十一世纪中叶以后，藏传佛教开始了教派，这一过程一直持续到十五世纪中叶，前后共经历了三百余年。在西藏佛教各派别中，主要有宁玛派、噶当派、噶举派、萨迦派、格鲁派。
宁玛派是藏传佛教中历史最久远的一派。它是由最早传入西藏的密教与苯教融合而诞生的一个教派。该派僧人均戴红帽，故又被称作『红教』或『红帽派』。此派称他们的教法是直接从莲花生传下，以传承前弘期的密教典籍为主，比其他教派诞生的时期早三百年。
噶当派是『后弘期』各教派中出现最早的一派。十一世纪由阿底峡的弟子仲敦巴创立。此派以阿底峡的《菩提道灯论》为基础，强调必须循序渐进地修行。他们认为显教和密教是相通的，但密教更有特殊的功能。
噶举派是十一世纪形成的藏传佛教教派。『噶举』是口授传承之意。这一派注重密法，多以心口相传。又因此派僧人多穿白色僧服，所以俗称为『白教』。此派支系繁多，最初有香巴嘎举和达波噶举两大派，后又分为『四大八小』等分支。
萨迦派是藏传佛教中影响较为突出的一个派别。此派的创始人贡却杰布，曾在后藏萨迦地区建萨迦寺，于是人们便称此派为萨迦派。从十三世纪中叶至十四世纪中叶，此派在西藏地方占压倒优势。其第五代祖师八思巴曾担任过元世祖忽必烈的帝师，管理全国各地的佛教事宜。
格鲁派是藏传佛教最后兴起的一个大教派，形成于十五世纪初。格鲁派在其发展历程中采取『活佛』转世制度，逐步形成达赖、班禅两大活佛世系。清代，在中央政府的鼎立扶植下，这一派成为西藏地方的执政教派。
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