1644年农历甲申年三月，闯王李自成的大军攻破北京，崇祯皇帝让太监敲响紧急状态下召集官兵勤王的大钟。可平时那些在朝廷上慷慨激昂的东林党，无一人出现，早就作鸟兽散了。崇祯帝说：“诸臣误朕也，国君死社稷，二百七十七年之天下，一旦弃之，皆为奸臣所误，以至于此。”只有太监王承恩陪在旁边。真正成了孤家寡人的崇祯皇帝吊死在紫禁城北面煤山一棵槐树上。

上吊死前于蓝色袍服上大书：

“朕自登基十七年，虽朕薄德匪躬，上干天怒，然皆诸臣误朕，致逆贼直逼京师。朕死，无面目见祖宗于地下，自去冠冕，以发覆面。任贼分裂朕尸，勿伤百姓一人。”

东林党是明朝末年以江南士大夫为主的官僚政治集团。“东林党”之“党”，是朋党而不是近代政党。

明朝中期以后，政治日益败坏，封建压榨导致人民不断起而反抗。面对政治经济困难，1573年（神宗万历元年），首辅张居正开始进行改革，在澄清吏治、改进税制、增辟财源、兴修水利和整顿军事等方面，都取得了一定的成效。

明代的财政在万历之前以农业税为主。而张居正改革重在税收，重点从征收收农业税，转移到征收工商业的税收。这自然大大触动了江南的工商利益集团，在这个背景下，东林党开始形成。

明朝中期以后，江南地区的商品经济和工场手工业更加发展。在一些工商业发达的城市，商人、作坊主、手工匠以及其他城市平民，开始形成为一支新的社会力量，给当时的社会矛盾和斗争带来了新的影响。东林党就有不少人是中小地主兼营工商的。他们有的人突破了传统的农为国本的经济思想，提出了工商皆本的新观点。如赵南星说：“士农工商，生人之本业。”李应升反对关卡重重、商税繁多，要求执政者“爱商恤民，上不妨工而下利于途（指贩运）”。

可是从1596年（万历二十四年）起，万历皇帝派宦官到各地采矿和征税。万历皇帝一开始派出矿监、税使，东林党人就表示反对。山西巡抚魏允贞在1597年（万历二十五年）上疏指出：宦官出领矿、税，为民祸害。魏允贞因此受到神宗的切责。1599年（万历二十七年），大学士叶向高上疏要求罢撤矿监、税使。同年，吏部侍郎冯琦上奏说：这些矿监、税使不但使贫者断绝生计，富人也蒙受其害，这样下去，势必激起大乱。

李三才反对矿监、税使的言行，在当时影响最大。他于1599年（万历二十七年）就任凤阳巡抚。在凤阳巡抚管辖的地区内，有好几个矿监、税使，残害百姓。李三才在1600年（万历二十八年）五月上疏万历皇帝，揭露万历皇帝派遣税使、矿监这一弊政的要害。

1620年（万历四十八年），万历皇帝死去，朝廷宣布撤掉一切矿监、税使，过去因反对矿监、税使而被处分的官员也酌量起用。至此，东林党反对矿、税之弊的斗争以取得一定程度的胜利而告一段落。

由于东林党人开放言路指责朝政，触动熹宗时专权的大太监魏忠贤，魏忠贤开馆纂修《三朝要典》，在霍维华的基础上纂辑万历、泰昌、天启三朝有关梃击案、红丸案、移宫案三大案的档案资料，打击东林党，同时造编《东林点将录》等文件上报朝廷，1625年（天启五年），明熹宗下诏，烧毁全国书院。次年，东林书院被拆毁。东林党人也遭到打击，杨涟、左光斗等许多著名的东林党人都遭到杀害。东林党遭到遏制。

然而崇祯帝即位后，勤于政务。 同时大力清除阉党，天启七年（1627年）十一月，崇祯帝抓准时机铲除了魏忠贤的羽翼，使魏忠贤处于孤立无援的境地，然后一纸诏书，贬魏忠贤凤阳守陵，旋之下令逮治。在其自缢而死后，下令磔尸于河间。此后，将阉党二百六十余人，或处死，或遣戍，或禁锢终身，使气焰嚣张的阉党受到致命打击。

东林党再次拥有了抬头的机会。

1629年（崇祯二年），崇祯皇帝下令为东林党人恢复名誉，并下诏修复东林书院。

东林党又掌权了。当然，废除工商税是第一步。借着崇祯帝清除魏忠贤势力的时机，取消或降低了海外贸易税、矿税、盐税、茶叶税等税种的税负，使得明末的财政收入来源更加单一，朝廷的税收来源更加依赖于普通的农民，再加上当时各种天灾不断，造成了大量农民破产，形成大量流民，直接导致了明末的农民大起义。

此时北方皇太极又不断骚扰入侵，明廷苦于两线作战，每年的军费“三饷”开支高达两千万两以上，国家财政早已入不敷出，缺饷的情况普遍，常导致明军内部骚乱哗变。

最终，农民起义军攻破京城，崇祯帝无奈自杀。