过往的世界,以及被称为“e-DNA”的技术如何成为了古生物学家的重要工具。


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视频文字稿:


几个世纪以来,化石推动着我们对古代物种的理解,但DNA正在改变这一局面。我们行走在今日的DNA中,如果深挖下去,也会得到古代的DNA。


现在,一个研究团队测序了已知最古老的DNA。比我们之前认为的可能年代还早了一倍。


这些DNA有200万年的历史,他们从中重绘了详细而惊人的古代世界图景。


我们基本能看到整个栩栩如生的生态系统,这太奇妙了,真的太奇妙了。


Eske Willerslev是一位遗传学家和古生物学家,他协助开拓了一项技术,能用古DNA挖掘过去的世界。


看看周围,这里是剑桥的动物学博物馆,到处都是遗骨,这是人们了解过去的传统方式,但化石终究是稀有的,只有很苛刻的条件才能形成化石把骨骼等物质保存下来,而且古生物学家还要靠运气才能发现化石。


而DNA却无处不在。


体内每一个细胞都含有DNA,而像这样的地懒或是象,它们无时不在朝环境中脱落DNA。所以只要我这么做,这个台子上就有我的DNA了。


这叫环境DNA或e-DNA。Eske已经对e-DNA研究了数十年,这已成为古生物学的一个如火如荼的领域,但过去并不是这样。


我还记得在我读博士的时候,我去找导师说,我觉得我可以试试检测动植物的DNA会不会保留在土壤中。因为我坐在窗边,看到树上的叶子落下,狗在街上拉屎。问题是这些DNA后来怎么样了?我想也许它会留存在沉积物里,然后他嘲笑了我,说我这辈子从没听过这么蠢的事。


如今 Eske的研究需要寻找古代土壤中保存的DNA。DNA分子是带电的,一些土壤里的沉积物颗粒也是带电的,所以DNA会与这些沉积物颗粒结合,降低DNA的化学降解速率。


环境越冷,DNA保存地越好,所以搜寻古DNA的一个最佳地点是那些持续结冻的土地,也就是永久冻土。于是 2006年 ,Eske和同事前往格陵兰寻找古代冻土。


我们称那里为极地荒漠,那是一片乱石嶙峋之地,你看到生命在那里挣扎求存,老实说你自己在那里时也一样。


团队在名为Kap København组的遗址取样,这些是冻土土芯,最古老的部分可追溯至200万年前。但当他们尝试在2006年寻找DNA时,他们并不走运。


我们使用当时可用的技术,结果一无所获,当时的一般观点是,DNA最多能幸存个100万年,所以也不奇怪,但每次我们在DNA提取技术或测序能力上有所进步,我们就会用Kap København的样本上再试一遍。但我们一直没成功,直到几年前,突然有了起色。


随着技术进步,团队成功提取了与沉积物结合的DNA短片段,而且数量越来越多,随后再用现代生物分子技术进行扩增。


那个时候,我们说,哇,我们有了200万年的DNA,第二个哇,是我们有了动物DNA的时候。


最终他们成功组装了DNA片段,绘出了一幅古代世界的可能图景。


我们有了突破,基本上可以看到整个生态系统复现在眼前,这太奇妙了,真的太奇妙了!那里有跑来跑去的乳齿象、驯鹿、雁、野兔 还有鲎这样的海洋动物,这表明当时的环境十分温暖,甚至海洋也比现在要暖,这也令我们很意外。


这和今天的格陵兰截然不同,发现乳齿象这种象的古代近亲,尤其出乎意料。


没人想到乳齿象会出现在那里,它是在北美发现的,当时的格陵兰已是一个岛屿,和今天一样与北美大陆分离,因此人们不认为乳齿象能到达那里。但它确实到了格陵兰,对吗?所以要么它是从加拿大岛屿游到了格陵兰,要么是从海冰上走过去的。


乳齿象化石曾在北美多地发现,但格陵兰从来没有,Eske说这证明了使用e-DNA研究古代生态系统的优势。


显然,古生物学可以做的事情不止于遗骨鉴定,如果你发现了部分骸骨,你可以了解它的移动方式,了解它生前是否受过伤等信息。DNA没法告诉你这些,但DNA可以告诉你的是遗传密码携带的信息,让我们有机会追溯演化进程,了解物种的遗传改变,它还能让我们看到单个物种水平和整个生态系统层面的演化。


随着技术进步,古生物学家对e-DNA的使用多了起来,Eske已经在考虑如何提取更古老的DNA。


我认为完全可以再往前推,我确实这么想,至少有一个重要原因,我们可以看到有些沉积物中的DNA在现阶段还无法完好地提取,等我们有能力这么做的时候,我们当然也在努力,我相信就能获得全新的DNA库,这将把我们带回到更古老的过去。


过去最古老的DNA纪录是120万年,来自一头冻在西伯利亚永久冻土中的猛犸象,Eske的200万年DNA已经是一步重大飞跃。但能重新提取的最古老DNA可能也有上限,理论上留存至今的冻土最老的为260万年。


那之前的气候过于温暖,无法形成冻土,但仅仅找到最古老的DNA还不够,要将此类技术用于不同类型的环境也是一个很大的挑战。


我们能在格陵兰找到样本显然是因为那里足够冷,这对于保存长期DNA很重要,因此如果你想要获得几百万年前的DNA,那里是你的首选地,其他环境下是否也能得到这些DNA, 比如不同温度,我不排除这种可能性,因为温度尽管很重要,但不是唯一的决定因素。


当然仅仅研究DNA是不够的,没有化石记录,我们就无法深入了解这些动物到底长什么样子。但对于更晚近的时期, e-DNA 是古生物学的一个新的有力工具。


环境DNA正在变成人们越来越常用的工具,用于描述种群,所以我认为人们会一直结合各种工具 。我还很确定,坦率地说,将来我们会看到我现在甚至无法想象的工具。


即使现在,也还有许多有待使用环境DNA去了解的生态系统,也许还有更多惊喜等待发现。


这太棒了,这不就是你做科研的初衷吗?正是因为这些时刻,你知道,你会说,我的天,这改变了我们看待事物的方式,这正是一个科学家的梦想。

© nature

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A 2-million-year-old ecosystem in Greenland uncovered by environmental DNA


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