朱元璋发的檄文的内容充分地表明，朱元璋已经从一个红巾军的统帅转变成为地主阶级的一个代表人物。既然如此，他就没有必要再奉小明王为名义上的领袖了。这年十二月，廖永忠奉朱元璋之命，去滁州“迎接”小明王到应天来，在瓜州渡江时，把船弄沉，害死了小明王韩林儿。朱元璋随即宣布，不再用龙风年号，明年（1367年）改称吴元年。

自此以后，朱元璋有意抹煞自己曾奉小明王为主的历史，这实际上也是抹煞以小明王为名义领袖的红巾军的起义业绩。

1366年八月，开始了进攻东吴的第二个战役，主要目标是攻打杭州和湖州。十一月间，两地守军先后投降，平江成了一 个孤城。同月下旬，朱元璋发动了进攻张士诚的最后一个战役—平江战役。

平江战役一开始，朱元璋军分兵看住平江城的每一座城门，再在城的四面修筑一道围墙，将平江城包围得水泄不通。又造了有三层敌楼的木塔，高过城墙，内置弓弩、火铳，居高临下，射向城中。另外运来许多火炮，日夜轰击。城内不断受炮火攻击，一片恐慌。张士诚几次突围，都失败了。张士诚起兵反元，又投降元朝，反复无常。

他贪图享受，对部下也放纵得很。东吴小朝廷上上下下，都过着花天酒地的腐朽生活。平江被围后，一天，张士诚的兄弟张士信在城上督战，还坐在银椅上饮宴作乐，左右侍候的人递给他桃子，桃子还没进口，一炮打来，张士信的脑袋正巧被打得粉碎。平江危在旦夕，张士诚仍图死抗到底，朱元璋几次派人劝降，都被他拒绝了。

1367年（元至正二十七年）九月初八日，朱元璋军攻入平江城。张士诚进行巷战，迅速失败。他逃回王府，闭门自尽被部下解救下来，朱元璋的部队赶到，把他解往应天。到了应天，朱元璋问话，他闭目不答；李善长问他，他破口谩骂。朱元璋一怒之下，令卫士用乱棍打死张士诚。

大军从平江（不久改为苏州府）凯旋回到了应天，朱元璋论功行赏。第二天，他问诸臣:“你们回家摆席作乐了吗？”大家回答说是。朱元璋就劝勉道:“现在中原未平，还不是作乐的时候。你们难道不见张士诚吗？终日宴乐，结果怎样呢？大家应该引以为戒。

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