1663年末，十万清兵继续向四川东部湖北一带发动扫荡，没有挡住清军进攻的刘体纯与全家自缢而死，不愿剃发投降儿坚持抵抗郝摇旗、袁宗第等将领和明朝宗室安东王朱盛蒗以及明永历皇帝派出的部院洪育鳌战败被俘被俘（不久后四人被杀害）。毛寿登、王光兴、马腾云、党守素、塔天宝等人对抗清战争失去了坚持的信心，带领部众向清军屈膝投降。

李来亨坚守的茅麓山

1664年春天，原来的夔东十三家只剩下李来亨（永历朝廷封临国公）部仍然坚持于湖北兴山县境内的茅麓山区，以大无畏的气概抗击着三省清军和增援的满洲八旗兵共达十万之强敌。清靖西将军穆里玛统兵到达茅麓山下后，自以为兵精将勇，为了收取全功贸然下令向山寨发起进攻。李来亨指挥部众凭借山险予以迎头痛击，满洲兵坠崖落涧，伤亡惨重，镶红旗副都统贺布索、一等阿达哈哈番桑图、穆里玛的第三个儿子苏尔马都被击毙。穆里玛追悔莫及，改由汉族军队打前阵，满洲兵督战，实行长期围困。满洲八旗兵在茅麓山区吃尽了苦头，直到凯旋回京以后仍然心有余悸。嘉庆年间，礼亲王昭梿在书中写道：“康熙初，命图文襄公海为督师，同川督李公国英、护军统领穆公里玛率三省兵会剿。诸将皆于层岩陡壁间，草衣卉服，攀援荆葛而进，逾年始荡平其巢穴。故今京师中谚语有其事险难者，则曰：‘又上茅麓山耶！’则当日之形势可知矣。”

二月初，四川总督李国英、提督郑蛟麟接到穆里玛咨文，领兵进抵茅麓山南面的黄龙山参加围剿。李国英同穆里玛、图海等观察了地势，“见逆寨高险异常，周围一百五十余里”，强攻难以取胜，但当地山岚陡峭，地瘠民稀，粮食等物资不能自给，因此他们决定采取长期围困的战术，由三省官兵会同满洲八旗兵分汛连营扼守。为了达到困死明军的目的，清军构筑木城，挑挖堑沟，树立排桩，切断明军同外界的一切联系。木城是为清军驻守而设立的，城外挖掘阔深各八尺的濠沟；濠外埋设一道五尺宽的排桩，名为梅花桩。其形制是用长五尺、围一尺的圆木一半埋入地中，地面桩高二尺五寸，各根木桩之间相距仅五寸，参差排列，状如梅花。这项耗费巨大人力、物力的工事完成以后，给李来亨部明军的行动和军需供应造成了极大的困难。

茅麓山遗迹

双方相持了几个月，李来亨部贮积的粮草消耗得差不多了，求战不得，被迫拼死突围。六月十五日深夜，李来亨亲自率领总兵五名、精兵数千名分路进攻清军防线，另派三名总兵带领士卒旁攻，牵制他部清军赴援。明军抬着云梯、盾牌，手持钩镰大斧，砍断木桩，填平沟堑，“炮矢如雨，蜂拥攻打”。由于清军防御严密，突围未能成功。闰六月初九日夜晚，李来亨再次率领数千名士卒向清军阵地发起猛攻，“枪炮齐发，势如风雨骤至”。明军战士“莫不奋臂争呼，拼死力战”。因双方兵力对比悬殊，明军虽“连攻五阵”，结果仍被清军击退。两次突围的失败，使李来亨深知打破清军重兵包围的希望已化作泡影，但他仍然大义凛然地决心与阵地共存亡。他把清方派来招降的叛徒李有实处斩，表达了宁死不屈的高风亮节。清军见劝降无效，进一步挑深濠堑，加固工事，以求不战而胜。

八月初四日，寨内粮食全部吃完了，军心不稳，少数官兵私自逃出向清方投降。李来亨知道已经到了最后关头，他镇静自若，大义凛然，在会集了众将、安排好农民军的撤离等事后，当月二十四日，举火焚烧了山寨，并和妻子、亲随等人投火自焚，宁死不屈。李来亨部的三万余名战士，被俘者仅一百五十人。

碑文写明了李来亨晋爵为大明“临国公“和数十名于史无载的部将姓名，号召人们效法岳飞抗敌

李来亨父子牺牲后，部下士卒除少数投降外，都在混战中壮烈捐躯。清朝将领惟恐有明军将士潜藏逃出，派了大批兵丁“四山搜剿”，穷凶极恶地实行斩草除根，用他们自己的话说是“扫穴无遗类”。至此，以原大顺军余部为主体的夔东抗清斗争坚持了二十年之久，以失败告终，此时仅剩下郑成功在台湾和东南沿海的兵力， 大陆上公开以恢复明朝为旗帜的抗清武装已经没有了。南明灭亡、华夏衣冠灭绝、华夏民族被打断脊梁昏睡三百多年的历史也由此正式开始。