欧洲中世纪时期，基督教得到了广泛的传播。北非希波城主教奥古斯丁（354—430年）撰写了两部著名的神学著作《忏悔录》和《上帝之城》，宣扬精神高于物质，上帝高于一切的思想。上帝创造一切的神创论，上帝主宰一切的前定论，上帝的启示是真理的源泉的神启论，上帝施恩于人使其灵魂升入天堂的神恩论，成为神学理论的四大支柱。

奥古斯丁思想得到了绝大多数教徒的尊崇，逐渐成为罗马教廷统治思想。在统一的思想传播过程中，教会成为欧洲不可忽视的强大力量。法兰克王国的丕平和他的儿子查理都利用教皇的势力不断侵略扩张。教皇也正在寻找一支强大的政治势力做靠山。教皇还亲自在圣彼得大教堂为查理加冕，封他为“罗马人的皇帝”。罗马教廷和查理大帝相互勾结，逐渐把教会的权力扩大到世俗领域。

十一世纪，教皇格里戈利七世趁德国皇帝年幼之机，进一步扩张教会的势力。他在赦令中公开提出：教皇的权力高于一切，教皇不仅可以任免主教，也有权废除君主，有权审判和惩罚国王。但没有人能够制约或审判教皇。开始把神权凌驾于世俗权力之上，由此引发了德国皇帝与教皇的一场权力争夺战。

年轻的德国皇帝亨利四世不顾教皇赦令，委派了许多空缺主教。教皇闻讯，写信威逼德王忏悔。德王一气之下召开宗教会议，宣布废黜教皇。教皇马上回击：剥夺亨利四世国王的权力，并将他开除出教。教皇的处置，使反对德王的公侯与教士趁机起来发难于他。处境被动的德王被迫上演了一出悔罪剧目。

亨利四世先是向教皇进行书面忏悔。接着又顶风冒雪，翻过阿尔卑斯山，赶到卡诺宾莎城堡，直接向教皇忏悔。亨利四世脱下御寒的皮帽和皮靴，披着一条悔罪毯，站在雪地上痛哭流涕，哀求教皇赦免他的罪过。亨利四世在雪地上哀求了四天，才在其他教士的恳求下，受到了教皇的勉强接见。教皇声色俱厉地训斥了亨利四世，亨利四世伏在地上只是痛哭，不敢言语。在高级神职人员的请求下，教皇接受了亨利四世的忏悔。

教皇与德王的斗争并没有结束。后来亨利四世又一次被教皇革职革教，教皇也又一次被亨利四世废黜。这一回，掌握军事实权的亨利四世用武力把教皇从罗马赶出，教皇客死在意大利。直到一一二二年，在沃尔姆斯城，罗马教皇和德意志新国王共同签署了一个宗教协定：德意志境内的主教将不再由皇帝直接任命，而是由有皇帝或他的代表出席的情况下，由教士自己选举产生；主教的政治权力由皇帝授予，宗教权力由教皇授予。

一一九八年一月英诺森三世当选新教皇，进一步扩张、强化教会的势力。一二一五年他主持召集了第四次拉特兰宗教会议，通过了许多重要决议，如教会财产权，谴责阿尔比和华尔多派的教义等。英诺森三世还利用他的政治手段迫使对抗教皇的英王约翰称臣纳贡，扶植并控制了德国国王腓力二世。英诺森三世还发动了两次十字军东征，使教皇成为整个欧洲的最高统治者。

为维护教会的统治，教皇洪诺留三世于一二二○年开始设立宗教裁判所，用以逮捕、审判反对传统教义的“异端邪说”，镇压反抗教皇统治的人。中世纪的欧洲到处笼罩着宗教神权的恐怖统治，被称为“黑暗的中世纪”。教会的势力随着西欧王权的加强和统一逐渐走向衰落。经历了宗教改革后，天主教的地盘大部分丧失，各国摆脱了教皇的控制。罗马教皇退居为意大利一个小君主的地位。