郑成功时代的南明军事力量并不弱，其军队数量超过入关的10万清兵。仅郑成功父亲郑芝龙手上就有二十多万人马，集中在福建一带。加上明朝原有军队，各地的反清的义军，其兵力有百万之众。但是明代末期，人心涣散，军队斗志丧失，崇祯皇帝煤山自缢后，国无统帅，明朝的各种势力拥立明朝皇室后裔成立了南明政权，也是各怀鬼胎。

福王朱由崧在明朝留都南京建立政权，史称弘光政权。此后又，福建建宁的唐王朱聿键，浙江绍兴的鲁王建立了政权，延续南明王朝。但是南明政权内部矛盾重重，互相倾轧，不能有效进行防御。郑芝龙拥立朱聿键称帝目的，是表明明朝已有皇帝，形成抗清复明的号召力。隆武帝建国福建的消息传至四方，江浙、安徽、江西各地义军纷起，响应抗清号召。隆武帝的领土也自福建、两广、云贵而外，兼及湖南、安徽、江西、湖北的一部分，很有光复的机会。倘若可以团结一切抗击清兵的力量，必然会给清兵扫荡中华大地致命一击。但是各有各的心思，各打各的算盘，与隆武帝同时起兵抗清的明代宗室鲁王、韩王、益王等，在大敌当前，国家存亡之际，纠缠在谁领导谁的问题上，不仅荒唐，更是误国。

郑芝龙拥兵自重，不是为了大明复国，而是以此为筹码与清军谈判，置国家安危不顾，通敌卖国，以致南明大好形势转为劣势，坐失复国良机。

到了抗清后期，郑芝龙的人马被郑成功掌握，南明抗击清军形成三支力量，郑成功、张煌言、李定国。但是在抗击复国的决策上，也存在分歧。

永历十一年（清顺治十四年，1657）起，郑成功第一次北伐失败。永历十二年（清顺治十五年，1658）二月，郑成功第二北伐失败，损失惨重。兵败江宁使得南明最有力量的郑成功大军彻底失去了光复汉族政权的最后机会，此后郑军无力与清军进行全面抗衡。

郑成功南京失利的战局也影响到张煌言，遭遇清军四面夹击，伤亡惨重，张煌言的队伍被打散，全军只有数百人，被迫退入浙东进行顽强抵抗。

三支最具实力的抗清力量，因为分散，没有形成合力，力量逐渐消耗。最为强大的郑成功部，也只能选择台湾作为生存基地，维持与清军在福建台湾一带的抗衡，李定国部在滇缅一带与清军周旋，张煌言部在浙东抵抗已经进入尾声。至此，中国大部分地区已经被清军占领，各种抵抗力量也被消灭。

清军力量与抗击力量对比已经逆转，郑成功孤掌难鸣，复明大业难以实现，加上进驻台湾不久，郑成功就病逝，台湾成为抗清的孤岛，最后被投靠清廷的原郑成功的叛将施琅带兵收复台湾。