1939年1月13日，根据中共六届六中全会决议，中共新的南方局在重庆成立。

南方局设在重庆机房街，后因“五三”“五四”轰炸，迁址红岩村。对外公开单位“八路军驻渝办事处”。该局负责领导川、康、云、贵、粤、桂、湘、赣、鄂，香港等地的中共组织活动及抗日斗争。

南方局委员有：周恩来、博古、凯丰、吴克坚、叶剑英、董必武。其中周恩来为书记。其后，又加入王若飞协助周恩来主持南方局工作。

抗战期间，中共南方局旧址

​1月31日，因国民党重庆行营结束，改设成都行营，军统组织相应调整。

新成立军统区“渝特区”，主管重庆、内江、宜宾以东地区特情事宜。主要工作方向为针对中共及各民主党派，包括政情、军情、社情，经济情报等。

“渝特区”以国民党军委会办公厅调查科为公开机构，首任区长姜绍谟，以后续任为涂寿眉、廖公幼，叶翔之等人。

军统少将涂寿眉晚年照

组织结构：

1.渝组，杨蜀农、许忠五、晏光候、李樵逸，杨政先先后任组长。组员前后有陈兰荪，陈卓新等三十余人。

2.北组，王荣国、汪道生先后任组长。

3.特一组，叶翔之任组长，组员约有三十余人。（该组成立较晚，1945年设立）

4.特二组，负责电话监听。

5.南岸组，负责南岸、土桥，李家沱等当时重庆工业区，主要针对工运。

6.江北组，资料不详。

7.西郊组，组机构设在小龙坎，组长甘立佐。负责化龙桥、小龙坎、沙坪坝、磁器口、歌乐山等地区，主要针对红岩村（中共南方局），兼监视工运，学运等。

8.直属组，组机构设当时重庆实业大厦隔壁，组长汤伯勋。针对侦查中共及民主党派政治工作等。

9.经济组，组长沈夕峰，组员三十余人。主要在小什字、菜园坝、磁器口、江北正街，玄坛庙等地开设裕民米厂为掩护，并派员打入各个行业，搜集经济情报为主。（成立于1941年）

10.特侦组，直属军统局本部领导，组长倪超凡，组员四十余人。搜集所有能搜集的党、政，军高级情报。（成立于1943年，抗战胜利即撤销）

11.外事组，直属军统局本部领导，对外以稽查处为公开机构。主要针对各国领事馆及侨民，外籍人士的活动情报。组员三十余人（成立最早，1937年设立，抗战胜利后即撤销）。

军统高级干部，元老赵世瑞结婚十周年全家福

​3月30日，重庆卫戍司令部稽查处成立，首任处长赵世瑞。为军统本部直接领导，公开机构之一。

4月29日，军统局望龙门看守所（望龙门22号，西湖会馆内）成立。该所为临时囚禁性质（军统内代号：小学）。首任所长唐祖槐，兼主审。该所羁押人员，除两三个月内审查无事或轻罪释放外，其余皆转移。

5月20日，原军统本部重庆办公点因为日机轰炸原因，寻找新的办公地址。以“军事委员会战地服务工作团”名义，强行征用了重庆磁器口缫丝厂整个地区，含地区中所有民房。缫丝厂办事处自此成为军统本部主要办公地点。另有人员迁至罗家湾。缫丝厂办事处军统称造时场。

在春季中，具体日期不详，戴笠派遣侯子川（曾任复兴社特务处，第一次军统局组建时期，南京羊皮巷集中营看守所所长）在小龙坎附近枣子堡成立临时看守所，侯子川任所长。接受望龙门看守所转移过来囚犯，实行秘密囚禁或密杀。该看守所为最高级别保密单位，只有军统司法科，特务队因公携有执行文件才可到此。

7月7日，卢沟桥事变二周年际。周恩来致函蒋介石，抗议颁布《限制异党活动办法》

同日，中共中央发表《为纪念抗战两周年对时局宣言》，提出“坚持抗战，反对投降；坚持团结，反对分裂；坚持进步，反对倒退”等主张。

《为纪念抗战两周年对时局宣言》当今重版文献件

​9月19日，蒋介石兼任四川省主席，贺国光兼任省府秘书长。

10月，国民党政府在重庆成立“中央党政军联席会议”（即特种会报），这是国民党进行法西斯化管理的最高决策机构。该会规定，所有军统、中统、警察，宪兵及各省市特务机关（特委会）的重大行动，措施必须向“特种会报”报告。

该会党务和行政上均隶属于军委会参谋总长何应钦办公室。

出席该会主要组成人员：参谋总长何应钦、军令部长徐永昌、政治部长张治中、教育部长陈立夫、社会部长谷正纲、国民党中央党部组织部长朱家骅、宣传部长张道藩、三青团组织处长康泽、军统局副局长戴笠、中统负责人徐恩曾、国防部二厅厅长郑介民、宪兵司令张镇，委员长侍从室六组组长唐纵等人。张治中为召集人，例会每月一次。

张治中

​该会下设秘书处，附设于参谋总长办公室。总长室高参萧毅肃、徐佛观负责日常事宜。军统和中统均派员参加该秘书处工作。

10月28日，军统局选址歌乐山下，原四川军阀白驹的郊外别墅，建设看守所，这便是后来闻名的白公馆看守所。侯子川调任过来担任所长，副所长一至二人。

编制有，会计、事务员、教诲员、文书，看守长等。看守长以下还有便衣看守；另有武装警卫，由军统军事化武装特务组成；驻所“法官”，编制归军统本部司法科，受所长节制。全所除去武装警卫外，满编为二十五人。囚犯以密捕中共党员为主，另有不同政见爱国民主人士和不同政见民众等。

白公馆旧影

​11月15日，息烽监狱迁址阳朗坝。

11月25日，电讯总台迁址息烽。（未完待续）