在长流中下游地区，曾经有一个异常活跃的民族叫三苗，也叫苗民，有文献说此即为现在苗族的先祖，当时他们主要分居在洞庭湖与鄱阳湖之间，传说三苗为蚩尤曾领导的九黎后裔。在尧舜禹时期，由于北部黄河流域的中原地区处于统治地位，而南部长江流域的三苗处于被统治地位，但三苗势力不小，不想受制于人，总想摆脱别人的统治，因此，这南北两部落之间经常发生战争。

尧帝当政的时候，三苗曾经发生过大叛乱，双方在现在的丹江口展开过一场大战，尧的部队经过艰苦战斗打败了三苗的队伍，三苗暂时被镇压，但是好景不长，三苗并未就此臣服，还是时不时搞动乱，尧帝很恼火，将很多动乱的苗人流放到甘肃敦煌一带沙漠。

不过，这样仍未能让三苗彻底降服，舜帝的时候，则采用离间安抚的政策，对苗民进行分类，听话的留下，不听话赶去大西北，但三苗和舜帝玩起猫捉老鼠的游戏，暗中积蓄力量，伺机作乱。

大禹登位之后，三苗依然是中原华夏部落的麻烦，在南部的长江流域他们的势力逐渐壮大，再次威胁中原部落的统治，大禹决定对三苗进行一次彻底的大清算，南北两大部落之间展大了一次激烈的较量。

大禹为此战作好了充分准备，战前动员工作做得非常好，大大鼓舞了战士的士气。恰好这时，三苗地区发生了一次地震，大禹趁机带领部队掩杀过去，三苗忙于应付地震，仓促应战，而且其首领又被大禹的弓箭狙击手射杀，群龙无首，被大禹杀得溃不成军。

这场中国史上的南北战争异常残酷，因为大禹要打的就是一场灭绝三苗的战争，所以，对三苗实行赶尽杀绝的政策，三苗人不逃即杀，别无选择，这次战争让三苗元气大伤，死者无数，侥幸活命的大多人逃离了原居地，剩下少数隐藏在其他族群中苟且偷命，自此，通过尧舜禹三代，彻底打败三苗，将其赶出长江中游地区。