姚启圣是浙江绍兴人。从小任侠使气，好打抱不平。顺治初年，清军占领江南。姚启圣去通州游玩，被当地一个土豪欺负了。姚启圣转过身就去参加了清兵，那时正缺当兵的，而且他有文化，被委任为通州知州。姚启圣一当上官，转手就把那个土豪抓捕了，然后用棍活活打死，然后，他辞官回家去了。这仇报得高明不？杀了仇人，还不用坐牢。

又有一次，他郊游萧山，正好遇上两个散兵掳掠一个女子。姚启圣假装上前好语相劝，趁两人不备，夺了两人的佩刀，然后把两个当兵的杀了，把这个女子送回了家。

康熙二年（1663年），姚启圣参加乡试，中了举人，被授予广东香山县委书记。

当时，郑成功袭掠福建、广东等沿海一带，清朝疲于应付，这时，郑成功手下将领黄悟叛变了，归降了清朝。这货为了向清朝献媚邀宠，向清朝献上了“平贼五策”，其中就包括迁界禁海、杀郑成功爸爸、挖郑氏祖坟等损招，这些损招招招打在郑成功和汉族的要害上，所以汉奸的优良传统十分悠久。清朝自然是一一照准，于是鳌拜开始实施迁界禁海，“寸板不许下海”，“片帆不许入口”，禁止沿海渔船商船出海捕鱼贸易，外船也不准进入内陆；广东沿海港口尽遭封港，百姓房子被铲平，强行内迁，数百万百姓流离失所，数十万人死于内迁途中。

姚启圣看到百姓的惨状之后，心里很难受，于是就擅自开放了海禁，结果很快就被弹劾双开。

康熙十三年（1674年），吴三桂起义，耿精忠在福建配合举事，进入浙江境内，攻取了温州、台州、处州等县。康熙命他伯父康亲王爱新觉罗·杰书率兵讨伐。姚启圣与儿子姚仪招募了数百壮兵，赶赴康亲王麾下效力。因此，被委任为诸暨县委书记。耿精忠投降后，姚启圣被提拔为福建布政使。他又说服吴三桂麾下的猛将韩大任投降，得到降兵3000人。他前后自己花了五万余两银子用于购买军械，帮助清朝打仗，所以康熙又下诏嘉奖，晋升他为福建总督。

施琅本是郑成功爸爸郑芝龙手下的左冲锋，郑芝龙降清后，施琅也跟着降了清，唯独郑成功整死不降。郑成功招施琅跟他混，施琅不干，于是郑成功一怒就逮捕了施琅一家，施琅用计跑脱了，结果他的家人全部被郑成功宰了，于是施琅跟郑成功结下了血海深仇，日夜盼望着能亲率精兵攻取台湾，以报仇雪恨。

康熙攻取台湾，能够任用施琅就任水师提督，全靠姚启圣力保。因为施琅是降将，许多清蛮子不相信。虽然台湾最终是施琅攻下来的，但厦门、金门等地全部是姚启圣和黄芳度拔取的。而且，策划攻取台湾和筹措粮饷、安抚百姓、补充兵源等后勤工作全是姚启圣做的。结果施琅在奏报战功时根本没提姚启圣的功劳，他的战报要比姚启圣早两天到北京，结果施琅被封靖海侯，姚启圣什么也没有捞着。

康熙二十二年（1683年），姚启圣还兵福州后不久，背疽复发，很快就挂了，终年六十。死时还欠国库四万七千两银子，是用于修造船舶、军械亏欠的银子。许多大臣建议朝廷要追缴，康熙总算感念姚启圣生前劳苦，免于追缴。

在清史稿里也没有怎么提姚启圣的功劳。主要是康熙从心里就不喜欢姚启圣，就像《康熙王朝》里陈道明所说的，“朕心里早把姚启圣杀了一万遍了。”姚启圣为人清高，虽然臣服于清朝，但从心里看不起清蛮子剃发留辫子那一套丑陋、愚昧的风俗，所以陈道明对姚启圣说“尽管你此时跪在朕的面前，你的心里未必瞧得起朕。”就是这个原因。

其实，姚启圣和施琅还沾点亲，姚启圣的妹夫是东阁大学士黄锡衮，而施琅又是黄锡衮的妹夫，算是沾亲带故吧。