课程简介
时间：2023年4月14日-16日
适合专业领域：水体（江河湖海）、土壤（底泥、根系）、生态环境（污水处理厂、矿山、草原、山地、湿地等）、畜禽、水产养殖、植保、医学等相关宏病毒分析领域
授课方式：线下授课
授课地点：南京秦淮区瑞金路街道中山东路532-2号
授课老师：具有海内外名校、科学院、985/211院校博士学位，从事宏病毒组分析方法研究8年以上，多人次获得国家级人才项目资助；团队在PNAs、Nat Commun、ISME J、Microbiome、EM、AEM、EST等期刊发表研究多篇，共同探讨宏病毒组学技术的前沿。
授课目的：① 开拓病毒学眼界、② 从零基础到掌握常用病毒组分析技术、③ 了解生态环境领域病毒组学国际课题组格局、④ 解构经典论文思路、⑤ 提升病毒组学科研能力。
授课结业：颁发学员授课结业证书。
联系方式：刘女士（手机：19852857009；微信号：15149561588）
技术培训具体内容
时间 | 项目 |
4月14日上午 | 1. 9:00-9:30 金博士：宏病毒组研究进展概要 2. 9:30-10: 30 张博士：环境噬菌体分离筛选技术 3. 10:30-11:30 陶博士：宏病毒组的数据分析策略 |
4月14日下午 （授课+实操） 叶博士：宏病毒组数据分析概要 | 1. 1:30-3:30 病毒提取与富集纯化 切向流过滤法 聚乙二醇沉淀法超速离心法 噬菌体DNA提取 试剂盒，DNA质检 测序文库构建测序平台(二代、三代) 原始数据质控 低质量数据过滤 软件+参数 去除宿主序列 2. 3:40-5:40 病毒提取与富集纯化 病毒序列识别 序列组装(软件及参数) Megahit 病毒contig聚类(软件及参数)CD-HIT 病毒识别及丰度计算(软件及参数) VirSorter2 + DeepVirFinder 按照一个案例的形式，链接，步骤，方法 3. 晚上7:00-9:00 噬菌体分离技术现场学习或宏病毒组注释上机操作+答疑 |
4月15日上午 （授课+实操） | 1. 上午9:00-10:30 物种注释及物种多样性计算 物种注释(软件及参数) vContact2+VOGDB 多样性计算(代码) 建系统发育树 噬菌体生活方式判断 Deephage(参数) 溶原标志蛋白比对(软件及参数) Prophage识别及丰度计算 CheckV + Prophage hunter 2. 10:40-11:40 宿主预测 CRISPR匹配 tRNA匹配 基因组同源性匹配 |
4月15日下午 （授课+实操） | 1. 1:30-3:30 功能注释及功能多样性计算 噬菌体序列功能基因预测Prodigal 数据库功能注释eggNOG、GO、CAZy和KEGG数据库 多样性计算 2. 3:40-5:40 辅助代谢基因识别 DramV+Vibrant AMGs序列上下游分析 三级蛋白结构预测 3. 晚上7:00-9:30 上级实操+答疑 |
4月16日 （授课+实操） 下午实操+答疑 | 1. 9:00-10:30 土壤细菌群落装配计算 宿主细菌群落基本特征 α与β多样性计算 周转及嵌套对β多样性贡献分析 群落生态位宽度 宿主细菌群落装配 迁移率计算 使用βNTI计算群落装配机制 使用NST方法计算群落装配机制 2. 10:40-11:40 土壤病毒群落装配计算 土壤病毒群落基本特征 α与β多样性计算 周转及嵌套对β多样性贡献分析 群落生态位宽度 土壤病毒群落装配 迁移率计算，使用βNTI计算群落装配机制 使用NST方法计算群落装配机制 3. 下午1:30-5:30 细菌与病毒装配分析与上机实操 |
技术培训教室授课环境
联系人：刘女士（手机：19852857009，微信号15149561588）
培训费用
包含内容：授课讲义、授课ppt、原始程序代码、u盘及3天午餐、茶水、咖啡、水果管够等费用。
收费价格：4月7日之前，早鸟学员：线上付款4000元人民币（如提前付款，未能来上课，学费将原款退回），4月7日之后，线上及线下付款4500元人民币。
收款账号：南京益土君生物科技有限公司 4301015809100542786
开户银行: 中国工商银行南京市汉府支行
授课地点
南京秦淮区瑞金路街道中山东路532-2号
交通住宿情况
位置坐标：南京秦淮区瑞金路街道中山东路532-2号
金蝶软件园E栋319会议室（百度地图）
从南京站打车或公交系统路线及估算价格
从南京南站打车或公交系统路线及估算价格
周边酒店及估算费用