他打算黄蓉与郭靖成亲离开桃花岛后殉情，在殉情前夕，西毒欧旧锋杀了江南七怪，嫁祸与他，让他死不瞑目，黄蓉极力为他辩冤，最后真相大白，黄药师重新被江湖人士所接受，北丐，东邪齐力对付西毒，殉情之愿不了了之，而且，花船被老顽通误乘损毁，次及天意不肯殉情也。后来，郭芙出生，黄药师有了新的精神寄托，重拾生活的意志。可是这只是书上的解释，其实黄药师之所以会这么做，其实还有另外一个隐晦的秘密。

了解黄药师的人都知道，他是一个非常善于专研的之人。其桃花岛武学弹指神通、落英神剑掌、玉箫剑法、碧海潮生曲、兰花拂穴手、旋风扫叶腿等皆由其自创而来，不仅如此他称为“药师”，对于医药也甚是精通，其自研的九花玉露丸更是一流的灵丹妙药。另外还精通五行八卦、奇门遁甲、农田水利、经济兵略等。

娶到娇妻人人羡慕，英雄配美人。是当时武林一大喜事，可好景不常，阿衡英年早逝。可见黄药师也是被情所困，书中还有欲乘花船殉情的说法！可是如果我们再仔细想想呢？当初黄药师既然要殉情，为何在他的大船被洪七公和周伯通毁了以后，没有再建造一个船？解释的答案只有一个，那就是黄药师之所以建造大船，并不是真的要殉情！

黄药师建造花船，只是为了欺骗老顽童周伯通，是为了把九阴真经从周伯通手中骗出来。为什么这么说，还是有一定依据的，各位听我说来。黄蓉母亲新死不久，周伯通就前来讨要九阴真经，然后黄药师带他参观了黄蓉母亲的存尸墓穴，这说明已将她安葬！这是也并没有说有造花船。后来跟周伯通说僵了动手，周伯通被打断腿困在桃花岛上。这中间黄药师用了种种方法诱惑老顽童，我想造花船殉情的故事，也是拿来欺骗老顽童的吧！毕竟他们夫妻骗过一次的。但是这次老顽童没有上当。根本就不相信黄老邪会殉情。