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来源:MS杨站长收集编辑:MS杨站长
脚本可以用流程化的方式帮我们干活,在Materials Studio中使用Perl脚本非常方便,无需环境,可直接运行。它能够做批量处理、计算结果的后处理、拓展Materials Studio的功能,节省90%以上的时间。因此,杨老师针对顶级期刊中的热点计算性质,精心制作了10个MS脚本,简直是开挂般的存在!这些Materials Studio中无法进行的性质计算,都可通过杨老师原创的脚本来实现。例如自由能台阶图的计算和绘制、界面电荷分布、DMol3的差分电荷密度计算、批量提交作业等。除此之外,杨老师还收集整理了22个Materials Studio官方脚本,主要用于分子动力学的后处理等。并制作了对应使用教程,将在MS杨站长公众号和B站频道持续发布,请关注后续更新。1. cutoff.pl为截断能收敛性测试的自动执行脚本,可实现批量交作业;2. dmol3_gibbscorrec2.pl为采用DMol3模块计算特定温度吉布斯自由能(忽略催化剂或电极surface slab内原子)的脚本;3. castep_dibbscorrec.pl为CASTEP计算特定温度下吉布斯自由能(忽略催化剂或电极surface slab内原子)的脚本;4. vasp_dibbscorrec2.pl为VASP计算特定温度下吉布斯自由能(忽略催化剂或电极surface slab内原子)的脚本;5. dmol_edd.pl为使用DMol3直接算片段差分电荷密度的脚本;
6. bulk_planar_average_potential.pl为计算体块结构静电势沿某方向分布的脚本;7. edd_distr.pl为电荷差分密度的平面加和值沿z轴分布的计算脚本;8. JOB.txt为DMol3和CASTEP在Linux服务器交作业的脚本;
9. xtd2xyz.pl为杨站长更正的脚本,可将轨迹文件从xtd格式转为通用xyz格式;
包括:玻尔兹曼转换,应力应变曲线自动执行脚本,氢键统计,轨迹文件格式转换,势能面求解,随机替换建模,晶型预测,分子动力学键长键角统计,EAM势力场等。