2023年11月18日,由广东省精准医学应用学会主办、广东省精准医学应用学会单细胞科技分会承办的第二届大湾区前沿组学技术与转化论坛,在广州以线上线下相结合的方式举办。
论坛聚焦单细胞科学与技术前沿,多位单细胞及时空多组学、高通量测序、表观遗传学、感染和免疫学等学科领域的专家学者、企业代表带来最新进展解读,从技术改进和应用等方面展开分享讨论,有效促进了单细胞科技领域的成果分享与合作交流,进一步推动了单细胞多组学技术的发展,为前沿组学技术在肿瘤、生殖、代谢、自身免疫、感染等复杂疾病中的研究和转化应用起到提速作用。论坛同期召开了广东省精准医学应用学会单细胞科技分会年会。
论坛开幕式由广东省精准医学应用学会单细胞科技分会主任委员、中山大学肿瘤防治中心研究员贝锦新主持,他同时介绍了单细胞科技分会成立以来开展的工作和未来工作规划。
贝锦新主任委员介绍单细胞科技分会工作
深圳理工大学曹罡教授介绍了高分辨单细胞空间多维组学技术的构建及运用,并详细分析了空间组学目前面临的捕获率低、分辨率不足、缺乏时间维度等痛点问题。此外,曹教授通过整合连接组学的单细胞多组学技术运用实例,指出在单细胞技术发展的基础上,以高分辨率、联合多组学分析的技术将为我们提供更广阔的研究和应用前景。
曹罡教授
中山大学徐锦教授以“单细胞中线粒体DNA突变的遗传规律和谱系示踪应用”为题进行了精彩分享,详细介绍了线粒体突变作为内源标签的单细胞多组学混样测序策略,并指出线粒体DNA作为内源标记在进行谱系示踪以及大规模临床样本单细胞测序的样本标签等方面的应用方向。
徐锦教授
浙江大学王永成教授分享了高通量单细胞和单细菌RNA测序技术的开发与应用,内容涵盖单细胞全转录组、单细菌转录组、单个突触转录组测序技术等多个方面,着重分析了单细胞技术在探索细菌异质性耐药、绘制肠道微生物图谱、分析细菌和噬菌体相互作用等方面的独特优势,并对单细胞发展的产业化进程进行了总结与展望。
王永成教授
北京昌平实验室任仙文教授结合基因测序、生物大数据以及深度学习解析了单细胞的时空重构,并推动了多组学前沿算法在肿瘤、感染性疾病、脑组织免疫微环境以及胚胎发育等领域的转化应用。
任仙文教授
中国科学院北京基因组研究所蒋岚教授主要分享了基于微流控组合技术在单细胞测序方面的研究进展。蒋教授团队通过不断研究积累,开发了基于微流控的组合标记技术,极大降低了实验成本和扩大了单细胞测序通量,为单细胞测序运用于大规模临床队列研究提供了有效解决方案。
蒋岚教授
昆明理工大学陈凯教授以“新型广谱样品标记单细胞转录组方法开发”为题展开讲解,系统阐述了人类、非人灵长类及其他生物细胞类型标记的理论基础,并介绍了可对大多数物种通用单细胞标记策略,为涉及多物种的单细胞研究提供重要的技术策略。
陈凯教授
清华大学生命科学院周帆教授分享了团队在围着床胚胎发育与调控的最新研究进展,揭示了DNA甲基化-转录协调调控围着床胚胎发育,发现表观修饰在调控胚胎细胞谱系分化及命运决定中发挥重要作用。同时,周教授还着重介绍了在胚胎前后轴决定中的两种重要细胞起源和分化问题的研究进展。该研究解决了胚胎前后轴决定问题存在的持久争议。
周帆教授
北京大学生物医学前沿创新中心白凡教授主要汇报了IDH基因突变型可以影响肝内胆管癌的异质性和免疫微环境的研究。通过多组学测序技术全面描绘了肝内胆管癌的肿瘤异质性,并首次证实其异质性在多个组学层面均显著高于肝细胞癌,研究成果对优化肝内胆管癌的临床诊断、预后和治疗提供了重要的信息。
白凡教授
中国科学院深圳先进技术研究院李汉杰教授在此次论坛中分享了团队利用MARS-seq单细胞测序,系统地解析人类胚胎发育过程中巨噬细胞发育的动态变化,并揭示了胚胎发育特有的神经胶质样巨噬细胞在不同器官的广泛存在。该研究进一步阐明了人胚胎巨噬细胞分化发育及起源问题,为理解人胚胎发育早期巨噬细胞功能提供了新的见解。
李汉杰教授
深圳华大生命科学研究院刘石平教授在此次论坛上分享了利用单细胞空间转录组技术绘制哺乳动物不同发育阶段脑转录图谱的最新研究成果。通过跨物种的单细胞转录组学分析,揭示了基因家族的进化关系对羊膜脑细胞类型多样性的影响,并通过分析空间分子结构,重建了哺乳动物和鸟类的端脑进化关系,为阐述脑神经发育进化以及人类大脑组织的复杂性提供了重要参考。
刘石平教授
中国科学院深圳先进技术研究院的胡政教授介绍了利用单细胞谱系示踪技术探讨细胞命运轨迹以及肿瘤进化方面的研究,并分享了他们团队近期提出的一项推断单细胞分化轨迹的算法框架——PhyloVelo。这些研究不仅为发育生物学提供了新的研究方法,也为理解肿瘤的发生发展提供了新思路。
胡政教授
广州实验室的田鲁亦教授以“空间组学新技术展望和技术比较”为题,详细介绍了Stereo-seq、Slide-seq、BMK S1000、PIXEL-seq、DBiT-seq等多种空间转录组学新技术,并比较了这几种技术在基因检测、下游分析以及价格成本方面各自的优缺点,为研究人员选择适合自己的空间组学研究方法提供了方向。
田鲁亦教授
南方科技大学靳文菲教授分享了单细胞多模态组学的技术进展和创新,重点介绍了利用单细胞组学结合细胞示踪技术研究细胞谱系分化和肿瘤微环境进化的研究。同时,靳教授还详细介绍了SIRPa基因在调控适应性免疫和先天免疫细胞抗肿瘤免疫的重要作用,为提高肿瘤免疫治疗疗效提供了重要依据。
靳文菲教授
南方医科大学基础医学院潘星华教授详细介绍了他们开发的一种可扩展的中高通量单细胞水平和单碱基分辨率的DNA甲基化测序技术——msRRBS。该技术在肿瘤的发生发展、表观组学以及干细胞分化研究领域均具有良好的应用前景,极大地促进了单细胞多组学的发展。
潘星华教授
广州实验室范小英教授在关于单细胞转录组及基因组的三代测序技术的汇报中表示,基于三代测序的单细胞基因组研究能够在更高的分辨率下解析基因组结构性变异,尤其是在肿瘤微环境中存在的ecDNA,为进一步解析肿瘤微环境提供了新的技术和思路。
范小英教授