王敦进了建康城之后，晋元帝派人跟王敦说：你想要坐我这个位置，那你就早点说，我还是回我的琅琊去，你又何必把老百姓折腾成这样呢？但是王敦并没有当皇帝，不是他不想，而是其他的门阀士族不同意。这里就又牵涉到另外一个问题了，既然王敦都已经打下首都了，为什么不能直接废了皇帝，自己干呢？这是因为在东晋初年，皇权其实是非常虚弱的，更多的大权都掌握在各个门阀士族的手里，而这些门阀士族其实是不想看到一个原来跟自己平级的士族上升到皇帝的层面上去的，因为这样的话，就会打破原来的那种虚君共治的局面，而造成皇权的上升和自己权力的下降，所以他们是绝对不会同意让王敦当皇帝的。这也是为什么后来另一个权臣桓温都已经能够废掉皇帝了，可是自己还是不能称帝的原因，也是更后来的桓温的儿子桓玄都已经称帝了，可还是让刘裕给推翻的原因。而且桓玄称帝的时候，东晋已经到了末期，门阀士族的力量已经被严重削弱了。即便如此，桓玄还是失败了，更何况现在还只是东晋的初期，门阀士族正是生命力旺盛的时候，王敦是无论如何也当不了皇帝的。王敦并没有当皇帝，他只是将周顗、戴渊等人抓了起来。而刁协和刘隗则在晋元帝的掩护之下，逃出了建康城。虽然在逃跑的路上，刁协被自己的随从给杀了，脑袋被送给了王敦。而刘隗则终于逃了出来，逃到了后赵石虎那里，被石虎封为太子太傅，后来到了咸和八年（333年）的时候，战死在潼关。

王敦

王敦在处理周顗和戴渊的态度上是有区别的。在处理戴渊的时候，由于王敦的参军吕猗曾经在尚书台任职，这个人的性格十分的奸邪谗佞，而当时戴渊正好担任尚书的职位，十分讨厌吕猗，因此吕猗对戴渊也是恨之入骨。现在周顗、戴渊被抓，吕猗马上跟王敦说：周顗、戴渊这些人啊，名望很高，很容易迷惑一些人，你要是不除掉他们的话，他们很有可能会举兵来攻打你的。王敦一听有道理，再加上他自己跟戴渊也很不对付，于是就派人把戴渊给杀了。

戴渊

但是对于周顗，王敦一开始咨询他的堂兄王导，说周顗这样的人，名望很高，应该让他担任三司的职位，王导没说话，王敦说那就担任仆射的职位？王导还是没说话。王敦说那没办法了，只好杀了他们了。王导依然没有说话，于是王敦就派人把周顗杀了。等到后来王导知道周顗曾经在晋元帝面前力保自己不会叛乱之后，哭着说：我不杀伯仁，伯仁因我而死。伯仁就是周顗的字。

周顗

王敦杀了周顗、戴渊之后，自立为丞相、江州牧、武昌郡公，并且带兵回到了武昌，在上游遥控建康城里的政局。晋元帝从此开始成了傀儡，他的太子司马绍也因为有勇有谋而差点被王敦废掉，好在温峤等人强烈反对免于废黜。而王敦在回武昌的时候，又收拾了梁州刺史甘卓和湘州刺史司马承，至此，晋元帝司马睿的所有对付王敦的手段全部被破解，朝廷的方略宣告彻底失败，司马睿也在当年的十一月在忧愤中死去。这就是王敦的第一次叛乱。