1563年，明朝嘉靖皇帝为蒋太后修建慈宁宫，当时的慈宁宫名为仁寿宫。清军入关之后沿袭明俗，并且修缮慈宁宫，孝庄皇太后第一个入主慈宁宫。

孝庄太后十二岁嫁给皇太极，是顺治帝福临的生母，康熙帝玄烨的奶奶。顺治登基之后孝庄成为太后，康熙帝登基之后孝庄太后又成为了太皇太后。在孝庄的辅佐之下，这两位皇帝都成为了明君，足见她拥有相当厉害的政治手腕。

孝庄在顺治十年的时候成为大清入住慈宁宫的第一位太后，四十多年的时间内顺治帝曾经在这里为给孝庄贺寿而写过三十多首诗。康熙即位后也经常看望他的这位皇祖母。孝庄太皇太后病重之时，康熙日日陪伴，甚至举行祭祀以求能够用自己的命换来皇祖母的健康。在孝庄皇太后病逝以后，康熙久久不能释怀。

而在这之后，便没有人敢住在慈宁宫了。传说曾经住进慈宁宫的太后曾经提起，慈宁宫夜里不安生，不仅有奏乐的声音，墙上还有宫女太监走动时的影子，可是当时根本没有什么人。在慈宁宫中有一口井也相当古怪，白日看去只是石头杂草，夜里居然会变成清水，但是再一看，那水里的倒影却是别人的脸。

这些传言被人们越传越远，越传越可怕，从此之后便无人敢住在慈宁宫了。

虽然慈宁宫异象真实度仍然值得人们探究，但是孝庄逝后这里确实再没有人长期居住。到了后来，这里就慢慢成了举行大宴或者册封等典礼的地方。