1936年12月12日，西安事变爆发，蒋介石被张学良、杨虎城扣押。南京一派混乱。作为蒋介石看重的老秘书，邓文仪时任力行社（三青团的前身）书记长。他见天下大乱，竟然不顾身份，超越军政，拍出两封电报，一给驻汉中第51师师长王耀武，一给驻潼关第28师师长董钊，令他们马上出兵进攻西安。

然后，他在力行社大肆贪污，悄悄取走20万大洋，在南京给自己建房子。

不料，十几天后，西安事变和平解决，蒋介石平安归来。邓文仪因为那两份电报，被蒋介石列入“要害死自己”的“主战派”。

两个月后，1937年2月一天，蒋介石突然怒气冲冲地召见邓文仪，见着他，厉声呵斥：“你在事变期间贪污不轨！”

邓文仪镇静地问道：“我究竟做了什么事，使校长这样生气？”

邓文仪为何能够如此镇静？因为贪污对他来说，已经不是第一次了。1927年，他担任黄埔军校政治部代主任时，伙同一名手下贪污一笔政治教材印刷费，金额达一万多元，被蒋介石撤了职。

这一次他再次重犯，蒋介石几乎是吼叫起来了：

“你竟敢利用西安事变，盗用20万元力行社的公款!”

原来，戴笠的特务处知道此事后，暗中查实邓文仪有两项贪污，总计20万大洋，且在南京盖了一幢大房子。

邓文仪辩诉说：“在事变中派了数十人到各省联络，安定民心，才花光这笔存款。至于建一栋小房子，是用自己和妻子的多年积蓄。而且，盖房子的计划是在以前就定下的。”

接着，他又说这是共产党对他的诬陷。

蒋介石一气之下还是把他的一切职务给撸掉了。

邓文仪贪污被撤职后，丑事传到他的老家——湖南醴陵老家，连土匪都知道了。

1937年4月初，一伙土匪突然跑到李家，绑起邓文仪的父亲就走人，然后把他劫持到了江西万载县的深山老林，要求邓文仪在五天之内准备好一万元大洋前去赎票。

邓文仪才因为贪污遭到解职，尽管父亲面临死亡威胁，哪敢拿出一万元大洋的巨款来赎票？只好故意四处张罗，一个星期后，勉强拿出把3000元大洋，请三位亲戚挑着，前去万载县扣留人质的深山里与绑匪接触。3000块大洋，不及一万数字的一半，土匪自然大怒，不肯放人。

湖南省主席何健得知，允诺在短期内汇款万元。可是，派去的人一时找不到与土匪联系的线索了。

两个星期后，有人到李家报信，在离醴陵300里远的江西安福县一片森林里，发现了邓父的尸体。绑匪砍杀了九刀，血肉模糊，死状极为凄惨！当地人已经草草收敛，只等邓文仪前去处理善后。

邓文仪接到噩耗，立即昏倒了。苏醒过来后，他自己不敢去安福，只好向附近驻军求援，才把父亲的遗体弄回湖南醴陵。

邓文仪在老家葬父时，一次，蒋介石在南京干部会议上说：

“邓文仪和酆悌两人，尤其是邓文仪，历任重要工作，都能刻苦、清廉。但是，这一次就贪污起来了。邓文仪盖了洋房，当了财神。家人被土匪绑票，就是贪污的明证。”

不过，三年后，1938年5月，邓文仪如同1927年贪污撤职后一样，被蒋介石不计旧恶，再一次委以重任，调升成都陆军军官学校政治部主任兼委员长成都行辕政治部主任，还被授予中将军衔。