万历皇帝在一次意外中让宫女王氏怀孕，并生下来长子朱常洛。但万历对王氏毫无感情，宠幸贵妃郑氏，一直想立第三子福王朱常洵为太子，但遭到了朝野上下的一致反对。

明季党争严重，万事都有党争作为推手。争国本案中虽然也有党争的明枪暗箭，但文官作为一个整体，确实罕见的空前团结——坚决反对立储福王！

当年明世宗嘉靖帝想把自己的爹兴献王供入太庙，如此过分的要求，朝野上下一片反对，可依然有张璁桂萼之类的投机者支持皇帝，可正国本案不同，从始至终，从上到下，几乎没有任何一个官员公开表示愿意支持立福王为太子，万历皇帝的境遇远比他爷爷要孤立的多。

万历皇帝认为江山是我家的，太子是我儿子，我愿意立谁就立谁，大臣管不着。可是大臣们认为皇帝就应该顺天理合阴阳，废长立幼这种不符合祖制的事情绝不能干，两边都有自己的道理，于是酿成了这场空前的政治风波。

争国本的形式并不复杂——谏。低级官员上奏章谏，高级官员上密奏谏。当时朝野上下一致认为，如果皇帝废长立幼，后世会认为万历朝没有忠臣。为了自己的名声，文官们也要死谏。万历皇帝对上奏的大臣们严加打压，流放降职贬谪者数不胜数。而其中最可怜的当属内阁首辅，内阁首辅既要获得皇帝的支持，也不敢得罪百官，夹在中间受气。整个争国本过程中，共逼退了四位内阁首辅，申时行，王家屏，王锡爵，赵志镐。

因为文官们不能直接骂皇帝，只能骂首辅，就像过去的皇家老师不骂太子骂伴读一样，典型的指桑骂槐，所以历任首辅都心力交瘁，只得辞职保身。

万历之所以失败，是他向文官集团妥协的结果，明朝的文官体制高度发达。明英宗以前，明朝朝廷运转多依赖于勋贵，英宗以后，则完全仰仗文官。更何况这种全国文官同仇敌忾的事情，得罪他们等于放弃大明江山，所以万历不得不妥协。

当然这种妥协不是没有后果的，后果就是万历皇帝长达三十年的怠政，对朝廷的漠视，百官奏疏从不理睬，缺官不补。这种自暴自弃式的，拿江山赌气的皇帝，在中国历史上也算是绝无仅有了。

更令人意想不到的，是争国本的余波居然影响到了南明！南明立国之初，就爆发了皇位争夺战。按血缘，应该由小福王朱由崧继位，可是南京朝廷里的文官多是东林党，联想到当年曾经跟福王是死对头，所以坚决反对。后来小福王不得不依靠江北四镇的军阀才当上皇帝，于是开启了南明内讧的大幕。文官和军阀互相掣肘，彼此内耗不断，最终南明朝廷不到一年就被消灭，不能说跟这场国本之争毫无关系。