李自成占领北京以后，第一件事就是搜捕皇室成员，崇祯杀了自己的女儿和妃子后，前往煤山自缢身亡，并留下让无数人敬佩的遗言:“'任贼分裂朕尸，无伤百姓一人”。崇祯皇帝朱由检死了，但是皇子们肯定还在，于是李自成就下令抓捕。很快就被李自成抓住了，但李自成其实抓他们并不是杀他们，他只是想让明朝政府承认他们的政权，毕竟现在面临的是外族后金的入侵。所以李自成抓到崇祯的三个儿子后，不仅没杀他们还都封了王。

此后李自成在山海关被多尔衮和吴三桂连兵击败，回到北京之后李自成匆忙称帝，然后离开北京逃亡，由于李自成自身难保，放松了对朱慈烺三人的监视，三人得以逃脱，不过半路走散了，太子朱慈烺和朱慈照下落不明(一说被杀)，朱慈焕被明朝的一名将军所教，但后来又被抛弃。

被抛弃后的朱慈焕一路流浪，靠乞讨为生，有一次，他到了一个姓王的乡绅的家里，正好这个姓王的人是明朝的老给事中，姓王的看他虽然是个乞丐，但言行举止又透露着一种高贵的气质，便多问了几句，没想到，这乞丐原来是前朝皇室后裔。于是就收留了他。后来，王家发生变故，朱慈焕再次失去依靠，只能流落到江湖。这次朱慈焕为了生存，到佛寺做了和尚。有一次，朱慈焕碰巧结识了一个明朝官员的后裔，这个人劝说朱慈焕还俗，还把自己的女儿嫁给了他，再次找到依靠的朱慈焕过上了安稳的农耕生活。

但是当时江南各地都在反对清朝，并以明朝皇子的身份展开反清复明的话动，其实从满人入关以来无时无刻不在搜捕明朝皇室人员，而当时百姓举报和前朝有关人员都会被官府赏赐，所以朱慈焕由于自己的口音和言谈举止被人举报，官员在严刑拷打得到结果以后不敢擅自处置，而是把他们押送京城由皇帝处置。

知道消息后的康熙吓了一跳，此时朱慈焕已经70岁了，不仅活得好好的，还有了这么多后代，这可是崇祯的嫡系后裔啊，于是康熙以“朱某虽无谋反之事，未尝无谋反之心，朱之父子不可有”为罪名将其满门抄斩。