《元史》上关于倭寇第一次侵扰台湾的记录，是元朝至正十三年（公元1353年），数千倭寇窜犯澎湖列岛，毁弃元朝“巡检司”在当地的要塞工事，劫掠大批钱粮扬长而去，此后倭寇对台湾的侵扰便日渐频繁。

到了元朝末年，倭寇的“开工点”又发生了变化，此时中国北方连年战乱外加自然灾害，“抢劫利润”大大降低，富庶的福建，广东等省份成了倭寇首选，而台湾，却是倭寇进入福建，广东沿海的必经之地，如此一来台湾又遭起了“二茬罪”，倭寇来的时候遭一遍抢，倭寇在广东福建抢完了，返航的时候还不忘了再到台湾抢一把，有时候倭寇在广东福建碰了壁，更要回头在台湾“捞一票”。台湾，因此既成了倭寇入侵道路的“中转站”，又是倭寇劫掠的“重灾区”。

以至到明朝洪武元年（公元1368年），朱元璋平定了福建割据势力方国珍后，大批逃难到台湾的乡民闻讯后纷纷返归大陆，见到明朝官吏后哭诉道：“我等渡海（去台湾）前遭兵祸，渡海后又遭倭祸，今终见太平也。”

可回来才知道，“太平”，还早着呢。

因为大明王朝建立了，“倭寇问题”却更复杂了，东南方面，被朱元璋平定的张士诚，方国珍，明玉珍等元末割据势力，都有大批残部流落海外，他们盘踞在东南沿海的海岛上，坚持和大明王朝为敌，这些当年参与和朱元璋争天下的“枭雄”们，而且却成了杀人越货的海盗。偏偏他们又与倭寇们相互勾结，甚至有不少人后来移居日本，其中比较著名的，有张士诚的旧部刘通，陈友定的旧部金子隆等人。这群人常年生活在东南沿海，对东南沿海各处的人口，地貌，城镇分布，都可以说了如指掌，更兼戎马半生见过大阵仗，作战经验丰富，而今摇身一变当了“二鬼子”，那更是相当富有敬业精神，每次倭寇抢掠，他们都积极响应，辛勤带路不说，碰到明军更杀红了眼朝上冲，掩护“日本友人”撤退，可谓是抢劫在前，分钱在后，相当的有“国际主义精神”。明朝洪武二年（公元1369年），刘通就曾作为向导，引着数千倭寇在苏南，浙东一带大肆抢掠，史载“大掠五府，饱掠而去。”

更可恨的却是金子隆，此人早年就是元朝“澎湖巡检司”的一名水手，在澎湖列岛和台湾岛都曾生活过多年，台湾的一草一木几乎都烂熟于心。后来跟着陈友定打水战，历经数战练出了卓越的海战本领。他的故主陈友定是被朱元璋杀掉的，对明王朝自然是切齿仇恨，后来逃亡到日本，摇身一变当了“二鬼子”，不但积极的领着“鬼子进村”，更帮倭寇训练水师研发火器，特别是他对于福建，澎湖，台湾岛的地貌情况非常熟悉，经常领着倭寇来此袭扰，每遭遇明军攻击，他更是坏招迭出，数次牵着明军的鼻子走，帮助倭寇全身而退。在倭寇内部，他成了身兼向导，军事科技顾问，狗头军师的“复合型人才”，根据《明史》和《明实录》记载，朱元璋在位的头二十年间，倭寇对明王朝沿海的大规模袭扰共有七次，其中五次皆发生在福建，广东地带，全是拜此人所赐。而台湾，则成了倭寇入侵的固定“中转站”，根据当时明朝“闵浙巡抚”汤和的奏报，倭寇每次侵扰福建，广东地区，中间必然会去台湾，澎湖列岛补充淡水粮食，而这些地方兵少势孤，又兼移民众多，着实成了倭寇唾手可得的“肥肉”。这个金子隆后来索性改了日本姓，改姓为小山，可他当“鬼子”也不甘寂寞，又介入了日本九州当地倭寇内部的争权事件，在内耗中被一刀宰了，“汉奸”当到如此地步，实在是比较“敬业”。 洪武十三年倭寇侵扰海南，洪武十五年倭寇侵扰福建，洪武十九年倭寇侵扰广东广西的三次大规模入侵事件，三次入侵的“中转站”，又全是台湾岛。每逢明朝派使节“最强烈抗议”，日本人就故伎重演，北朝推卸责任给南朝，南朝推卸责任给北朝，直把明王朝当了“冤大头”。

要打，有元王朝的“历史的教训”，打不得，要外交解决，有日本南北朝“唱双簧”，耍你个团团转，打不行，不打更不行，咋办？

朱元璋这几十年的“憋气”也不是没成果，二十年来明王朝休养生息，国力大大富强，早已飞建国初期可同日而语。但农民出身的朱元璋到底还是“农民思维”：农民家老闹贼，那就扎篱笆铸墙养家丁护院，至于闹倭寇嘛…… 洪武十九年（1386年）七月，倭寇以台湾岛为基地，在福建沿海连续转悠了一个月，数次声东击西，相继抢掠了漳州，泉州，福州，兴化，厦门等地，赚得盆满钵满后方才扬长而去。战报传到明朝都城南京后，气的朱元璋暴跳如雷，破口大骂当时的闵浙巡抚汤和：“开国功臣，竟奈何不得区区倭奴”。

可骂完了还是要解决问题，说汤和无能这是气话，仗打成这个怂样，一是倭寇太狡猾，二也是台湾这个“漏洞”太难补。

所以，朱元璋再次“农民思维”：难补，那就不补了。

不就是篱笆扎不着吗，那你别在篱笆外面，搬到篱笆里面来不就行了？

当然，不止朱元璋这么想，此时明王朝内部许多“名臣”也这么想，比如后来当过“皇太孙”朱允炆老师，又当过大明王朝兵部尚书（国防部长）的黄子澄，此时虽只是个翰林院编修，却是位卑未敢忘忧国，此时也大胆上书言事，认为“小琉球汉夷杂居，孤悬海外，守之徒耗钱粮，不如迁其民以收抗倭之效也。”正中朱元璋“农民思维”下怀。

说中了就办事，洪武二十年（1387年）下旨：澎湖巡检司裁了，兵撤了，人都强制拆迁了，快裁快撤快拆，不让鬼子抢走一粒粮。几代台湾移民的财产，房屋，粮食全毁了，台湾“一夜回到解放前了。”当然，身为苦出身的开国皇帝，朱元璋也很理解移民们的难处，迁至福建安置的台湾移民，家家给地给房子，“拆迁费”也发的足，明朝初期朱元璋重手肃贪，敢贪污民脂民膏的贪官污吏也稀少，总之还算是日子过得去了。

当然，台湾“被搬家”，在当时只是朱元璋抗倭战略里的一环，这个整个的“战略”就是今人所熟悉的明朝“海禁”，为了防备倭寇入侵，明王朝禁绝了一切民间的海外贸易往来，严禁沿海边民出海，以防与倭寇勾结。同时强化官方贸易，特别是与日本之间的“朝贡贸易”，把两国的经济往来，作为逼迫日本限制倭寇的外交手段。

明末清初大儒顾炎武看的非常清楚，他在《天下郡国利弊书》里就曾感叹：台湾被搬家的结果，就是白白让出了这块倭寇往来必经的战略要地。这道理很简单：台湾地理位置特殊，是倭寇入侵广东，福建地区的必经之说，岛上有人在他要来，没人在他照样也要来。你驻兵他会来，你撤了他更来。不止如此，明朝沿海的海盗，逃犯，也纷纷把“禁区”的台湾岛当成了避难所，犯了事就只管朝这跑，明朝海军来回巡逻跑断腿，却一样是防不胜防。戎马一生的朱元璋，在“台湾问题”上，却干了一件恁傻的事。

当然，“恁傻”的还有那位跟着瞎出主意的黄子澄，他后来辅佐朱元璋的孙子朱允炆，面对燕王朱棣的叛乱，身为兵部尚书的他却傻主意不断，虽然尽心竭力却总是帮倒忙，害得朱允炆最后活活丢了江山。傻人，放到哪里总逃不过一个“傻”字。

而在台湾方面，明王朝的“傻主意”也很快遭报应了----在朱元璋过世仅一年后。

明朝建文二年，即公元1401年，正忙于和四叔朱棣争皇位的明惠帝朱允炆，背后却遭了日本人的刀子-----是年八月，大批倭寇以台湾岛为基地，对明朝福建，浙江，广东三省再次展开大规模侵扰，此时明王朝东南地区大批军队正调往北方参加对朱棣的作战，沿海防务空虚，倭寇背靠台湾岛，来来回回牵着明军的鼻子走，“兵至倭退，兵退倭兵复又来”，整整两个月，倭寇连续袭扰明朝东南沿海宁波，温州，泉州，惠州，海口五大城市，在中国东南沿海轻轻松松的搞起了“自驾游”，日本历史学家田中芳树在记录倭寇入侵时承认，当时日本侵扰中国东南沿海，有两个重要的落脚点，一个是今天毗邻韩国的对马岛，倭寇以此为基地，窜犯朝鲜半岛以及中国辽东半岛山东半岛地区，另一个就是中国的台湾岛。