随着历史的发展，第十八使徒——人类，足迹已经遍步地球，凭借智慧之果所赐予的智慧发展出高度发达的文明。然而“心的屏障”（A.T.Field）使人与人之间产生隔阂，心灵中充满冷漠、悲哀与孤寂感。
公元1947年，在约旦溪谷的洞窟中，一些吉普赛人偶然发现了死海文书，震惊了考古学界。其破译工作持续了很多年，终于取得成功。其记载内容令人震惊（具体内容见远古时期设定）。基于此，Seele制订了人类补完计划的剧本。
↑死海文书
由于生命的发展过程由于出现了莉莉丝背叛与人类的出现而被打乱，而生命真正的传承者只有一个，即使徒与人类在战争中存活的一方，而同时对于生命之果和智慧之果的掌握也将影响新生命进化的过程，由使徒或者人类其中一方，以各自的生命起源亚当或莉莉丝为主导，唤醒亚当或莉莉丝，使其释放反A.T.Field力场能量，并通过与朗基努斯之枪的结合使生命之树复活，将生命回归原本面貌，重新开始新生命的成长。
使徒
但人类补完计划并非击败使徒而后由人类传承生命如此简单。请看以下解析：
Seele根据《死海文书》制定的剧本中，所谓人类补完是指人类主动向神赎偷食智慧之果的罪恶，因此，击败正统的使徒是必然的，因为使徒进行补完并非人类主动赎罪。
真相只有极少一部分人知道，甚至是作为Seele下属的直接用于执行人类补完计划的Nerv司令碇元度也并非对死海文书的所有内容都有所了解，而对于除去司令碇元度、其妻子碇唯、副司令冬月幸增、以及E计划的两位负责人赤木直子与赤木律子母女以外，Nerv成员所认定的使命和执行的任务都是为了预防第三次冲击以及对使徒进行调查、研究、歼灭的工作。而真正掌握死海文书并在幕后操纵一切的，是联合国直接下属秘密组织Seele。
↑第二次冲击
因此，Seele首先是引发了第二次冲击，唤醒了十四个使徒，并使得《死海文书》上所提到的第十七使徒（自由天使）渚熏诞生。
之后一直到故事中第22话《至少要象个人》中失去朗基努斯之枪之前，Seele的剧本是通过唤醒莉莉丝引发第三次冲击，用莉莉丝与朗基努斯之枪还原生命之树，从而进行人类补完，在这个剧本中EVA只是作为仪式而用。
Seele的人类补完计划剧本通过Nerv进行，在初号机启动试验之前Nerv也确实一直在按照此剧本进行工作。
并非没有人对于Seele存在质疑，而代表性人物即是Seele下属研究员碇唯。碇唯参与研究所（Gehirn），特别是参与E计划的原因在The End of Evangelion结尾部分已经表明：
冬月幸增：人类仿造神的模样制造出EVA，这才是真正的目的吧？碇唯：是的，人只能存活在这颗星球上，不过EVA却可以无止尽地活下去，伴随着寄宿于其中的人心。就算过了50亿年后这颗地球、月球、甚至太阳都毁灭了，也能存活下来，就算只有一个人能活下来……虽然会非常孤寂，但只要继续活下去的话……冬月幸增：人类存在过的证据就能被永远保留下来是吗？
↑“生命之树”下代表旧人类的冬月与新人类的锭唯（以及未来神真嗣）对话
由此可见，碇唯未必是对Seele的剧本有反对意见，但是她更加希望人类存在过的事实能够为未来的新生命所知，因此她寄希望于EVA，主动作为初号机启动试验的驾驶员并主动将自己的灵魂融入EVA，将自己与EVA初号机变成了“人类存在过的证据”。 在碇唯消失在初号机中一周之后，碇元度回到Nerv总部，但此时，碇元度自己制定的人类补完计划剧本已经成型，从此Nerv开始在信息保密的情况下执行碇元度的人类补完计划。
而碇元度有另外的想法，他的想法来自他的妻子碇唯，他希望人类不仅获得智慧之果，同时也获得生命之果，作为新生命的继承者进行补完。
人类已经在第二次冲击中向神赎清罪行，因此要通过自己已有的智慧之果发展科学的力量（碇元度称科学的力量就是人类的力量），而后将生命之果也同样纳入手中，而这两者的结合体便是EVA初号机，而后在第三次补完的过程中，通过操纵绫波丽即莉莉丝的灵魂，将全部的人类灵魂融入已经同时拥有生命之果与智慧之果的EVA初号机中，从而使人类成为EVA形态的单体生命，成为神一样的存在。
同时，这也是碇元度为了再见妻子碇唯的努力。
Nerv中了解并支持碇元度的意图的人有：冬月幸增、赤木直子、赤木律子。
由于朗基努斯之枪可以阻止亚当或者莉莉丝的行动，因而成为碇元度的剧本的阻碍，后碇元度在第22话《至少要象个人》中将朗基努斯之枪抛出地球以外，排除了朗基努斯之枪的威胁。
朗基努斯之枪进入月球轨道无法回收
失去朗基努斯之枪的Seele不得不改变剧本安排，一方面仿造朗基努斯之枪制造了九支枪，作为EVA量产机的携带武器，用于第三次冲击中代替真正的朗基努斯之枪，同时也准备以初号机代替莉莉丝进行人类完。
自爆！
另一方面，Seele趁第十六使徒（子宫天使）与零号机和第二个绫波丽一同爆炸消失，而第三个绫波丽还未觉醒之前，将第十七使徒（自由天使）渚熏送往Nerv，希望由其引发第三次冲击。
由渚熏引发第三次冲击与人类自己利用莉莉丝进行补完本质上不同，前者中作为新生命继承者的是人造使徒渚熏而非人类，而后者中生命的继承者则是伪造继承者人类，但是利用人造使徒引发补完，可以视作人类主动向神赎罪，因此对于Seele来说是一个可以接受的结果。
如果由人造使徒渚熏引发第三次冲击，可能引发的结果是：与亚当相当的渚熏与亚当（碇元度手中）进行结合，而后将二号机中明日香母亲的灵魂唤醒，使二号机与亚当融为一体，这样就使二号机拥有了生命之果（亚当）与智慧之果（明日香母亲的灵魂），从而与成为新的生命。证据在于渚熏的台词：
谢谢你，真嗣。我一直希望你能来阻止二号机。若不然，我可能要跟她一起继续活下去。
但是首先，由于渚熏未能正确理解Seele的指导（第24话《最后的死者》）：
可是，再生的肉体已经在碇的身体内。
因此也就未能正确寻找到亚当的所在，而是将莉莉丝错认为亚当；其次，渚熏在与碇真嗣的交往中，对碇真嗣产生了微妙的感情；第三，渚熏本身并不希望与二号机和明日香母亲的灵魂永远存活下去，而是将生存留给了真嗣与人类，而自己摆脱了Seele的操纵自由地选择了死亡，这也从另一个方面印证了“自由天使”的名字。
↑超长64秒省钱镜头
在渚熏死后，Seele与Nerv之间的矛盾进一步加深，最后在The End of Evangelion中矛盾终于爆发：
Seele 01（基尔议长）：约定的时候已经到了。在失去朗基努斯之枪的此刻，已无法透过莉莉丝进行补完，因此唯一的希望，就是借由身为莉莉丝分身的EVA初号机进行补完。碇元度：但这跟Seele的剧本不同。冬月幸增：人类的存在就仅是为了要孕育出EVA而已。碇元度：人类必须要向崭新的世界迈进才行，EVA系列机就是为此而造的。Seele 09：我等倒还不至于为了要搭上名为EVA的方舟，就舍弃掉人类的形体。Seele 12：那不过是为了让闭塞的人类再生，所进行的通过仪式罢了。Seele：毁灭的宿命也是为了新生的喜悦而存在，为了让神、人类及所有的生命终能透过“死”合而为一。碇元度：死是无法孕育出任何事物的。Seele 01（基尔议长）：那就将死赐给你们吧。冬月幸增：人类唯有怀抱着生存意志才真的算是存在这世上，而这也是自愿留在EVA之中的她所祈求的心愿。
以争夺Magi为导火索，双方爆发战争，Seele派遣联合国军攻入Nerv总部，并派出九台EVA量产机，打算在Nerv总部强行启动人类补完，而同时碇元度也将已经觉醒的第三个绫波丽带到了莉莉丝面前，希望开始启动自己的剧本。（这里就是旧剧场版的故事了）
但最终Seele并没能阻止碇真嗣登上EVA初号机，而绫波丽也摆脱了碇元度的控制，在吸收亚当之后融入莉莉丝，前往追随碇真嗣的心意，使得人类补完最终成为了碇真嗣所主导的仪式。
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