自宋朝建立以后，中原势弱，北方游牧及渔猎民族却十分强盛，最终，宋朝灭亡于蒙元之手，这是中国历史上第一次全境沦陷于异民族。到了明朝"驱除鞑虏，恢复中华"之后，立刻就面临是否认可元朝正统的问题，而明朝官方对此的态度是十分纠结的，这从明朝对祭祀元世祖忽必烈的态度反复上就可以看出。

明朝初年，文人士大夫普遍认可元朝是正统王朝。明太祖虽然强调自身"驱除鞑虏，恢复中华"的功绩，但同时对自身的红巾军出身十分忌讳，将反元红军定为"盗贼"，而承认元朝是正统。

洪武六年，明朝在南京建立历代帝王庙，其中共祭祀帝王十六名。这些帝王的选取标准十分严格，其中十一人是三皇五帝等上古帝王，秦朝以后的帝王仅有五人，即汉高祖，汉光武帝，唐太宗，宋太祖和元世祖。从这一选择看，明初不仅承认元朝正统，而且给予很高地位。

明朝在为建庙所撰《敕建历代帝王庙碑》一文中，解释了选取入祀帝王的标准，称赞汉、唐、宋、元四朝为得国正的大一统王朝，其"功德"在西晋、秦朝及隋朝之上。可见此时明朝官方对元朝的看法。

忽必烈

但是此后明人的观点渐渐发生变化。有记载的第一个对元朝正统提出质疑的文人是著名的方孝孺，他在《释统》一文中否定了那种认为"地盘大自然就是正统"的功利史观，提出"取之不以正，使全有天下，亦不可为正"，"夷狄而僭中国……治如苻坚，亦不可继统矣"。

按照这种观点，得国不正，地盘再大也不是正统；夷狄出身，不管治理的多好，哪怕像是前秦苻坚一样仁厚，也不能成为正统。

到了嘉靖年间，彻底否定元朝正统已经成为明朝士大夫的主流观念，并因此影响到对忽必烈的祭祀。

明成祖迁都北京后，并未新建历代帝王庙。直到嘉靖九年，才提出要在北京建立历代帝王庙。此时，对于是否要继续祭祀元世祖，立即引起了争论。翰林修撰姚涞上疏"请罢元世祖祀"，称蒙元"为中国之大仇耻"，"太祖高皇帝，声罪而扫之，廓中国之妖氛，雪中国之仇耻"，"而今若在胡元故都崇祀元世祖，尤为不可"。

嘉靖皇帝见此，便下诏礼部复议。结果礼部认为仍宜遵循旧制，于是元世祖得以进入嘉靖十一年新建的历代帝王庙。但是到嘉靖二十四年，礼科右给事中陈裴两度上疏，强烈要求废除对元世祖的祭祀，他在上疏中的观点很能体现当时明朝士人的普遍看法：

胡元为中国之所当驱，是中国决非胡元之所当居矣；中国非胡元之所当居，是胡元 决非中国之所当祀矣。 故必除胡君之祀，而后驱胡之功彰。臣固知祀忽必烈于帝王庙者，非皇祖之本心也，是则当黜也。

明世宗嘉靖皇帝

此次上疏得到礼部认可，未引起任何争议，嘉靖皇帝表示"元本胡夷"，下诏废除南北两京对忽必烈的一切祭祀，毁去其神主，从祀的木华黎等五人也同样废除。至此，明朝完成了对蒙元正统论从肯定到否定的转变。