2013年12月17日，南京市栖霞山公园管理处施工人员在中峰施工时，发现了记载在侵华日军南京大屠杀时，时任栖霞寺监院的寂然法师如何收容难民23000余人的“栖霞难民所”与“寂然上人碑”石碑各一块。

已出土的两块碑长、宽均为1米×0.5米，分别断成两段，经拼接后恢复了原状，碑文上字迹仍清晰，这碑体阴刻的文字，详细记载了寂然法师生平和他在任栖霞寺监院收容难民，率众僧和日军斗智斗勇，积劳成疾逝世的全过程。该碑记载：

(民国)二十六年(1937年)七月芦沟事起，烽火弥漫，旋及沪京(指南京)，(难民)载道流亡，惨不忍睹。(寂然)上人用大本、志开两法师之建议与襄助，设佛教难民收容所于本寺。老弱妇孺获救者二万三千余人，日供两餐，时逾四(个)月。道途宁静，始遣之归，真盛德也。事变之后，……上人留守栖霞，苦极艰深，困行忍迈，铁肩负厄，处之怡然。……

栖霞山难民营是南京大屠杀期间唯一由中国人自己开办的难民救助机构。当时正是隆冬时节，寺内寺外挤满了难民，其中多数为妇女和儿童——男人多被杀害或被强迫做了苦力。为了保证难民最基本的生活供应，栖霞寺僧众节衣缩食，每日供应难民两餐。由于人头太多，开销过大，渐渐寺里的财力就坚持不下去了，到了1938年春天，只能勉强保证每日一顿稀粥。

从1937年12月到次年3月，栖霞寺难民营共计收容难民多达2.4万人。据《寂然上人碑》记载，寂然法师是江苏盐城东台木并茶市(今江苏南通市如东县木并茶镇)人，俗姓严，少年出家，后在宝华山隆昌寺受戒，禅定于镇江定慧寺，后至栖霞寺，因积劳成疾，于民国二十八年(1939年)十月十二日圆寂，由弟子们葬于寺后中峰。

当时栖霞寺有些地产和储备粮食，救济难民动用了这些储备粮。寺庙供应难民共用了100多万(市)斤粮食，除陈粮全部吃空外，社会人士还给了一些援助。这段史实在上世纪60年代由香港朱洁轩编撰、并在港出版的《栖霞山志》中也有记载：

栖霞寺设难民所，广事收容，不期而至者三万余人。尽出寺储，以供糗……不足继之副逋，再不足地方士绅为之募继。

敌酋犹恐滋事生变，促解散;师抗严争，触怒顽敌。寺众惧祸及，谓师曰：“从井自陷，智者不为，况寺财已出，曷不顺之?”师曰：“释氏方便之教，普度众生。吾人暮鼓晨钟，孜孜穷年，现正面临考验，今兽兵塞途，凶焰未戟。

此数万无家可归妇孺，既入慈悲之门，安可为德不卒，推而出之，委诸沟壑乎?”众闻师言，义肝为壮。迄至南京稍定，始陆续遣散，先后达四月有奇，耗米麦杂粮百万斤。

″栖霞难民所″、″寂然上人碑″石碑和《栖霞山志》记载了南京沦陷之初栖霞寺难民营的主持人、建议人、协助人以及所收容的难民人数、时间和供给情况，记载了难民营负责人的生平，记载了侵华日军的凶残和寂然和尚与敌抗争、保护难民的决心，并且能与几位外国人的记载和所摄照片相互印证，真实可信，为研究侵华日军南京大屠杀的历史新添了珍贵的史料。