1905年7月19日，孙中山再次来到日本横滨。这距他上次来横滨已经过了十年了。留日的中国学生的狂热欢迎再次让他喜出望外。此时的孙中山39岁，已经有十年的革命资历，思想日渐成熟，有着丰富的海外阅历和人际关系，还获得了广泛的国际声望。同时，他还有一个兴中会组织可以利用，这些因素让他成了留学生眼中的革命领袖。

另外，在日本的革命分子几乎都是从传统的读书人转变而来的。他们原先对“朝廷钦犯”孙中山的印象无非是一个五大三粗的草莽英雄、绿林好汉。如今见孙中山竟是个眉清目秀、温文尔雅、知识广博、充满魅力的中年人，惊讶之余平添许多好感。他们愿意拥戴这样的人为首领。

在东京，宫崎寅藏介绍孙中山会见了华兴会领袖黄兴。孙黄二人促膝长谈，共同立志反清建国，都认为有聚拢零散革命力量建立革命政党的必要。当时，日本汇集了孙中山的兴中会、黄兴与宋教仁的华兴会，还有蔡元培等人的爱国学社、张继的青年会等革命组织。孙中山建议大家合并成立“中国革命同盟会”。其他人觉得“革命”二字不利于组织保密，最终定名为“中国同盟会”。孙中山提出“驱除鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权”作为同盟会纲领。高涨的革命热情让参加合并会议的代表们激昂慷慨，欣然接受了这个纲领——尽管他们中的绝大多数人对这个纲领并没有深刻的认识。

大家正兴高采烈地交谈着，房间后部的木板突然倒塌，声如裂帛。孙中山机智地解释说：“此乃颠覆满清之预兆。”引来一片欢呼。

8月20日，中国同盟会成立大会在东京赤坂区正式举行，到会者有百余人。会议选举孙中山为总理，黄兴为庶务。

华兴会的宋教仁主编的《二十世纪之支那》杂志，此时改编为同盟会的机关报《民报》。孙中山在《民报发刊词》中，系统阐述了民族主义，民权主义，民生主义的三民主义理论，要争取民族独立、民主政治和社会富裕。