卫所军队的粮饷主要来自卫所军的屯田所获。
明初一般卫所分成屯田军和操守军两部分，有的卫称作屯卫，以屯田为主。在边防，明廷还采取两项补充军饷的措施：一是以盐引补充军饷，商人为得到这些盐引，招人在边地屯田，以获得的粮食输官换取盐引。一是令某些地区供给边疆一定的粮食或布花之类。在沿海，除屯田外，不足则调拨附近民粮和杂项收入补充。屯田制破坏后募兵之饷由朝廷拨款（即年例）或扣发当地上缴的赋税来补充。民壮的粮饷由当地政府按丁粮征款来供应。
军饷制度的变化主要是由于屯田的破坏和募兵制的实行。军饷制度的变化增强了明廷的财政困难，加重了百姓的负担。
明朝军制在不断变化着。募兵制基本代替了世兵制，卫所制为营哨制所代替，文官成了军队的主宰，军费负担以军卒为主变成了以百姓为主。这种变化一方面有利于提高军队的战斗力，增强国家对军队的控制。如谭纶和戚继光在南方都以募兵实行营哨制，建立了能征善战的军队，打败了入侵的倭寇。在北方，谭纶和戚继光合作又建立了强大的边防军，保卫了北京地区的安宁。这显示明代后期军制改革既有利于中央集权统治，又能建立有较强战斗力的军队。但另一方面国家和百姓对军费负担的增加也带来严重的问题。
军费增加，导致国家财政困难，军队粮饷不足，逐渐走向衰败。百姓无力负担沉重的军费，生活无着，起来造反。
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