建文帝即后位，为了巩固政治地位决定削藩。在剪除了几位势力较弱的藩王后，直指实力较强的燕王朱棣。

由于朱元璋在位时几乎杀掉了所有开国功臣，等到建文帝派兵攻打朱棣时，竟无将可用。考虑再三之后，建文帝任命耿炳文为征虏大将军，率三十万大军征讨朱棣，其实只有十三万。

耿炳文是朱元璋开国功臣之一，但才能远不及徐达、常遇春、汤和、邓愈等人。但朱元璋在晚年非常倚重耿炳文，将已故太子朱标的长女江都郡主（建文帝姐姐）嫁给耿炳文的第三子耿璇。这桩政治婚姻其实是朱元璋为了保护即将即位的皇太孙，故意笼络耿炳文。

朱元璋为何将“保嫡大任”，交给并不是大将之才的耿炳文呢？

耿炳文是朱元璋的同乡，朱元璋回乡募兵时，耿炳文随父亲耿君用入伍。耿君用官至管军总管，与张士诚作战战死，耿炳文承袭父位，跟随朱元璋南征北战，成为朱元璋的谪系。

耿炳文虽作战勇猛，但几乎没有机会独立统帅大型团战。明初较大的一些战役，他都是以副将的身份出现。比如：洪武十四年，随大将徐达出塞，打败元朝平章乃儿不花；洪武十九年，随颍国公征讨云南，平定曲靖蛮；洪武二十一年，随永昌侯蓝玉北征，到达捕鱼儿海。

耿炳文虽不是大将之才，但也有很多优点。耿炳文为人谦逊，军事上特别擅于防守，曾死守长兴十年，“以寡御众，大小数十战，战无不胜，士诚迄不得逞”。耿炳文的长期防守，让张士诚无法前进一步，立下大功，在洪武三年被封为长兴侯。

洪武末年，开国功臣尽陨，幸存的只有耿炳文和郭英二人。耿炳文终于有了独立带兵的机会。比如：洪武二十五年，平定陕西、徽州妖人之乱；洪武三十年，剿四川贼寇高福兴；洪武三一年，镇守辽东。

由于耿炳文是朱元璋嫡系（忠心耿耿），和朱元璋还有姻亲关系，再加上众开国功臣不是死的死就是被杀，所以朱元璋晚年特别信任他，将“保嫡大任”交于他。

建文帝元年，朱棣在北平起兵，六十五岁的耿炳文披挂上阵。耿璇（耿炳文儿子）建议父亲直捣北平，不给朱棣喘息的机会。但耿炳文行动迟缓，大军到达真定后，将大军分驻在滹沱河的南北两岸。

当时时值中秋，防卫松懈，朱棣突然来袭，打的耿炳文溃不成军。建文帝十分失望，将耿炳文召回，派李景隆去应战。而李景隆根本不会打仗，连战连败，以至全军覆没。建文帝四年，朱棣直逼南京，谷王朱橞与李景隆开金川门投降，宫中大火四起，建文帝不知所踪。

朱棣称帝后，耿炳文遭刑部尚书郑赐、都御史陈瑛弹劾，说他的衣服、器皿上有龙凤图案，是大逆不道的行为。耿炳文怕朱棣对自己发难，自杀。他的三个儿子耿璇、耿瓛、耿瑄，也受到牵连被杀。

关于耿炳文最后的结局一直存在争议。明史专家顾诚在耿炳文的墓志铭中发现耿炳文死于真定，朝廷痛惜不已，以很高的葬礼安葬了他。其他一些历史专家或历史爱好者，也很认可这一说法。

不管耿炳文结局如何，他为明朝所做出的贡献不应该被遗忘。虽不是大将之才，但他对明朝忠心耿耿，也应当被尊重。