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生命科学
Life science
临床上最常用的β内酰胺抗菌药物耐药问题不断加剧,引起了全球广泛关注和警惕。丝氨酸β-内酰胺酶(SBL)和金属β-内酰胺酶(MBL)基因表达及广泛传播,是革兰阴性菌中导致β-内酰胺抗菌药物耐药主要机制。β-内酰胺抗菌药物与SBL抑制剂的联用已在临床上取得巨大成功,但尚无MBL抑制剂应用于临床。MBL可水解包含碳青霉烯在内的几乎所有β-内酰胺抗菌药物,并且产MBL的多种革兰阴性细菌已全球性传播,引起严重危害。近日,四川大学宗志勇教授与李国菠教授课题组在Cell Press细胞出版社期刊Trends in Microbiology发表了题为“Metallo-β-lactamase-mediated antimicrobial resistance and progress in inhibitor discovery”的综述文章,总结和更新了MBL的分类、结构、底物、催化机制和抑制剂类型等,强调了MBL耐药带来的临床问题以及克服MBL耐药的研究进展,期望为MBL相关研究提供参考。
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MBL介导抗菌药物耐药是目前临床面临主要挑战之一
MBL属于Ambler分类中的B类,是Zn(II)依赖性水解酶。截止2022年9月,已有超过90种MBL和480多个变异体被发现。MBL可进一步分为三大类(图1),分别对应 Ambler 亚类B1、B2和B3。B1 类(如IMP、VIM和NDM等)是目前临床最相关的MBL。MBL具有广泛的底物选择性,可催化双环β-内酰胺类抗菌药物的水解,例如青霉素类、头孢菌素类、头霉素类、氧头孢烯类和碳青霉烯类;也能水解含β-内酰胺环的SBL抑制剂,如克拉维酸、舒巴坦和他唑巴坦;能微弱水解非β-内酰胺SBL抑制剂阿维巴坦,但不水解单环内酰胺抗菌药物。
MBL存在于多种临床革兰阴性病原菌中,包括鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌、嗜麦芽窄食单胞菌和多种肠杆菌目细菌。肠杆菌目细菌中产MBL菌株流行率约0.4%~0.7%,占所有碳青霉烯酶的约24%~30%。NDM、IMP和VIM是肠杆菌目细菌中常见的三种 MBL。对于铜绿假单胞菌,一项全球监测研究发现产MBL菌株占3.8%,其中VIM占MBL的88%。
产MBL菌株引起的感染常导致不良预后。研究表明,由产NDM肺炎克雷伯菌、产IMP 肠杆菌目细菌、产VIM铜绿假单胞菌和产SPM铜绿假单胞菌引起感染的患者院内死亡率可高达 42%、39%、48%和51%,造成巨大的健康威胁和临床治疗挑战。然而,目前仍需要在各级(从医疗机构到全球范畴)对MBL及产MBL细菌实施更多的持续且严格监测计划,例如依据感染部位和脆弱患者人群(如新生儿和 ICU 患者)进行分层监测,以便更好地监测MBL演变趋势并指导抗菌药物使用。
▲图1. 基于氨基酸序列的MBL系统分类树
针对产MBL耐药菌的临床治疗手段
目前头孢他啶-阿维巴坦 (CZA) 与氨曲南 (ATM) 联用是治疗产MBL的肠杆菌目细菌、铜绿假单胞菌和嗜麦芽窄食单胞菌感染的一种临床推荐方案,其源于MBL无法水解ATM,而阿维巴坦(AVI)能保护ATM免受SBL水解。然而,在肠杆菌目细菌和铜绿假单胞菌等中已出现对CZA/ATM耐药,涉及多种机制。例如,在肺炎克雷伯菌和阴沟肠杆菌复合体中,外膜孔蛋白 OmpK35 (OmpF) 或OmpK36 (OmpC)的改变是对CZA/ATM的主要耐药机制。
头孢地尔是另一种针对MBL耐药菌感染的临床推荐治疗方案。头孢地尔是一种含铁载体的头孢菌素,于2019年获得FDA批准,但在包括我国在内的许多国家尚未被批准。头孢地尔对大多数临床相关的MBL和SBL稳定,并具有良好的外膜渗透性。然后,临床已经出现了对头孢地尔的耐药菌。例如,肠杆菌目细菌中的cirA、鲍曼不动杆菌中的pirA和piuA以及铜绿假单胞菌中的piuD和pirR,这些离子获取基因的修饰会产生对头孢地尔的耐药。一些MBL(例如NDM和SPM-1)和SBL(例如SHV-2a和OXA-427)也会降低对头孢地尔的敏感性。总之,头孢地尔的耐药性问题导致其临床前景尚不明确。
MBL结构特征与抑制剂分类
MBL具有保守的特征性αβ/βα三明治折叠结构,其催化活性中心具有锌离子结合位点。B1 MBL活性中心含两个锌离子Zn1和Zn2,桥接两个锌离子的水分子W1具有亲核性,可进攻β-内酰胺环使其水解(图2)。B1 MBL活性口袋含L3和L10 柔性loop,是容纳各种不同底物类型的重要结构特征;值得注意的是,B1 MBL的L10 loop上往往存在一个带正电的残基(如IMP-1/NDM-1 K224 与VIM-2 R228),该残基在底物识别过程中发挥重要作用(我们称之为锚定残基)。
与B1 MBLs相比,B2 MBLs活性位点的入口处具有延伸和扭结的α-螺旋(α3),使得催化口袋更小,底物范围更窄,偏向于水解碳青霉烯类抗菌药物(图2)。此外,B2 MBLs的活性位点只有一个锌离子Zn2,第二个锌离子结合到活性位点对催化活性具有抑制作用。但是,B2 MBLs同样具有柔性的L3与L10 loop以及锚定残基。B3 MBLs具有与B1 MBLs相似的底物类型与锌离子结合位点,但活性位点的柔性loop不同(图2)。
▲图2. MBLs的αβ/βα折叠和活性位点特征
迄今已有多种MBL抑制剂被开发,目前三个候选药物(VNRX-5133、QPX7728 和QPX7831;均为MBL/SBL双重抑制剂)正处于临床评价。我们依据MBL催化机制(图3A),首次提出了MBL抑制剂分类方案(分为I-V型)。
I型抑制剂
I型抑制剂通常是通过特定的金属结合药效团来螯合和/或桥接两个锌离子。例如,对IMP MBL具有良好抑制活性的邻苯二甲酸类化合物与两个锌离子螯合,并与锚定残基K224形成静电相互作用(图3B)。
II型抑制剂
II型MBL抑制剂是模拟完整β-内酰胺抗菌药物的初始结合模式(包括保留锌离子结合的W1,与锚定残基形成静电相互作用等)。吲哚-2-羧酸类化合物(InCs)是典型的II型MBL抑制剂,通过羧基与Zn2相互作用,稳定桥接两个锌离子的W1,并与锚定残基形成离子键作用(图3C)。
III型抑制剂
III型MBL抑制剂可形成sp3杂化/四面体来模拟β-内酰胺水解过程中的不稳定四面体中间体。例如,硼酸类化合物的硼原子通过与氢氧根/水分子反应,由sp2杂化变成sp3杂化,与锌离子和锚定残基形成关键相互作用。处于III期临床试验的VNRX-5133为此类化合物的典型代表(图3D)。
IV型抑制剂
IV型MBL抑制剂的作用机制更接近于水解产物的结合模式,它们会与Zn2形成双齿配位(这是其与II型抑制剂主要的不同之处)。噻唑-4-羧酸(ThCs)和咪唑-2-羧酸类化合物(ImCs)是典型的IV型抑制剂,它们均与Zn2配位,并与锚定残基R228/K224产生静电相互作用(图3E)。
V型抑制剂
与I-IV型抑制剂不同,V型抑制剂通过剥夺/置换锌离子、或与金属连接的半胱氨酸发生反应等方式来瓦解/破坏MBL金属结合位点,从而抑制酶活性。例如,曲霉明A(AMA)通过剥夺MBL活性锌离子,发挥广谱的B1 MBL抑制活性(图3F)。
▲图3. MBLs的αβ/βα折叠和活性位点特征
总结与展望
MBL耐药菌已在全球传播,其引起的感染与不良预后密切相关,且新的MBL不断被发现,使得MBL介导抗菌药物耐药成为当前极具挑战的临床问题。目前,针对MBL介导耐药性的首选临床治疗方案是头孢地尔或 CZA/ATM 组合,然而两者均已有耐药菌株出现。因此,仍需要开发具有成药性、强细菌透膜性且涵盖主要临床相关MBL的新型抑制剂。本文总结和提出的MBL抑制机制和分类将有助于研发临床有用新型MBL抑制剂,以克服临床上MBL介导抗菌药物耐药问题。MBL抑制剂也可能进一步开发用于临床MBL监测,特别是感染病人体内监测,从而更好地实现精准治疗。
论文作者介绍
宗志勇,教授,博士生导师。四川大学华西医院感染性疾病中心主任。担任亚太感控学会执行理事、国家卫健委医疗机构感染防控专家委员会副主任委员等。临床专注于疑难重症细菌真菌感染的诊治,科研聚焦于碳青霉烯耐药肠杆菌目细菌等多重耐药菌的耐药机制、传播和防治,噬菌体,以及与感染相关新病原菌等方面研究。先后发现并命名了华西克雷伯菌等20种新菌种。已在Clinical Microbiology Reviews、Trends in Microbiology、Critical Care、Critical Care Medicine、Clinical Infectious Diseases、Emerging Infectious Diseases等国际学术刊物上发表了论文超过百篇。
李国菠,四川大学华西药学院教授/博导,课题组长。主要从事药物设计与药物化学方向,聚焦于靶向金属酶药物设计与药物发现。主持项国家和省部级科研项目;作为第一或通讯作者在Nucl Acids Res、Chem Sci、J Med Chem、Med Res Rev等期刊发表SCI论文40余篇;申请国家发明专利10余项,获授权专利3项,获授权计算机软件著作权5项。曾获教育部自然科学奖、四川省科技进步奖、四川大学学术新人奖等。担任中国化学会计算(机)化学专业委员会委员,担任Eur J Med Chem期刊客座编辑,担任药学学报、Acta Pharm Sin B、Chin Chem Lett等杂志青年编委。
相关论文信息
相关研究发表在Cell Press细胞出版社旗下期刊Trends in Microbiology,点击“阅读原文”或扫描下方二维码查看论文
▌论文标题:
Metallo-β-lactamase-mediated antimicrobial resistance and progress in inhibitor discovery
▌论文网址:
https://www.cell.com/trends/microbi-ology/fulltext/S0966-842X(23)00032-X
▌DOI:
https://doi.org/10.1016/j.tim.2023.01.013
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