曾国藩完成了他率湘军攻灭太平天国起义军的“元凶”使命，由于他善于玩弄权术，又一步步地登上了“圣相”的位置。曾国藩在攻打太平军十二年的历程中自然并非一帆风顺，他数次战败，两次投水自杀，还有一次因害怕李秀成的大军袭来而数日悬刀在手，准备一旦兵败，即行自杀。他虽然忠心耿耿，还是屡遭疑忌。

在第一次攻陷武汉之后，捷报传到北京，咸丰帝大为高兴，赞扬了曾国藩几句，但咸丰身边的近臣却说：“如此一白面书生，竟能一呼百应，攻克武汉，并不一定是国家之福。”咸丰听了，默然不语。

曾国藩也知会遭人疑忌，便借回家守父丧之机，带着两个弟弟（也是湘军重要将领）回家，辞去一切军事职务。过了近一年，太平军进攻盛产稻米和布帛的浙江，清廷恐慌，又请他出山，并授他兵部尚书衔头，有了军政实权。不久，慈禧太后专权，认为满人无能，就重用汉人，为曾国藩掌握大权提供了一个重要的历史契机。

清文宗咸丰十二年（公元1862年），曾国藩被授以两江总督节制四省军政的权力，巡抚提镇以下均须听命，不久又赐以太子太保头衔，兼协办大学士。自此以后，曾国藩在清廷中有了举足轻重的位置。

曾国藩激流勇退的方式进一步获得了清廷的信任，取得了大权，在进攻太平军胜利以后，他仍然小心翼翼。由于曾国藩的湘军抢劫吞没了很多太平军的财物，使得“金银如海、百货充盈”的天京人财一空，朝野官员议论纷纷，左宗棠等人还上书弹劾。

曾国藩既不想退出财物，也不能退出财物，在进京之后，忙做了四件事：一、因怕权大压主而退出了一部分权力；二、因怕湘军太多引起疑忌而裁减了四万湘军；三、因怕清廷怀疑南京的防务而建造旗兵营房，请旗兵驻防南京，并发全饷；四、盖贡院，提拔江南士人。

这四策一出，朝廷上下果然交口称誉，再加上他有大功，清廷也不好再追究什么，反而显示出了他恭谨的态度，更加取得了清廷的信任，清廷又加恩赏，赏双眼花翎，赐为一等侯爵，子孙相袭，代代不绝。至此，曾国藩荣宠一时。