郑芝龙和郑成功是明末清初的重要历史人物，他们在血脉上是父子，政见却截然不同，走的是完全相反的两条道路，结局如同两重天。一个背负汉奸骂名遗祸满门，一个成为名垂青史的民族英雄。

郑芝龙在明清两朝交替时期是一个极为活跃的人物，集高官、军阀、海商于一身，属于地方实力派。清军入关后，郑芝龙仍有很强的实力，手下军队有十余万人，其中精锐的海军有三万多，战船有千余艘，足以与清军在海上相抗衡。他想用这些资本换取闽粤总督的高官，继续维持蒙华富责。清征南大将军贝勒博洛授其所好，精心设计了一个陷阱。

谈判时，郑芝龙只带五百卫兵前往福州的清军大营，拜见博洛。他没有得到闽粤总督的金印，反而被挟持到北京，变成一个孤家寡人，一个任凭清军摆布的囚犯。清廷对郑芝龙再也不提实授闽粤总督的事，而是授予他一个不伦不类的精奇呢哈番称号，意思是三等勇士。他苦心创建的军队，很快土崩瓦解，大部分投降了清朝。他建立的海上贸易体系遭到毁灭性的打击。他为投降清军，曾主动撤走了在福建、浙江交界处的天险仙霞关的守军，使得清军不费一兵一卒，长驱直入，直达福州，没有觉到任何有效的抵抗。南明隆武朝的兵都尚书黄道周北上抗清，郑芝龙只派给一千老弱病残，三天军粮，实际上是送黄道周入虎口。

郑芝龙如此为清军效力，但清军并没有保护他，他的府第遭到清军的抢劫。他的妻子田川氏惨遭污辱，最后投水而死，终年四十五岁。郑成功曾按日本的风俗，将他母亲的腹部剖开，取出肠子，用清水洗净，放回腹部后重新缝合，然后下葬，用这种独特的方式来洗涤清军对他母亲的污辱。郑氏的祖坟也被清军挖开，先祖骨暴露在光天化日之下。

与郑芝龙完全不同的是，郑成功高举反清复明的大旗，收编郑芝龙余部，力量迅速壮大，成为恢复明室的重要力量。这使得郑芝龙又有了新的价值：清军要他利用父子之情，招抚郑成功；郑芝龙成了清军要挟郑成功的一张王牌。

到清顺治九年，郑芝龙以三族性命为担保，再次出面招抚郑成功。郑成功在回信中说：“从来父教子忠，未闻教子贰……万一吾父不幸，天也，命也，儿只有缟素复仇，以结忠孝两全之局耳。”这时，郑成功已经看到了郑芝龙的最后结局。

清顺治十二年，清廷官员对郑芝龙招抚无功深为不满，纷纷上表弹効，首先出面弹劾郑芝龙的，就是那位三朝元老、左都御史龚鼎孳。他弹効郑芝龙“蒙豢养者十年，弥桀骜，家仆往来海上，信息频通；子弄兵海上，父高枕都下，酿祸之根请早除”。这时的郑芝龙里外不是人，在清政府眼中是郑成功海上作乱的祸根，在郑成功眼中是清政府要挟海上抗清力量的人质。

清顺治十四年，追随郑成功达20年的大将黄梧投降清朝，黄梧要清军早日杀掉郑芝龙，说：“不杀芝龙，成功之心不死，海上诸将投诚之意不决。”郑成功收复台湾后，清政府以郑芝龙为人质、逼迫郑成功投降的计划完全落空，他再也没有利用价值。清政府便以“通敌”之罪，将郑芝龙连同他的儿子郑世恩、郑世荫、郑世袭等十余人，斩首于北京。郑芝龙在北京的一家老少无一遗留。说郑芝龙通敌，是个天大的冤枉，他给郑成功的信都是招降信，字字句句都体现清政府的意志。郑芝龙为清政府贡献了所有的力量，受尽常人难以以忍受的侮辱，最后落得被斩下场。

在北京的郑氏家人惨遭杀害，唯一幸存的就是远在台湾的郑成功，他为郑氏留下一支血脉。郑成功病死后原葬台南的洲仔尾，到康熙三十八年（1699年），郑郑成功的孙子郑克塽回返大陆。康熙帝赐郑成功和郑经的灵柩归葬故里，迁葬时场面十分隆重，康熙帝赐挽联悼念郑成功：“四镇多贰心，两岛屯师敢向东南争半壁；诸王无寸土，一隅抗志方知海外有孤忠。”

康熙对与清军一生为敌的郑成功评价很高，然而诚意投诚的郑芝龙却是被斩首而弃尸，连遗体也没有留下，以至于在郑氏祖茔中只有郑芝龙的灵柩，没有尸骨。