1873年肃州之战结束后，长达12年的陕甘回乱终于平定，左宗棠开始筹集粮饷，准备挥师西征，收复新疆。没想到，第二年，原本投降的回军首领、河州抚回闵殿臣又再次叛乱。左宗棠遂命刘锦棠率董福祥、马占鳌等部围剿，攻破河州，闵殿臣伏诛。

过了20年，光绪二十一年（1895年），河湟又爆发了因新老教派冲突引起的叛乱，这一年是乙未年，史称“乙未河湟事变”。

回教华派第六代教主马桂源在河州之战中被左宗棠诛灭后，华派分裂为以青海循化马如彪和以甘肃河州马永琳为首的新、老两派。马如彪在光绪中去麦加朝觐，学了沙孜林耶理论，准备对华派进行改革，结果遭到了其叔马永琳的斥责。最初，由于马如彪有马占鳌的支持，所以马永琳不敢以强硬手段反对；马占鳌去世后，马永琳便打压马如彪。于是新老两派又起纷争，经常聚众械斗。

光绪二十年(1894年)，新派阿訇韩母撒与老派阿訇韩奴勒又因讲经发生争执，再次引起械斗，老派仗着人多势重，放火烧毁了新派房屋，新派遂将老派告上循化厅西宁府。河州总兵汤彦和认为是华派内部相争，就派两派头面人物马永瑞与马永琳兄弟到循化调解。马永琳暗中支持循化“老派”头人韩奴勒，调解无效。此后，老教的人又将两个新教阿訇围困在“张噶工”活活打死，此外，他们还把一些抓来的新教信徒严刑拷打，强迫他们剃掉胡子。于是新派将马永琳告到兰州总督府。陕甘总督杨昌濬派西宁道台陈嘉绩、道员徐锡祺赴循化查办。陈嘉绩、徐锡祺认为事情是老教挑起来的，于是一改从前护“老派”、抑“新派”的作法，将“老派”腊月保等11人“枭首示众”。这一下把“老派”激怒了，万余教众在韩奴勒的领导下，从光绪二十一年三月初八起，开始围攻循化厅城，揭开了乙未河湟事变的序幕。清军闻讯即开始镇压，在镇压过程中，根本分不清老教新教，于是“不分新老，一律剿办”。这一下新老教派停止了教争，一起反了。马永琳也率众围攻河州城。

前一年，甲午战争爆发，京师防务吃紧，清廷急召董福祥从新疆入京勤王。此时马占鳌已死，其子马安良承袭父职。董福祥率部经过甘肃时，清廷特意关照要让董福祥带一拨甘肃回军北上，董福祥即令马安良、马海晏等回军十营随军赴京。马家军一走，甘肃防务一下空虚起来，所以也才有了这次大规模的叛乱。

自三月至九月间，狄道马维翰、海原李昌发、西宁韩文秀、化隆马成林、乐都冶主麻、哆吧马大头三三、大通刘四伏、北大通刘辅等先后奋起响应，回匪人数达十多万人。一时甘肃震动！总督杨昌濬急令各路淸军分头进剿。先是河州镇总兵汤彦和部在夹塘湾全军覆没；继而，西宁镇总兵邓增部在甘都堂被困；河州提督雷正绾部也被回军围困，情势危急；甘肃提督李培荣被困于平戎驿。另外，大通营、甘都营相继失陷，巴燕戎格厅、大通县城吃紧，形势非常紧迫。

因镇压不力，总督杨昌浚被清廷革职，发回原籍，另派董福祥督办甘肃军务。

董福祥星夜率部自北京驰援甘肃。十月中旬，抵达河州，先利用马福禄与马永琳、马永瑞的关系，诱降了兄弟俩，然后杀了其全家15口；又利用马安良、马海宴的关系诱降了韩奴勒，而周七十、马显文、闵伏英等600余回匪先后伏诛。于是河州平定。

董福祥令何得彪、张铭新率部于十二月间扑向西宁府。由于清兵巨增，枪炮精良，西宁南川、北川、哆吧、北大通、米拉沟、巴暖营等处回军据点相继失守，清军开始“肆行杀戮，所部弁兵，任意淫掳，惨不可言”。暴乱平息后，董福祥令马福禄处理“河湟善后”。马福禄率其“安宁军”开始了残酷的大扫荡，回匪近3万人被诛，韩文秀、马大头三三、马成林、冶主麻等匪首授首。第二年二月，漏网的刘四伏部转战于青海柴达木和河西等地，又转移到新疆罗布泊。至此，河湟事变结束。