古人云：得关中则得天下。六盘山地区的萧关则是关中地区的北大门。秦朝曾从这里发迹，汉武帝曾到此巡视。1039年，北宋和西夏的战争在六盘山地区爆发。宋仁宗时期，北宋与西夏之间发生了三川口、好水川、定川等3次大规模战役，宋军失败与西夏达成了“庆历和议”。这次平等和议换得了宋夏将近半个世纪的和平。不过，后来到了宋神宗、宋哲宗统治时期，宋夏之间又爆发了战争。

1119年，宋军在童贯、种师道的率领下，攻克西夏横山之地，西夏失去屏障，西夏崇宗向宋朝表示臣服。1127年，北宋被金朝所灭。西夏蚕食宋朝西北领土，宋夏战争结束。蒙元时期，成吉思汗、蒙哥汗和大元皇帝忽必烈等几代帝王，之所以选择这一地区作为南下消灭西夏、斩金虏宋和西征中亚的后勤基地，这充分说明其战略位置堪为重要。

由于西夏多次背盟忘义，又联金抗蒙，对蒙古构成了严重威胁。1226年，西征回师蒙古后的成吉思汗，不顾年老体迈和鞍马劳顿，亲自率军6次征讨西夏。最后一次征讨正值酷夏，途中狩猎落马后，高烧引发伤病，于是不得不在清凉的六盘山行宫停驾，避暑消夏。

据史书记载，成吉思汗临终遗言有三：一是蒙古汗位继承的问题。他反复给自己的儿子们讲多头蛇的故事，警告儿子们要认识到团结的重要性，并直接告诉自己的儿子们要遵从他的旨意，拥立三儿子窝阔台为汗位继承人，把帝国的权柄交给窝阔台，并且要儿子们立下文书，保证把他的决定当成肉体上的灵魂，不许惹起祸端，更不能违反他的法令。二是提出“联宋灭金”计划和方案。

他说，金朝的精兵在潼关一线，南接连山，北靠大河，一时难以攻破取胜。只有联合宋朝，让宋朝举兵唐、邓一线，逼近大梁。金兵必然增兵潼关。金兵千里增援潼关，人马疲惫之时，汗国再出兵一举破金。三是指出消灭西夏的方法。他告诉自己的部众，等他驾崩后，封锁消息，密不发葬。等待西夏兵众从城里出来时，择机将其歼灭。一代天骄的“六盘山遗嘱”，最终生效，对蒙古汗国消灭西夏和金国的战争中得到了应验。

长期以来，关于成吉思汗的去世地点有3种说法：宁夏六盘山、甘肃清水县、宁夏灵武。他们的根据是：成吉思汗病逝时正值炎炎盛夏，在当时的交通条件下遗体不便于长途移动、送到远处安葬。但这样的观点也没有得到广泛认同。

成吉思汗墓地成为难解之谜与蒙古族独特的丧葬习俗有直接关系。按习俗，蒙古“汗”的墓地都是保密的，地面无迹可寻。据史书记载，蒙古族的王公贵族死后的遗体多被装入凿空的粗木之中深埋地下。下葬后，人们在母骆驼的面前杀死子骆驼，然后放马将留有子骆驼血迹的地面踏平，再派兵守护，直到地面长出青草、与周围的土地毫无异样之后才撤兵而去。此后如果要到墓地祭祀，则由母骆驼引路，它们悲鸣的地方就是墓地。成吉思汗墓葬地点的扑朔迷离，更给六盘山蒙上了一层神秘的色彩。

成吉思汗病逝后，再到蒙哥汗即位时，将京兆(今西安)列为忽必烈的封地。忽必烈重用汉人，推行汉法，得到了关中百姓的爱戴。

1258年，蒙哥汗率军进攻宋国，六盘山为进攻宋国的军事基地和后勤保障的大本营，并且后续驻兵2万于六盘山地区。是年，蒙哥汗的夫人也在六盘山病逝。

蒙哥汗死后，忽必烈和弟弟阿里不哥争夺汗位，六盘山又成了西部主战场。后来，忽必烈的儿子忙哥剌被封为安西王，安西王府所在地是固原地区的开城，那也属于六盘山地区。忙哥剌的儿子阿难答继承安西王王位后，由于思想上的不成熟，将自己卷入元朝皇位之争，最终失败，直接导致安西王的王号被废除。

1206年蒙古大汉建国到1368年元朝灭亡，共162年。期间，和六盘山发生军事联系的，断断续续算起来就有80余年。蒙元朝代在胶着和飘忽的162年里，无论经历了多少祸福兴衰，六盘山地区都是历史上有事实记载的见证地。