崇德八年八月初九，清太宗皇太极突然病逝。满洲贵族内部因皇位继承问题，出现了截然不同的意见，并引发了一场斗争。 容亲王多尔衮与皇太极长子肃亲王豪格是皇位的主要争夺者。诸王兄弟有的人支持多尔衮，有的人拥立豪格。两黄旗大臣，坚决拥主豪格。镶黄旗护军统领鳖拜是主要的带兵将领，是参与这场斗争的主要人物之一。他和黄旗大臣索尼、图赖、图尔格、谭泰、塔瞻等八人，前往豪格家密谋计议，欲立肃王为君;又与索尼等人“共立盟誓，愿死生一处”。白旗诸王则力主立多尔衮，双方坚持不下，鳌拜等严加戒备，密令“兵丁守门”。八月十四日，多尔衮在崇政殿召集议主嗣君会议，当日一早，鳌拜与黄旗大臣盟于大清门，暂立皇子，并下令精锐护军“张弓矢，环立宫殿，然后到余政”，摆出兵戎相见的阵势。

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在会议过程中，当争论不决时鳌拜与皇太极手下两黄旗将领之辈佩剑而前日: “吾辈食于帝，衣于帝，养育之恩与天同在，若不立帝之子，则宁死从帝于地下而己。”实则胁逼多尔衮拥立室于。多尔衮逼于形势，折中提出拥立皇太极第九子六岁的福临继位，由他和那亲王济尔哈朗共同轴政，这一方案连为双方所接受。 福临摄住，改明年为顺治五年( 1644)。

多尔衮摄政后，数月之间集大权于一身，增权自己，打击政敌豪格及其支持者。分化黄旗大臣，附己者加官进爵，重赏重用，其不附己者则遭到冷遇或压制。鳌拜不服多尔衮，因而屡遭摧抑。

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顺治元年三月，李自成攻占北京，崇被帝自缢。四月，多尔衮率大军人关，吴三柱开关迎降，五月初二，清军人北京。鳌拜本是骁将，却未参与入关之役，奉命与济尔哈朗留守盛京，九月鳌拜随顺治帝福临由沈阳至北京。十月初一，福临定鼎燕京，以鳌拜效忠朝延、勤于政务和英勇杀敌之故，由三等昂邦章京推为一等昂邦章京。同月，鳌拜随靖远大将军英王阿济格取道陕北，进攻退守西安的李自成大顺军;另一路清军，由像亲王金锋率领由澳关攻西安，两路夹击。阿济格、鳌拜一路由内蒙进人陕北，攻下四城，逼降三十八城。

第二年正月十二日，多铎攻破大顺军遍关防线，十八日进逼西安，当时，阿济格、鳌拜一军亦已南下，李自成乃弃西安。由商州经河南向湖广撤退。多尔衮命多铎“仍格遵前旨，往定南京”;命阿济格“仍遵前旨，将流寇余孽，务期剿除。”阿济格奉命穷追大顺军。鳌拜等分器出师，水陆并进，于河南郑州，湖北随州、德安、武昌、富地口、桑家口等地与农民军进行了十三次战斗，重创大顺军。六月，追及李自成于湖北通山县，李自成在九宫山遇害，大将刘宗闽被俘杀。明南宁候左良玉子左梦庚率十二总兵，马步兵十万及大小船只四千余在九江投降。清军攻下河南、湖北、江西、南京所属六十三城。鳌拜虽屡战屡捷，但却并未因大功受赏，反而获罪受罚。

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同年八月，阿济格因未遵旨立即班师，并且因奏报尽歼大顺军情形不实，命议处。阿济格是多尔衮之兄、顺治帝福临的叔父，为人粗暴专横，蔑视年幼的福临，称他为“孺子”。并且传令正黄旗团山颜真，谭泰合同护国统领鳌拜把英王“称上为孺子”的话向众人传布。谭泰看王情面，并不集众传示。鳌拜听信谭泰之言，“ 不行集众传示谕辞”。法司议罪:“罚银一百两， 此番大功不准议叙。”索尼憎恨谭泰背弃当年盟警，党附多尔衮，讣告其“违旨背君”。 后来鳌拜因庇护索尼，又一次获罪，几乎被革职。黄旗大臣从此矛盾加剧，鳌拜、索尼、图赖等与谭泰的嫌隙越来越深。

顺治三年正月，鳌拜、图赖计告谭泰于分道攻取西安时，曾遣人谓图赖日:“我军以道路远险，是以后至，南京可让我军取之。”谭泰为邀军功不择手段。鳌拜、图赖等认为应该把谭泰处死，多尔衮下谭泰于狱，意在庇护，而对不附己之鳌拜等则更加摧抑。

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同年，鳌拜又随承靖远大将军肃亲王豪格往征四川张献忠大西军。三月，豪格抵西安;五月，向汉中进发，当时原李自成部将后降清复叛的贺珍，有众二万余，制汉中府。鳌拜与多罗贝勒尼堪等大破贺珍，把他一直追到湖南。十一月，清军至四川南充县时，张献忠弃成都率全军北上抗清.，列管凤凰山。鳌拜率精锐护军为先锋、由投清的张献忠部将刘进忠作为向导，清军侦骑直抵大西军营前。张献忠于仓促中“随即骑马出营，来穿盔甲，亦未携长枪，除短矛外，别无他物，同小卒七八名并大监一名奔出营外，探听满兵虚实。”与清军侦骑遭遇，叛徒刘进忠“认明果是献忠，满兵即发箭射之”，大西军大乱。豪格奏报说:“ 鳌拜等奋击，大破之，斩献忠于阵。臣至，复分兵四出，破贼营一百三十余处，新首数万级，获战马一万二千二百余匹。”清军分路追击溃退的大西军。鳌拜与李国翰等追至遵义、茨州、茂州、四川荣昌、隆昌、富顺、内江、资阳....等州县均为清军攻占。大西军遗部在灭可望、李定国率领部下退入云贵，继续抗清。

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击破大西军，杀死张献忠，鳌拜又居首功。然而非但未受赏，却反而论死。有人说攻打张献忠大西军时有人冒充争赏，鳌拜坐军中详勘不实，“应本职， 罚银百两。”三月，贝子托齐讣告郑亲王济尔哈朗当年拥立豪格，后又庇护豪格诸罪状。鳌拜等人在皇太极死时拥上豪格及皇子的种种活动同时被揭发。多尔衮欲兴大狱。将牵连诸人齐集质询，定鳌拜与济尔哈朗以及诸人同谋，“曲询肃王家格” 应论死。但顺治帝颁诏赦免了他，允许他纳罚金赎里。豪格亦论先。多尔衮将其幽困，不久死于幽所。四月，侍卫廊步梭又评告鳌拜等在皇太极死时“檀发兵守门”再一次论死，后看立功有加，被革职为民，与死神擦肩而过，得旨免职而幸免于一死！