东汉顺帝的时候，沛国丰邑（今江苏丰县）有位名叫张道陵的人，自称是张良的后人，创立“正一道”，因为入会的人要缴纳五斗米，因此又叫“五斗米教”。到了三国时，他的孙子张鲁凭借武力占据了汉中，自号“师君”，成了五斗米教的最高领袖，对外宣称：入教的人不分贵贱，大家都是兄弟姐妹，彼此互助互爱，诚信慈悲。 百姓蜂拥而至，加入教会。

到了两晋时期，五斗米教的教徒不仅在底层滚雪球般地增长，就在上层豪门也迅速蔓延，整个南方大地教徒已有几十万人，此时他们的最高领袖是钱塘（今浙江杭州）人杜子恭。

杜子恭死后，他的弟子孙泰继任教主。由于他曾学过秘术，会变不少的“魔术”，因此在无数人的眼里，他就是大师，就是神人，会稽王司马道子与其私交甚好，无比的崇拜。

后来，孙泰见王恭举兵对抗朝廷，感觉东晋快要亡国了，便打算作乱。结果被人揭发，司马道子顶不住舆论的压力，逮捕了他，连同他的六个儿子全部处死。在这场大混乱中，有个人大难不死，他便是孙泰的侄子孙恩，也就是我们今天的故事主角。

后来，孙恩逃到了海岛（今舟山群岛）上，到处散布说孙泰是“蝉蜕登仙”，他现在是教派的新主人，很快，周围就聚集了数千人。孙恩暗中积蓄力量，等待时机报仇雪恨。

公元399年，司马道子退了下来，他的儿子司马元显成了东晋新的执政者。此子是个改革派，他憎恨国家积贫积弱，为让朝廷腰杆挺直一点，他一手抓枪，一手抓钱，在大肆征税的同时又大肆征兵，结果此举引发了巨大的动荡：一来百姓活不下去，纷纷加入了孙恩的五斗米教；二来地方豪强怨气冲天，认为中央割了地方上的一块“肥肉”。

看着东南大地上民怨沸腾，孙恩认为机会来了，遂出手了。

孙恩挑选了教徒中一百多名武艺高强的人，偷袭了上虞（今浙江上虞），接着又攻克了会稽（今浙江绍兴）。由于他有强大的群众基础，很快整个江东八郡纷纷揭竿而起。等他攻克会稽郡之后，手下就膨胀到了数十万人。孙恩自称征东将军，上疏朝廷，为叔父孙泰伸冤，要求诛杀司马道子父子。

可人家司马道子父子怎可能坐以待毙，因为他们手里有张王牌，那便是刘牢之。

刘牢之果然不负众望，率领他的北府兵浩荡南下，这就是专业选手和业余选手之间的较量了，一路上毫无悬念，虽没有把孙恩直接干掉，但次次都将其干趴。最后孙恩被打得实在没辙，只得又撤回了海岛。

在此期间，有个趣事。

起兵之初，孙恩听说有八个郡的百姓起来响应他，不禁喜形于色，对属下说：“天下没大事了，过几天咱们就穿着朝廷的官服到建康去。”后来听说刘牢之来了，立马又改变了远大目标，转而说：“就算我们只割据浙东这块地方，总也能做个越王勾践！”可过了几天，听说刘牢之已经带着军队渡江而来时，他又强作淡定，说：“我认为逃跑也没啥丢人的。” 接着就一路狂奔，回到了最初的海岛上。

随后，孙恩又三次率军从海岛中登陆而来，可无一例外都以失败而告终，狼狈逃回。

公元402年，桓玄在消灭了司马道子父子的势力后，执掌朝政，孙恩乘时再度来攻，但在进攻临海郡时就失败了。此时他手下的将士，在经过前几次与东晋朝廷的交战后，已经死得差不多了，仅剩数千人。孙恩害怕被朝廷俘虏，于是便选择了投海自尽，数百名他的妓妾以及信奉他的部众皆随之而死，孙恩更被其信众称为“水仙”。

孙恩死后，其妹夫卢循率领余众继续坚持斗争，一直到411年这才被东晋剿灭。

孙恩的这次叛乱虽说造成了很大的影响，但他除了会用宗教迷惑人之外，并没有多少才能和远见。他带领的军队完全就是一派流寇的作风，到了一个地方，除了杀死地方官之外，就只会劫掠财物，烧毁仓库房屋，甚至于砍伐树木，填埋水井，完全就是一副破坏者的形象。

如果说孙恩的政治才能再高一些的话，或许会有更大的作为。但他缺乏政治远见，也没有坚定的意志，这些都注定了他的事业不可能长久。

孙恩海上反乱被称为“中原海寇之始”，为后世海盗活动提供了经验，因此孙恩也就成了海盗的代名词。