1917年6月20日，在陆荣廷的授意下，广西督军谭浩明、广东督军陈炳焜俩人联名通电，宣布两广暂行自主。这个自主和独立还不一样，在自主时期，两广不受到北京内阁的干涉，但是有重大问题仍然可以直接请命元首。也就是说，自主是脱离了内阁，但不脱离总统。两广的自主，是袁世凯死后第一个宣布自主的地区。

张勋利用黎元洪和段祺瑞之间的争执，带着5000辫子军要拥护清朝废帝溥仪在北京复辟，并且在7月1日赶走了黎元洪，把12岁的溥仪抬出来宣布复辟！段祺瑞组成讨逆军讨伐辫子军，陆荣廷也发表通电，宣布反对清室复辟，并且任两广讨逆军总司令！仅仅12天，辫子军就战败了，溥仪就再次宣告退位！

孙中山对张勋复辟表示极为愤怒，带着廖仲恺、朱执信、章太炎等人从上海南下，准备再南方组织武力讨伐，但是还没到达广州，张旭的复辟就宣告失败了。这时候掌握北京政府大权的是段祺瑞，但是他在宪法研究会的教唆下拒绝恢复《临时约法》和召集国会。于是，孙中山就把斗争的矛头指向了段祺瑞。

在张勋复辟失败后，段祺瑞对西南一直是采取的敌视政策，一直想用“武力统一”，引起西南实力派的反感。孙中山这时候的护法反段，正好为西南实力派提供了这么一个机会。

8月底，孙中山在广州召集原国会的部分议员，在广州开会。会议决定成立广州护法军政府，孙中山为大元帅，陆荣廷、唐继尧为元帅。孙中山以大元帅名义通电否认以冯国璋为总统、段祺瑞为国务总理的北京政府，号召北伐！但是陆荣廷拒绝就任元帅，而且反对另组政府，主张合法总统黎元洪复职！陆荣廷只是想接着孙中山“护法”的旗帜来对抗段祺瑞的“武力统一”，并不是要真正的拥护共和。陆荣廷只想在自己这一亩三分地上说了算，怎么可能容忍一个孙中山突然冒出来凌驾于他之上。​

孙中山的护法军政府手里是没有任何军队的。在广东的军队一个是桂系军阀的部队，一个是李钧烈的驻粤滇军，再一个就是广东省长朱庆澜建立的警卫军。这三种军事武装，桂系军阀要求滇军回云南，警卫军的统帅权应该交给督军。这样更是把朱庆澜推向了孙中山这边。朱庆澜通过和李钧烈商议，把警卫军和驻粤滇军改组为中华民国护国军第一、第二两军，准备北伐！但是桂系军阀拒绝提供军饷枪械。在桂系的攻击下，朱庆澜被迫辞职，省议会选举胡汉民为省长，胡汉民在陈炳焜的恐吓下，也辞了职，议会被迫选择李耀汉为省长。致使孙中山和桂系之间的矛盾开始公开表面化。陆荣廷把陈炳焜调回广西，让莫荣新代理广东督军，想缓和下和孙中山的矛盾。

但是莫荣新独揽大权后，仍然刁难和破坏护法军政府。在桂系军阀的操纵下，把广州护法军政府从大元帅制变为总裁制，让孙中山处于完全无权的地位，孙中山被迫辞职后，离开广州前往上海，表示和桂系军阀断绝关系！