明政府极为重视北疆的防御,成祖迁都后,逐渐形成了以北京为中心的北方军事防线,沿长城一线设置了九座都指挥使司(亦称边镇)分守各地。辽东都指挥使司,亦称辽东镇,地处东陲,长城东端地点所在,故有“九边之首”之称。辽东镇丬北控朔漠,南枕沧溟,东有女真部落东南有朝鮮属国,西有蒙古部落,堪称京师左臂。明朝在辽东实行有别于中原地区的卫所制度,设立了辽东都指挥使司以统辖辽东地区。辽东都指挥使司,简称辽东都司,是军政合一的管理机构,其在行政上隶属于山东布政使司,军事上隶属于五军都督府。
明朝在统一辽东地区过程中,先后设立了二十五卫。卫的设置,是配合明军的向前推进,自南而北,由东向西,逐渐展开的。洪武四年(1371),首先设置了盖州卫,继置定辽都卫,翌年即设金、复、海、盖四州。洪武二十年(1387),平定海西地区纳哈出之后,又设置了辽北及辽西各卫。至洪武二十六年(1393),共没二十四卫,基本完成了辽东都司各卫的布局。宣德五年(1430)又增设宁远一卫，当时的各卫现在依旧有迹可寻,但是保存好的已为数不多。
辽南为明军首先到达之地,先后设了四卫。洪武八年(1375),明改全国都卫为都指挥使司,定辽都卫遂改称辽东都指挥使司，同年十月,将辽东卫改名辽后卫,移治于辽阳城，翌年九月,因定辽卫北移,遂于盖州设盖州卫。洪武八年在辽南要冲独立设置了金州N卫,以原袁州卫指挥同知韦福、赣州卫指挥佥事王胜领兵屯守，洪武九年(1376)设海州卫,刘成为指挥,并主持修筑了海州卫城，辽南地区最后一卫是洪武十四年(1381)设置的复州卫，辽南四卫目前保存下来的只有盖州卫(今营口盖州古城)，盖州古城位于盖州市鼓楼办事处北关社区与东市社区交界处,东距财神庙30米，原址为明洪武五年(1372)指挥吴玉在旧土城上砖筑而成。《奉天通志》、《全辽志》、《方舆纪要》、《盖平县志》均有该城记载。
辽沈处于辽东腹地,辽阳为辽东重镇之一,因此两城先后设置了七个卫。自洪武四年置定辽都卫于辽阳城,辽阳就成了辽东地区的军事中心，除辽东都司外,辽阳城还是六卫卫治所在，洪武六年(1373),以定辽都卫左千户所青州土军5600人建定辽左卫,右千户所莱州土军等5794人建定辽右卫，洪武八年(1375)在辽阳增设了定辽前卫,并将辽东卫迁于辽阳,改称定辽后卫，洪武十七年(1384),又在辽阳增设了定辽中卫，比较特殊的是以少数民族为主组成的东宁卫。
为了诏谕、安置东部地区的元朝遗民,洪武十三年(1380)以辽阳高丽、女真来归官民每五丁抽一人为军,设置了东宁、南京、海洋、草河、女直五个千户所。洪武十九年(1386)七月,合并原东宁等五个千户所的王氏高丽、女真官兵建为右左前后四个千户所,增设了一个汉军的中所,共同组成东宁卫,设治于辽阳北城洪武十九年八月,在沈阳城同时设置了沈阳中、左、右三卫。沈阳左卫与沈阳右卫,建文年间一度废去,永乐年间复置,永乐十八年两卫一并调至北京,直属左军赵督府,因而沈阳只剩下了沈阳中卫一卫。
为完善辽东北部的防御体系,开拓经营奴尔干广大地区,明朝又在辽北地区设三卫，由于各种因素,辽北三卫建卫过程较为曲折。为了向东部女真地区发展,洪武十九年(1386)明廷以元降将史家奴为指挥，玄城毛怜女真杨哈喇等为百户,开始筹建三万卫。洪武二十年置三万卫于“土门江”以东之幹朵里(今朝鲜咸镜北道会宁)。
洪武二十一年(1388)退师,置三万卫于开元(今开原市)，由于朝鲜半岛地区元之遗民不断来归,洪武二十一年(1388)初,明廷决定收复元代双城总管府地区,井在其南界铁岭立卫。因为高丽对这一地区的主权领属有争议,明军遂于洪武二十年(1387)暂设铁岭卫于奉集县(今沈阳市奉集堡）。洪武二十六年（1393）五月，迁于今辽宁铁岭市。洪武二十年,为配合北征纳哈出,明廷调辽南金、复、盖三卫五个千户所的军马前往辽河以西十三山(葫芦岛市石山)一带“屯种守御”。平定纳哈出后,洪武十一年八月即以上述五个千户所移于义州(今锦州义县)建立了义州卫。这是辽西地区设置的第一个卫所。洪武二十三年(1390),在明辽东首府广宁(锦州北镇市)设置了广宁卫,以王雄为指挥佥事。洪武二十六年(1393)正月,又在广宁同时设置了广宁中、广宁左、广宁右、广宁前、广宁后五卫,其中广宁前、后两卫后来废置。继广宁城诸卫以后,又以锦州为中心,在义州至瑞州(绥中县前卫镇)之间陆续设置了广宁五屯卫。
洪武二十四年(1391),设置了广宁左屯卫和广宁中屯卫。洪武二十六年(1393)正月,又设置了广宁右屯卫、广宁前屯卫、广宁后屯卫，宣德五年(1430)正月,在汤池(今辽宁兴城)设置了宁远卫(兴城古城)，兴城古城是我国目前保存最完整的四座明代古城之一,也是唯一一座方形卫城。明宣德三年(1428)明政府在此设卫建城,赐名“宁远”,古城背倚辽西丘陵,南临勃海,雄踞辽西走廊中部咽喉之地,历来是兵家必争之地。
宁远卫设立后,辽东都司各卫部署格局已基本完成,只是到了嘉靖四十五年(1566),鉴于辽东东南山区,逃军聚居日多,“势难控制”。为此,“将定辽右改卫于凤凰城堡(丹东凤城)”,以原险山参将所辖营兵设左、右、中三所守之,对于东部地区长期没有卫所设置,是一个重要的调整。