元朝的历代君主虽说都崇尚佛教，但在初期时对宗教所采取的政策却是兼收并蓄，不管是佛教还是道教，亦或是伊斯兰教，全都是照单全收，并没有说谁高谁低之分。成吉思汗当年就曾亲近过佛教的海云禅师，同时也亲近过道教的丘处机，并且还曾命其后裔给诸宗教以平等的待遇。

但此后的历代君主，却开始违背成吉思汗的这种遗志，开始改立佛教为国教。这又是为何呢？这里就不得不提元朝历史上四次著名的佛、道两教的大辩论。

事情的起因是，当时的全真教主李志常曾根据西晋王浮所撰的《老子化胡经》绘制了《老子八十一化图》，并在朝野广为散发。这一举动引起了佛教徒的强烈不满。这又是为何呢？原来这王浮是西晋惠帝时的一位道士，因经常与和尚帛远争邪正，遂著《老子化胡经》，称老子入天竺变化为佛陀，教化胡人，以谤佛法。这卷经曾引发佛、道之间的激烈冲突，唐高宗、唐中宗都曾下令禁止过。

气愤的佛教徒遂以曹洞宗少林长老福裕为代表，请当时的君主蒙哥汗来主持公道。

前面我们说了，元朝初期统治者对宗教采取的都是宽松政策，兼收并蓄，并没有谁高谁低之分。所以为公平起见，蒙哥汗便建议佛、道两教展开一次大辩论，谁赢了就听谁的。于是乎，佛、道两教分别在1255年、1256年展开了两次大辩论，由佛、道双方的领袖一对一展开辩论，结果两场都以佛教胜出而告终。

到了1258年的时候，双方改变了一对一的模式，展开了一次阵容空前的大辩论：佛教一方以少林福裕长老为首，那摩国师、八思巴等藏传佛教僧侣助阵，合计300余人；而道教一方则以继任的教主张志敬为首，合计全真教徒200余人。此外还有官方、文人代表的裁判200余人。由双方各派17名辩手出场，双方约定，谁输了就要入对方的教派。结果道教又输了，最终道教的17名辩手遵照赛前约定，脱下道袍落发为僧。

随后，蒙哥汗下令焚烧道教伪经45部，并归还侵占的佛寺237所。

到了1280年，佛教再次要求朝廷追究被蒙古汗禁断，但尚存于世的道教伪经。第二年，朝廷命佛教和尚、翰林院文臣以及道教道士等云集宫中，共同考证道藏诸经的真伪。双方又再次辩论了数十日之久，依旧是道教落败。随后，佛教再次敦促朝廷下令焚烧道教伪经，归还侵占的佛寺。

就这样，佛、道之间的四次大辩论，皆以佛教胜出而告终，这在某种程度上奠定了佛教在元朝的地位。元朝建都燕京之后，元世祖忽必烈以藏传佛教高僧八思巴为国师、帝师，统领天下佛教。从八思巴开始，一直到元朝灭亡，其历朝历代皆以喇嘛为帝师，新一任皇帝在即位之前，必须先就帝师受戒。

而忽必烈带头崇尚佛教，也为其后世诸帝做出了榜样，所以在他之后的皇帝，也大都按照他的范例而来，立佛教为国教了。