在巴图尔浑台吉时,准噶尔部蓬勃兴起。随之,土尔扈特部和和硕特部外迁,杜尔伯特部内附准部。准噶尔部不仅统辖四部,还控制了天山以南,威胁青海、西藏和东部蒙古,成为雄踞西北的割据政权,故清代往往将厄鲁特诸部统称为准噶尔。康熙、雍正两朝与准噶尔都有过激烈的战争,互有胜负。长期对峙,势均力敌。 从1745年起,准噶尔部贵族之间为争夺汗位进行了将近十年的争夺残杀,最后是准噶尔部贵族达瓦齐在辉特部贵族阿睦尔撒纳的支持下夺得汗位。康雍乾三代,准噶尔部的威胁一直是清政府最大的边患之一。清朝政府用兵西北几十年,一直不能从根本上解决准部问题。

1753年,杜尔伯特部台吉车凌等率众入关内附。乾隆帝从内附部众得到了准噶尔部内乱的消息,认为是出兵准噶尔部永绝边患的好时机,决定派大兵征讨。1754年,阿睦尔撒纳在准部政争中失利,率部归顺清朝。阿睦尔撒纳的归降,为清政府最终解决准部问题创造了有利时机。他向乾隆帝详述了准部内部情况,并对清廷进兵计划提出了一些有益的建议。乾隆帝采纳他的建议,确立了“以准攻准”的战略,明确表示,“朕此次即满洲兵亦不多用,仍以新归顺之厄鲁特攻厄鲁特耳”,决定将进攻时间由秋季改在春季,“乘其未备,且不能远遁,可一战擒之,无后患”。

1755年二月,清军两路出师,北路三万兵出乌里雅苏台,西路二万兵出巴里坤,共马匹七万。两副将军各领兵三千为前锋先行。清军所到之处,准噶尔人纷纷闻风归附,师行三月,跋涉千里,兵不血刃地长驱直人。自康熙年间就归顺清朝的哈密、吐鲁番的维吾尔人也随军效力。两路大军四月底会师于博尔塔拉,五月二日抵达伊犁。准噶尔人夹道欢迎,被拘禁的大小和卓也获得解救,率当地维吾尔人归顺清朝。达瓦齐率万人退守伊犁西南的格登山。清军争渡伊犁河,追至山下。五月十四日(公历6月23日)夜,清军前锋将领派出翼长阿玉锡等三名巴图鲁率二十二骑前往山头侦察,他们在夜色的掩护下,直捣达瓦齐大营。拍马横矛,寨旗大呼,枪矢并发,声震山谷。达瓦齐所部顿时兵败如山倒,阿玉锡等擒获大小首领二十西域史地文化服务比’服穷月..余人,降者六千五百人,达瓦齐落荒而逃,从天山托木尔峰下的木扎特达坂向南逃窜,与随行的七十余人被乌什维吾尔伯克霍集斯遵行清军檄文擒获,缚献清军大营。第一次平准之役胜利结束。 乾隆帝宽大为怀,将押解人京的达瓦齐赦免,封为亲王,配以宗室之女,留居京城。并决定在格登山立碑,亲撰碑文,追溯“汉置都护,唐拜将军”的历史,肯定了平定准噶尔的意义,不仅是汉唐统一与治理新疆的继续,还是清朝开始统辖天山南北的标志。

清军初定伊犁后,因该地无粮,大兵不能久留,乾隆帝旋命撤离,留班第、鄂容安、萨拉尔率五百士兵驻守伊犁。力量单薄,孤悬边塞,造成了阿睦尔撒纳发动叛乱的机会。阿睦尔撒纳的降清并非出于真诚,他是想利用清军击败达瓦齐后,自立为汗。准噶尔土崩瓦解已是大势所趋,平准并非缺了阿睦尔撒纳就不行。正是由于乾隆帝过分自信,听不得大臣们的意见,将阿睦尔撒纳放虎归山,最终酿成大乱。清军抵达伊犁后,仍将厄鲁特分封为四部,台吉车凌封为都尔伯特部汗,始终忠谨。阿睦尔撒纳封为辉特汗,论功行赏时封为双亲王,食双棒。但阿睦尔撒纳欲壑难填,图谋割据,献媚于随军的乾隆帝长婿色布腾巴尔珠尔,挑拨他与班第的关系。又在色布腾巴尔珠尔返京时,托其探听皇帝对阿睦尔撒纳总统四部的意向。乾隆帝对此当然不能容忍,密令班第相机行事,即于军中正法,勿贻后患。但班第因身边兵少,不敢贸然下手,就催促阿睦尔撒纳与各部首领同行去热河避暑山庄朝勤,命喀尔喀亲王额琳沁多尔济同行监视。殊不知乾隆帝与班第的密信内容,已由喀尔喀郡王青滚杂卜泄露给阿睦尔撒纳,他行至乌伦古河叛逃而去。其同伙随即响应,抢劫台站,切断军报文书,在伊犁煽动大规模叛乱。班第等率五百士兵边战边退,陷于重围。

1756年初,清军再次两路出击,三月收复伊犁。追剿中,参赞大臣玉保听说阿睦尔撒纳已被擒获,派人报告,定西将军策楞未辨真伪,立即红旗报捷。乾隆帝非常高兴,宣示军务告竣并封赏诸将,各省督抚亦纷纷奏折祝贺。不料这是假消息,使乾隆帝空欢喜一场,下令将策楞、玉保革职,拿解来京,两人在途中被叛军杀害。阿睦尔撒纳逃人哈萨克,清军侦知仅在二三里外,争欲进击。阿睦尔撒纳又派人哄骗,说哈萨克首领阿布贵赶到后就擒献阿睦尔撒纳。定西将军达尔党阿信以为真,怕与哈萨克失和,制止士兵前进,使阿睦尔撒纳再次逃脱。乾隆帝因先前阿睦尔撒纳叛逃,迁怒于同行的喀尔喀亲王额琳沁多尔济,毫不留情地赐令自尽。他是大活佛哲布尊丹巴和土谢图汗的弟弟,是极有影响的喀尔喀上层人物。喀尔喀郡王青滚杂卜利用不满情绪,举起反清的叛旗,助长了伊犁叛军的气势,使定边右副将军兆惠所部二千余人撤退中几度陷于重围,在增援下才得以解围,返回巴里坤休整。乾隆帝及时安抚喀尔喀上层人物,迅速平定青滚杂卜的叛乱。

1757年)三月,清军第三次两路出兵平叛,进展顺利。五月底,清军穷追阿睦尔撒纳进入哈萨克境内。大军压境,阿布责表示归顺,并愿意合作擒拿阿睦尔撒纳。阿睦尔撒纳于七月逃往俄国。乾隆帝命理藩院再三照会,援引条约,要求引渡。阿睦尔撒纳于八月间病死,是年35岁。俄国见其人已死,遂将其尸体运至中俄边界恰克图,交清朝官员验视。 阿睦尔撒纳的败死标志着平定准噶尔的胜利结束。清朝经过康雍乾三朝的努力,终于完成统一新疆的大业。尽管是一波三折,付出沉重的代价,但其积极和进步意义还是应当给予充分肯定的。