在陕西回乱之前，甘肃已经出现暴乱。当时清朝烽火四起，南有太平天国席卷半壁江山，东、西及关中有捻军、农民军，已经疲于应付，无兵可调。于是下令成立地方团练，团练称为“勇”，就相当于保安；正规军称为“兵”。有人用《推背图》之三十四象来解释：其卦巽上巽下，谶曰：头有发，衣怕白，太平时，王杀王。又有黄蘖禅师论咸丰朝诗云：“亥逐无讹二卦开，三三两两总堪哀。东南万里红巾扰，西北千里白帽来。”

甘肃临洮、西宁一带的回民因为新老教派之争经常发生械斗。咸丰十年（1860年）元月，巴燕戎格厅所属的东山撒拉族与丹噶尔厅的回民，因争礼拜寺起衅，双方突聚两千余人，持械滋事。第二年，西宁地区又爆发了以马桂源为首的撒拉族与以冶承祖为主的回民的“教道”之争。陕甘总督乐斌不管三七二十一，立马调弹压，结果教争的回民一下将矛头转向了清兵。干了几战，清兵没干赢！于是乐斌只好与回军首领马文义议和。

这只是甘肃回乱的前奏，真正点燃燎原之火的是马兆元和穆生华。

同治元年（1862）秋八月，固原预望城回酋马兆元首倡起事，清水李得仓、盐茶厅田成吉、秦安穆生华等羹沸而起！由于回民世传“十回保朱”的故事，开始时穆生华以“扶明抗清”起事，文书以崇祯纪年，约定“仇恨只在贪官污吏，土豪劣绅，不许烧杀抢劫”。此时陕西回军转入甘肃，一部占领了弓门镇张家川，鼓动、裹胁当地的回民附从，于是连陷秦州南北山堡寨，焚烧掳掠百余里。于是，以“扶明反清”为宗旨的起义逐渐演变为以烧杀戮掠为目的的暴乱！

秦安莲花城回民推穆生华弟弟穆生辉为首，焚掠通渭高家镇一带及黄家窑。

狄道州回酋牟佛提素来仇汉，四处焚掠屠杀汉民。这时，陕甘总督恩麟还以为又是汉回械斗，不以为意，于是洮河东西陷入焚杀之中。

陕西回军先后进入陇东泾川，烧毁高峰寺和回中山王母宫。

十一月，张家川回军攻陷南家石堡后，屠2000余人。

张家川回军既占据秦安莲花城，清将托克清阿约赵桂芳率民团捣回军西北，自率劲旅及张华所带贵州保安由伏羌沟攻其正南。回军以骑兵开路，步兵继之，打败了张华所部，赵桂芳也行将崩溃。这时，托克清阿站在高处举旗指挥，清兵砍杀回军甚众。有回兵看见托克清阿，立即以炮环打，弹珠打中托克清阿右目，穿过左鬓，托克清阿伤重不能言语，仍然以手势驱部众追击。及回军退，托克清阿已气绝。托克清阿出师时，帅旗被风吹折，占之不吉，有人请暂缓出师，被托克清阿叱责。及战，左右请他摘掉帽子，以免被回民军发现，也不听。他死之日，适值正月十五夜。秦民登城，见有大星陨落城北，曳数丈。第二天托克清阿尸体入城，面目如生，其妾抚棺大哭，旋即服药自戕。秦州汉民立祠祭祀托克清阿。

十二月，穆生华率部围攻平凉，焚毁了城外的太平、岨峪二桥，汉民皆惊逃。此时回汉互相警疑，加上东关被焚烧，于是尽搜城内回民杀之。东西路团练率万余人赴援。东路团至十里铺时，被预伏回军围杀几尽；西路民团乘机掘了穆生华的祖茔，焚骨扬灰。穆生华由此恨死了汉人。由于久攻不下，穆生华退取固原。

同月，总督恩麟又遣成瑞、和祥前往议和。回军计划攻取狄道城，佯为听命，约定赴狄道城再定议。欲使成瑞相信，先说好携带起事回民头领数人，骑数百，叩西门欲进城。临洮营都司陆升怀疑其有诈，不让进城。成瑞就让回军杀同伙验证。回军已有千余人至。回军头领于是斩杀数十人，其余回军败走。众皆喜。陆升仍恐有诈，心想“哪里有千余人就这样被杀败走的，是不是被杀者是汉民？”但已无理由拒绝入城，遂在城内设好伏兵后开门。果然，回兵一进城就大声呼杀。陆升举旗，伏兵奋起，先入回军多被杀死，后面的掉头就跑。擒住几个回民一问，果然城下所杀者为被胁迫的汉民。

同治二年二月十九日，穆生华率部再次围攻平凉府城。各地回军应援者越来越多，有数万之众。平凉教谕王汝揆写血书向各地求援，无人应援，被围六个月后，粮尽援绝。到了八月十五日卯时，回军发掘地道，攻陷西南城，冒烟突入，城遂陷。知府田增寿、经制祥麟、知县张仁源、典史焦国照全家殉死，王汝揆、训导孙廷筠身死，总兵吕元血战被杀，千总徐魁、把总朱顺、外委朱英等阵亡；官员死节者百余人，市民被杀十余万，数万户仅存147户。

与此同时，河州回军围攻狄道州（今临洮），城内回民偷偷放进回军30余人为内应，陆江乘其未发尽歼之。陆江及知州屠旭初剌血书乞援达12次，被围150余日，食尽援绝。八月二十七日五更，回军由南门登城，陆江右臂受伤，不能应战，守兵遂溃。陆江乃归署衙，指着火药笼说“是物不可让敌用”，遂坐其上，命点火，火药爆炸，陆升被冲上高空而死。屠旭初自杀，学正王桂林自尽。城内居民十余万尽被杀。