孙中山创立同盟会后，得到许多人支持跟加入。但是并不是所有加入同盟会的人，都支持同意孙中山的“三民”主义。

有人热衷于排满，认为在推翻清政府后，“无论专制、立宪，均可甘心”；有的强烈反对封建主义，但是醉心于资产阶级共和国的理想；在章炳麟出狱到达日本后，又掀起了国粹主义的风潮；还有通过《新世纪》、《天义报》鼓吹无政府主义……

在武装起义连续遭受挫折后，同盟会中又现在了一股暗杀主义之风。

在革命策略上，同盟会也分成三大类。一种是主张去北京发动的“中央革命”，一种是主张在沿海跟边疆地区发动的“边地革命”，还有一种是主张在长江流域发动的“中部革命”！

在1907年2月，孙中山和黄兴因为国旗的样式发生争执。孙中山主张用兴中会的青天白日旗，因为此旗是革命烈士陆皓东设计的，无数烈士为它流过血；而黄兴主张用井字棋，表示平均地权，而青天白日旗是效法日本，必须毁去。黄兴这一意见和孙中山争执不下，发誓要脱离同盟会。宋教仁在这次争执中十分同情黄兴，在3月1日，宋教仁提出辞去代理庶务干事一职。

国旗样式的分歧并不是什么原则问题，黄兴也很快的冷静下来，并且接受了孙中山的提议。但是在萍浏醴起义后，清政府和日本政府交涉要求引渡孙中山。日本政府一边像清政府同意驱逐孙中山，一边通过宫崎寅藏和内田良平和孙中山商量，让孙中山自动离开。

日本政府给孙中山送去5000元的路费，东京的铃木久五郎也送给孙中山一万元当路费。孙中山带着这笔钱和胡汉民、汪精卫等人转往南洋，同盟会交给了黄兴主持。

因为民报的经费困难，孙中山在离开日本前，把铃木久五郎赠与的一万元中，拿出来两千留在了民报社。而章炳麟嫌少，认为这一万元都应该留下来。当孙中山离日后，接受日本政府赠款的事情就被传了出来。章炳麟把民报社内的孙中山的照片撕下来寄到香港，他认为孙中山应该向日本政府示威，而不是直接离去。刚到日本的刘师培还说孙中山是“受贿了”！一时间满城风雨！

这时候黄冈起义、七仙女湖起义先后失败，同盟会内部反对孙中山的人日益增多。章炳麟等人催逼刘揆一召开大会革掉孙中山总理的职务，改推黄兴担任。而刘师培想自己掌权。刘揆一力排众议，制止了章炳麟等人的要求。

后来孙中山派人回日本秘密购买枪械。章炳麟得知后，认为购买的枪械太过老旧，于是明码发电报给《中国日报》。由于用的是明码，孙中山等人认为已经泄露了军事机密，于是胡汉民写信回本部谴责，又派林文返回日本禁止章炳麟、宋教仁等人干涉军事问题。

在同盟会内部严重混乱的情况下，孙中山就不太愿意过问同盟会本部的工作了。

最终孙中山酝酿改组同盟会为中华革命党，在1907年8月张百祥、邓文辉等人创立共进会。1910年2月章炳麟、陶成章重建光复会。1911年7月宋教仁等人在上海成立同盟会中部总会。