二00六年，李慈雄提出，准备在上海建造书院，作为将来父亲弘扬中华文化的一个基地。父亲欣然首肯，并将之命名为“南怀瑾书院”。次年，父亲选定浦江镇恒南路作为书院地址，恰与友谊河和三友河相邻，与书院汇通东西文化及儒、释、道三友的宗旨相呼应，颇有意趣。书院请美国著名设计师Ken Jenkins主持设计，在父亲亲自审定后，交由斯米克公司负责建造。李慈雄想把这个书院建得尽善尽美，所以工程进展有些慢，父亲在二〇—年对李慈雄说：“慈雄啊，房屋不重要，重要的是内容，赶快盖好吧！不要等公路修好时，车子已跑不动了。”父亲似乎早有先见，竟一语成饿。

早在数年前，父亲对太湖大学堂的李氏家人就已经非常不满，他决定越早离开太湖越好。对于慈雄所造的书院，他一再表示关心，而且曾公开说过等书院盖好就会搬到上海去。这样的表态，就可以知道父亲对李氏家族人的不满了，后来李素美之弟还因为此事，在众人面前对李慈雄有过非常粗暴的举动。

二〇一二年八月，书院历时五年，终于竣工落成。诸事完备，李慈雄准备在十月一日至十日，请父亲来书院讲学。这时，父亲已身体欠安，掩关谢客，无法前行。但是，父亲仍然把李慈雄叫到自己屋里，对他说：“学院你先安排开始文化活动吧，待我康复后再去讲课也不迟。”

然而，这次父亲却未能实现自己的承诺。九月底，父亲与世长辞。无奈之下，李慈雄与朋友们商量，决定将书院更名为“恒南书院”。如今，书院谨遵父亲遗训，努力发扬中华文化，并结合现代科学，专注于对身心性命的认知调御方面的研究。

除了恒南书院之外，父亲协助建立的还有王红创办的女子德慧大学堂。细说起来，这个大学堂也有一个有趣的来历。