如果单从品级上讲，尚书为从一品，而总督一般为正二品，尚书当然比总督要高。但因为这涉及到中央和地方的权利博弈，所以这是个一直处在变动中的均衡结构，而不是一成不变的，很难简单的说尚书实权更大，还是总督实权更大。

清朝如此，明朝同样如此。明朝一开始设置总督的时候，一般都是为了应对危机，是赋予兵权的。从高拱担任首辅的时候就形成了定制，多设置几名兵部侍郎，储备懂军事的高级官员，一旦哪里需要，就放到哪里去执行任务。也就是说，总督在明朝的时候，本身就是侍郎级别，地位是低于尚书的。

从实际运行来说，在明清不设宰相的制度下，六部尚书就成了百官之首。但在实际运行中，明朝又很快就形成了内阁制，内阁一定程度上承担了之前的宰相功能，但又稍微有些区别。一开始内阁官员的品级比较低，后来逐步形成了内阁辅臣大体上兼任尚书、侍郎的定制，就等于在六部尚书之上又有了一个内阁阁臣的层级。

到清朝以后，军机处取代内阁，变成协助皇帝处理政务的主要机构。军机处和内阁一样，一开始的品级也并不高，但到逐渐稳定下来之后，也形成了军机处的军机大臣一般都兼任六部尚书、侍郎的定制，等于变相提高了军机处在百官之中的品级和地位。这样，就等于在清朝的官僚体系中，六部之上又多了一个军机处，尚书的实际权力就更低了。

但在承平时期，京官的地位本身就比地方大员更高。因为六部是全国各个官僚系统的中枢，地方上的许多事情都需要通过六部去协调和批准，六部尚书作为六部的行政首脑，当然地位非常重要。实际上，不要说是六部首长的尚书或者是侍郎这种级别，就是六部下属的郎中、主事，往往也非常重要，地方大员要办事，也得找他们通融。这一点古今都一样。

可是如果国家出现重大危机，尤其是出现持续的战乱和动荡，中央权威在走向解体的过程中，六部尚书的地位就远不如总督重要了。因为总督一般都是朝廷任命的负责辖区内全部事务的全权大臣，包括财政、行政、军队和人事，都可以自行处置，然后再向中央报备，而中央在这种情况下实际上对总督也缺乏有效控制，只能听之任之。

所以，到了晚清时期，总督的地位实际上是比较高的。尤其是在太平天国起义冲击清朝统治的时候，总督所掌握的实际权力和资源远远超过中央。因为这时候中央所能掌握的资源有限，而总督反而因为可以在辖区内截留本应解送给中央的财政收入，所以掌握着更多的资源。中央则因为掌握的资源少，地位不如总督。

太平天国运动被镇压下去之后，虽然中央的权威一定程度上有所恢复和提高，但是一些重要的总督仍然地位高于一般的尚书，尤其是有些总督本身就曾经担任过六部尚书，或者是出任过军机大臣，或者是有大学士的加衔，地位就更加高了。在北方比如直隶总督一般兼任北洋大臣，南方的两江总督，两广总督，湖广总督，其地位就不是一般尚书可比。

其中比较著名的比如曾国藩、左宗棠、李鸿章、张之洞，哪怕他们在总督任上的时候，实际地位也比尚书要高。一旦他们被朝廷调离地方，进入朝廷，也往往不是担任六部尚书，而是直接进入军机处担任军机大臣，或者是在内阁担任内阁大学士，就等于地位一下子跳到了普通的六部尚书之上。这也就是一般所谓的出将入相。

而在1910年之后，经历了义和团运动和八国联军入侵，尤其是八国联军入侵时，各地总督发起了东南互保，等于在外交政策上脱离了中央的控制，没有支持中央对列强的战争，导致清廷和慈禧太后在此后更加意识到，地方总督已经有摆脱中央控制的可能，所以逐步调整，由一些满洲亲贵出任各地总督。

一直到1905年之后，清廷下诏让各省都自主编练新军，情况才有所变化，总督的权力才逐渐分散到了各地巡抚手中。到辛亥革命发生的时候，总督反而没那么重要，而各地巡抚则可以利用自己手中掌握的新军，摇身一变就成了新政权下的督军。